这个时期他还从事《圣经》的翻译，把它译成德文，所依据的是未被篡改的希伯莱文及希腊文原本。1543年，路德翻译的德文《圣经》面世了，他的翻译为人民提供了对抗天主教会的思想武器。从另一种意义上说，他译的圣经使用的是德国语言，这种统一的语言成为联系德意志各邦的重要纽带。
1546年2月，路德死于其出乍地萨克森的艾斯勒本，享年63岁。他死后，他所创立的基督新教在欧洲各国传播开来，掀起一场轰轰烈烈的宗教改革运动。
“日内瓦的教皇”加尔文
15世纪前后，西欧国家封建制度日趋衰落，资本主义逐步成长。但新兴的资产阶级还没有力量公开地反对封建统治，需要借用宗教作为外衣。于是，反对以罗马教廷为中心的新教便应运而生。加尔文教正是新教的一大支派，以其创始人约翰·加尔文而得名。
加尔文生于法国北部，父亲是主教秘书，这让加尔文受到了良好的启蒙教育。14岁时，加尔文进入巴黎大学学习文学，后又依照父亲的意图进了当时著名的布尔日大学专攻法律。
在大学里，加尔文抓紧一切时间来充实自己。学法律的他又迷上了哲学。路德教的新思想如同磁铁一样强烈地吸引着他。大学毕业以后，教学工作之余，他便设法和新教团体保持密切联系。
那时候的法国，正和德国争夺意大利，可是，法国却在战争中一再失利。法国国王殚精竭虑焦头烂额挖空心思想寻到一个克敌制胜的妙计，一次他突然眼睛一亮，想到了在法国传播日广的路德教。“只要那些信仰新教的诸侯能够全力支持我，何愁战争不胜呢？”于是法王开始容忍新教在法国传播。
但事实却令法王失望，他眼里那些新教诸侯们又都摆出一副事不关己的面孔坐山观虎斗。“我让你们看我的笑话，我要给你们一点儿好看！”恼羞成怒的国王严令法国境内禁止传播新教，对新教教徒一律格杀勿论。笃信新教的加尔文不得不在1534年开始了他的流亡生涯。先是德国，后是瑞士。
此时的瑞士，虽然在名义上隶属神圣罗马帝国，但其实是许多独立的州际联盟。发达的工商业，充分的自治权，民主的市议会，这一切都使得宗教改革的呼声日益高涨。苏黎世一个叫茨温利的神父开始领导东北各地进行宗教改革。他所倡导的新主张诸如：否认罗马教庭权威，反对赎罪券，解散修道院，教士可以结婚，民主选举牧师等一系列惊世骇俗之举。
这些完全代表了新兴资产阶级的呼声。所以当时的市议会对此鼎力支持。
笃信天主教的封建贵族们害怕了，他们想方设法阻止新教的传播。
茨温利为了加快推行新教的步伐，动用了武力，结果引起了一场意外的内战，他自己也在一次战斗中不幸阵亡。新教失去了自己的领袖，正处于群龙无首的局面当中。
正在这一紧要关头，加尔文流亡到了瑞士的巴塞尔。他的到来无疑给新教的胜利带来了希望之光。也许当时的新教徒们并没有马上意识到加尔文将是新教派战胜天主教的一个至关重要的筹码，但两年以后加尔文公开出版了《基督教原理》，对新教的原理作了系统论述，这让新教徒们便看到了希望的曙光。大街小巷听到的是一片议论之声。人们普遍认为《基督教原理》在传播教义方面甚至要比马丁·路德的九十五条论纲还透彻。尤其是其中关于人的等级之分，人们洁身自律的要求太对教徒们的胃口了。
1536年，加尔文来到了瑞士宗教改革的中心日内瓦。当时日内瓦的宗教改革运动正进行得如火如荼，然而当地天主教的势力依然强大，所以当时新旧两教经常进行辩论。而新教的另一个教派“再洗礼派”力量比较强大，主张也激进得多，不断组织平民起事，破坏教堂，拆毁修道院，受到日内瓦当局的迫害。加尔文教派也受到了殃及，加尔文不得不再一次惶惶而逃。
时光斗转星移，政局变幻无常。宗教改革的主张毕竟属于进步的呼声，历史的大潮汹涌而来，无人可挡。宗教改革派在日内瓦终于掌握大权，立稳了脚跟。这时他们迫切需要一个像加尔文那样能领导群众的人物。于是日内瓦市政当局于1541年向流落在外的加尔文发出了正式邀请。
多年飘泊不定颠沛流离的生活，没有使加尔文放弃自己的理论主张，他要进行更大规模宗教改革的信心日益坚定。一接到日内瓦当局的邀请函，加尔文便踏上了重回日内瓦的归程。一路上，他在心中盘算了不下千次的是怎样进一步把宗教改革推向深入？经过深思熟虑之后，一个宏伟的改革计划在他的心中逐渐完善、清晰起来了。
回到日内瓦之后，加尔文开始了改革。他说教会是“上帝遴选出来的人”的组织，不需服从罗马教皇，也不隶属地方诸侯。教会中只有牧师、教师、长老和执事这四种教职，他们都由信徒选举产生。其中长老的作用最大，一般由最富裕的市民担任。各组织单位由长老和牧师管理，实行宗教和政治合一，共同结成联盟，由定期召开的最高宗教会议领导。
这样，日内瓦实际上成为一个政教合一的神权共和国。每个公民都同时受到国家法律和宗教教规的约束。加尔文的宗教改革主张终于成为现实。而加尔文成了日内瓦城高高在上的主宰。日内瓦被称为新教的罗马，而加尔文自然顺理成章地成了“日内瓦的教皇”。
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