从表面上来看，亚拉冈和卡斯提尔两个王国仍是各自独立，两国的大多行政机构也仍然各自保持独立。但是实际上裴迪南和伊莎贝拉所有的决策都是俩人共同制定的，夫妻俩皆尽全力，默契配合，共当西班牙君主。在他俩共同统治的二十五年中，其基本政策是要创建一个统一的西班牙王国，这个王国由一个强大的君主政体统治。他俩的首要目标之一是征服格拉那达──伊伯利亚半岛上仍受伊斯兰教统治的唯一地区。征服战于1481年开始，到1492年2月结束，裴迪南和伊莎贝拉取得了彻底胜利。征服了格拉那达，西班牙占据的领土就几乎和它今日的领土一样多。纳瓦尔小王国在伊莎贝拉死后，于1521年被裴迪南吞并。
裴迪南和伊莎贝拉在其统治初期创建了西班牙宗教法庭。该法庭融法官、陪审团、起诉律师和警方调查人的权力为一体，以其刑罚手段凶暴残忍和审理程序粗糙不平而臭名远扬。嫌疑犯很少有机会或者根本没有机会反驳对自己的控告。他们无法知道控告自己的全部证据，甚至连原告人的名字也无法知道。嫌疑犯若否认对自己的指控常常要遭到酷刑拷打，直到承认为止。根据一项保守的估计，至少有两千人被烧死在火柱刑上，受到刑罚比这轻的人数要比这个数目多许多倍。
西班牙宗教法庭的头目是一个极端狂热的僧侣托马斯·汤戈马达，他是伊莎贝拉的私人仟悔神父。宗教法庭虽然得到了教皇的认可，但是实际上是在西班牙国王的控制之下，宗教法庭一是用来建立宗教统一，二是用来镇压国王的政敌。在英国，封建领主总是保持足够的势力以限制国王的权力。西班牙的封建主也曾经有权有势；但是西班牙国王现在可以利用宗教法庭为武器来镇压公然反抗的封建主，由此来建立一个中央集权的专制君主国，也可以利用它来进一步控制西班牙牧师。
但是宗教法庭的主要对象是在宗教上有离经叛道行径的嫌疑分子，特别是一些犹太教徒和伊斯兰教徒，他们名义上已经改信天主教，但在暗地里却在继续奉行自己先前的宗教。
起初宗教法庭并没有把矛头指向那些把自己的信仰公开出来的犹太教徒，但是1492年在狂热的汤戈马达的极力主张下，裴迪南和伊莎贝拉签署了一项布告，命令所有西班牙的犹太教徒如果不改信基督教，就在四个月内离开西班牙，并且不允许携带财产出境。这道驱逐令对大约二十万犹太教徒是一个大灾难，许多人未来得及找到一个安全的避难之所便横遭杀身之祸。西班牙国中很大一部分最勤劳、最精明的商人和手艺人流离失所，因此西班牙在经济上遭受了一次严重的打击。
当拉格纳达投降时，双方签订的和平协议规定居住在西班牙的伊斯兰教徒可以继续奉行自己的宗教。但是在事实上，西班牙政府不久便践踏了这项协议。因此摩尔人奋起反抗，但却遭致失败。1502年所有住在西班牙的伊斯兰教徒都被迫做出选择，不是改信基督教就是流亡国外，同样的选择在十年前就摆在了犹太教徒面前。
伊莎贝拉虽然是个虔诚的天主教徒，但是却从来不允许让她的正统观念干扰她的西班牙民族主义。为了确保西班牙天主教在西班牙君主制而不是教皇的控制之下，她和裴迪南努力斗争，取得了成功。这就是十六世纪的宗教改革在西班牙未取得任何进展的理由之一。
当然，在伊莎贝拉统治期间最著名的事件是克里斯托弗·哥伦布发现了新大陆，这个事件也发生在极不平凡的1492年。哥伦布探险是由卡斯提尔王国资助的，但是有关伊莎贝拉不得不典当她的珠宝来资助这次探险的说法是不真实的。
伊莎贝拉于1504年去世。她一生有四个女儿和一个儿子。儿子胡安于1479年早夭。她的四个女儿中最著名的是胡安娜。裴迪南和伊莎贝拉把胡安娜许配给菲利普一世（美男子），他是奥地利哈布斯堡皇帝之子，也是勃艮地王国的王位继承人。这两位不寻常的王朝联姻，使得伊莎贝拉的外孙查尔斯五世皇帝继承了欧洲历史上最大帝国之一的帝位，他还被当选为圣罗马皇帝，是当时财富最多、势力最大的欧洲帝王。他在名义上或实际上统治过的领土包括西班牙、德国、荷兰、比利时、奥地利、瑞士、大部分意大利、部分法国、捷克斯洛伐克、波兰、匈牙利和南斯拉夫，此外还有西半球的一个很大地区。查尔斯五世和菲利普二世都是狂热的天主教徒，他们在长年的统治期间，靠掠夺大陆的财富来资助反对北欧新教国家的战争。因此由裴迪南和伊莎贝拉一年安排的王朝联姻几乎在她俩死后一百年当中都对欧洲的历史产生着影响。
现在我们来概括一下裴迪南和伊莎贝拉的成就和影响。他俩经过共同努力，成功地创建了一个统一的西班牙王国，其当时的边界和西班牙在过去五个世纪中所保持的边界基本上相同；他们在西班牙创建了一个中央集权君主专制政体；驱逐摩尔人和犹太人对被驱逐者及西班牙本身都产生了重要的影响，他俩持有的宗教偏见和创立的宗教法庭对西班牙整个未来的历史都产生了深远的影响。
对上述最后一点应该加以讨论。人们可能会十分简单地认为宗教法庭给西班牙穿上了一件文化紧身夹克。在1492年以后的几个世纪里，大多数西欧国家出现了文化和科学技术高度繁荣昌盛的局面，但是西班牙却并非如此。在一发表离经叛道思想就会遭到宗教法庭逮捕之险的社会里，缺乏开拓和创造精神是不足为奇的；在其它欧洲国家中允许发表某些不同的言论。在西班牙，宗教只允许一种完全正统的天主教存在。1700年和西欧其它国家相比，西班牙在思想文化方面是一潭死水，毫无生气。虽然自从裴迪南和伊莎贝拉初建西班牙宗教法庭至今几乎已有五个世纪了，虽然自从它被彻底消灭之日起至今也已有一百四十多年了，但是西班牙还没有从它的影响下真正恢复过来。
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