浙江巡抚杨昌濬、按察使蒯贺孙接到这个命案后，曾派人复审，不了了之。他们觉得，杨、毕二人都已招供，还有不少相关证人和证据，也就没有深入审核，草草定案，并以案情确凿、无冤无滥之定案，上报刑部。
刑部接到命案，对案情进行复审。
这个时候，杨乃武的姐姐杨菊贞和杨乃武的妻子杨詹氏来到北京，到刑部和都察院分别递呈冤状，是杨乃武在狱中写的亲笔辩供词，称知县之子刘子翰因敲诈勒索不成，就串通其父亲刘知县，对其进行陷害。
刑部据此呈奏，立即指示浙江巡抚杨昌濬重审。杨巡抚亲自重审，结果，杨、毕二人翻供，哭诉严刑之下被逼招供，根本没有合谋杀人之事。葛毕氏还供出自己遭到刘子翰强奸以及刘子翰与衙役何春芳、牢头阮得入狱威逼情形。
复审至此，杨巡抚觉得自己严重失职，为了自己的官位，也为了包庇自己信任的属官，竟然迁怒于刑部，倒打一耙，指责刑部没事找事。此案就这样搁置下来，杨、毕二人还是关在狱中。
同治十三年八月，杨乃武的姐姐和妻子再次入京，第二次分别向刑部、都察院、步军统领衙门投递诉状，申诉冤屈，并向在北京的浙江籍贯的官员哭诉冤情。
这场风流命案，早就在北京传得沸沸扬扬。北京的浙江籍贯官员，最初听说此事，对新科武举杨乃武恨之入骨，认为他简直就是衣冠禽兽，切齿痛恨之下，惟恐其漏刑，盼其速速处死，以平民愤。
这时，看到这份冤情，知道了案情真相，他们无不表示同情，决定对此案进行干预，要求查明真相。
御史边宝泉特地上了一道折子，严厉指责浙江巡抚严重失职，面对如此人命关天的案子，竟然粗心马虎，居心不公。
慈禧太后接到奏章，十分愤怒，指示浙江学政胡瑞澜复审此案。
胡学政收到厚贿，一味轻信验尸报告和众多证人证词，对案中矛盾之处不加分辨，也不仔细倾听两位当事人的陈述，依旧日以继夜地严刑逼供，杨氏、毕氏受熬不住，又一次含泪屈招。
胡学政回奏：原审无误。随奏将有关审理记录，全部附上呈奏。
慈禧太后对侍女说：如果属实，武举杨乃武也当从重惩办，凌迟处死！
杨菊贞、杨詹氏感觉绝望，就日夜跪在刑部门前。浙江籍贯的官员听到传出慈禧太后的懿旨，要从重惩办杨乃武，真有末日来临之感，他们一起合计，觉得只有重贿李莲英，才有转机，才能让这个冤案大白于天下。于是，他们用重金进献李莲英，将真相告诉他，请他奏明皇太后。
慈禧太后问及李莲英时，李莲英就将杨乃武的亲笔狱中辩供进呈给她。慈禧太后沉吟片刻，吩咐：刑部复审。并召帝师翁同龢入宫，任命他代理刑部右侍郎之职，负责审理此案。
浙江在京官员汪树屏代表浙江籍贯的30余名官员．联名上书都察院、刑部，揭露浙江省地官员在审理杨乃武一案中，省、府、县三级，七审七绝，都是严刑逼供，屈打成招；这些朝廷命官，官官相护，上下包庇，草菅人命，欺骗朝廷，请求将一干人犯，全部解京审问，以查明真相，昭示天下。
御史王书瑞弹劾杨乃武案案情未确，疑惑众多，建议刑部复鞫。
慈禧太后开始认真关注此案，朱笔指示：反复研求，尽速核复！
当时，刑部六大堂官，主事的崇实、恩承二人卧病在家，没有到职；贺寿慈因赎职犯科，被御史弹劾，赋闲在家；具体办事的，就是绍祺和桑春荣，再加上新任命的帝师翁同龢。绍祺没有文化，办事没有主见，不敢负责；桑春荣新任刑部尚书，为人胆小怕事。这样，这场大案的审理重任，就完全落到翁同龢身上。
翁同龢接旨后，直接调取有关此案的卷宗，特别仔细地核查杨氏、毕氏二人招供、翻供的供词，从中发现疑团丛生。翁氏敏锐地发现：葛毕氏说刘知县之子刘子翰强奸她，浙江巡抚的原奏却只字不提刘子翰，胡学政复审回奏，干脆称其并无往来！翁同龢说：大有蹊跷！
翁先生先后访问了浙江在京官员多人，主要是官品、人品可信之人，包括帝师夏同善以及余君撰、张家襄、林拱枢等人。余君撰是刑部秋审处的总办，负责死刑犯的终审，为人公正严直，他也认为此案疑点太多，前后矛盾。林拱枢是正直大臣林则徐的三公子，当时是刑部浙江司的主稿，他也同意翁师傅的见解，认为此案可疑。
翁师傅又访问了在京余杭籍官员多人，特别是吴仲愚先生，吴先生旗帜鲜明地为杨乃武鸣冤，并仔细地分析案情，一一找出疑点。翁师傅感叹：不期而遇，与余见极合，亦奇矣哉！
调查清楚之后，翁同龢主持刑部堂会，就案中疑点一一列举，明白表示：案情一日不清，决不草率复奏！
刑部尚书桑春荣知道此案涉及大臣太多，不敢得罪人，害怕事情弄大，主张不宜节外生枝，维持原判。
刑部侍郎翁同龢坚持己见，驳斥尚书之意见。双方展开激烈争议，相持不下。
堂会最后决定，由帝师翁同龢代为起草奏折，请浙江巡抚答复案中所有疑窦、疏漏问题，驳令再审。
大臣李慈铭在日记中写道：闻主此驳者，全出翁侍郎同和力，与尚书桑春荣争而得之。定议驳奏若侍郎者，可谓不负所职矣！
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