十月初二日，慈禧太后又连发两道上谕，补授恭亲王为总管内务府大臣，全权管理负责皇宫内外事务的内务府一切事务；并授权他，全权管理宗人府银库。
这样，恭亲王集内外一切权力于一身了：首席军机大臣，负责国家军政事务；宗令，负责皇族事务；内务府大臣，负责皇宫事务，包括宫廷内外礼仪、财务、人事、禁卫、工程、日用、奖惩等等大小事务和满洲上三旗军政事务、皇室内外财务。
大臣们更为关注的是如何清理肃顺党人，是彻底收拾还是有所保留？
少詹事许彭寿深思熟虑，特地上了一道折，提出了四点建议：一是门禁宜严，二是查抄宜速，三是查办党援宜严密，四是狱中囚犯宜省释。许詹事的这道折子，中心意思是查办肃顺私党，而且应该从速从严。
慈禧太后没有采纳这一主张，她认为应该首恶从严，协从从宽，这样既树立了权威，又打击了政敌，安定了人心。恭亲王也很赞同太后的想法，认为当务之急是安定局面，对肃顺私党应该分清情况，区别对待。
慈禧太后于十月二日、三日，连发两道上谕，命令大臣西拉布前往北京肃顺府邸查抄家产，派遣春佑前往热河查没肃顺私寓。这道查抄谕令，初一晚上秘密签发，行动结束之后，于初三日才送交内阁明发。
满洲王公贵族，特别是宗室成员，如果不犯叛国之罪，他们享有许多特权，主要特权就是不判死刑，不入刑部监狱，不上枷刑示众。
肃顺之流，与慈禧太后、恭亲王结怨太深，她和恭亲王自然一定要置他们于死地，以绝后患。这样，两宫太后传下谕旨，命恭亲王会同大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道大臣，会议如何处置肃顺、载垣、端华。
十月初五开始，恭亲王奉旨会同众大臣合议肃顺3人之罪。肃顺等人是奉遗诏为顾命大臣的，他们的行为基本符合祖制，如何定罪？实在是难为了众人。会议的结果，是久议不下，莫衷一是。
慈安太后心慈手软，大臣们久议不决，她没了主意，神情上似乎有点对不起八大臣。她对慈禧太后说：妹妹，咱们已经赢了，是不是放他们一马？放了算了，都是黄带子、红带子，自家人！
慈禧太后冷冷地说：姐姐，你忘记了热河？他们竟敢那样欺负咱们，目无君上，擅入内廷！咱们今天放了他们，他们明天就会收拾咱姐俩！
慈安太后更没了主意：那，那怎么办？
慈禧太后依旧冷冷地说：杀。
慈安太后打了一个冷颤：杀？
恭王集团的重要谋士李慈铭，认为大权在握了，应当从宽处置肃顺之流。
刑部尚书赵光明白慈禧太后和恭王的意思，在会上，他愤慨地说：载垣、端华、肃顺，阻止太后垂帘听政，反对亲王辅政，矫诏赞襄政务，实为大逆不道罪，按律当凌迟处死！
此议一出，恭亲王大声说：好！
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众御史立即附和，纷纷发表意见，支持赵尚书之议。这样，经过激烈争论，在恭亲王的主持下，终于统一了看法，主张处死首恶之肃顺等3人。
十月初六日，诸王公大臣联合上疏，进呈两宫皇太后和皇上，拟定肃顺等人六条大罪： 一是不善交涉，失信于各国，导致先帝北狩，圆明园被焚； 二是阻止回銮，致使先帝圣体违和，病情恶化，逝于行在； 三是假传圣旨，矫诏赞襄政务，大权独揽，诸事为所欲为； 四是挑拨离间，扬言皇太后不应见亲王，极力贬损皇太后； 五是擅坐宝座，自由出入宫禁内廷，擅用御物，违旨不进； 六是抗旨拒捕，咆哮狂悖；奉旨护送先帝梓宫，携眷同行！
大臣们奏请：首恶肃顺，凌迟处死；载垣、端华，系宗室亲王，宜区别处分；景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛、随声附和，请予分别处理。
事实上，对这八大臣的处理，慈禧太后和恭亲王早就想好了，并拟定了处理谕旨。
当天，就发布上谕，宣布三奸死罪：肃顺，斩，立决；载垣、端华，勒令自尽；御前大臣景寿，系公主额驸，革职，保留公爵、额驸；兵部尚书穆荫，革职，流放军台效力赎罪；户部左侍郎匡源、署礼部右侍郎杜翰、太仆寺卿焦佑瀛，革职，免于发遣。
谕旨颁发天下，宣示中外： 咸丰十一年十月初六日，内阁奉上谕： 宗人府会同大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道等，定拟载垣等罪名，请将载垣、端华、肃顺照大逆律凌迟处死等因一折。
载垣、端华、肃顺，朋比为奸，专擅跋扈，种种情形，均经明降谕旨，示知中外。
至载垣、端华、肃顺于七月十七日皇考升遐，即以赞襄政务王大臣自居，实则我皇考弥留之际但面谕载垣等，立朕为皇太子，并无令其赞襄政务之谕。载垣等乃造作赞襄名目，诸事并不请旨，擅自主张；即两宫皇太后面谕之事，亦敢违阻不行。
御史董元醇条奏皇太后垂帘等事宜，载垣等非独擅改谕旨，并于召对时，有伊等系赞襄朕躬、不能听命于皇太后，伊等请皇太后看折亦系多余之语！当面咆哮，目无君上情形，不一而足。且每言亲王等不可召见，意存离间。此载垣、端华、肃顺之罪状也。
肃顺擅坐御位，于进内廷当差时，出入自由，目无法纪；擅用行宫内御用器物，于传取应用物件，抗违不遵；并自请分见两宫皇太后，于召对时，词气之间，互有抑扬，意在构衅。此又肃顺之罪状也。
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