杰佛逊有关教育的提案包括：完全普及公共初等教育，创办一所使较有才能的人都能受到高等教育的州立大学，建立一种奖学金制度。他的教育方案当时被弗吉尼亚州采纳，虽然类似的方案后来实际上在所有各州中都实现了。
有关宗教自由的章程值得注意，因为它提出了完全的宗教自由，教会与政府完全相脱离（以前英国国教是佛吉尼亚的州教）。杰佛逊的这项提案受到了很大的阻挠，但最终被弗吉尼亚立法机关通过（1786年）。同样的思想主张不久就被其他州的人权法案所采用，后来又为《美国宪法》所采用。
杰佛逊在1779年到1781年担任弗吉尼亚州州长，随后从政坛上“隐退”。在隐退期间他写出了他唯一的一本书《弗吉尼亚札记》，书中清楚地表明了杰佛逊反对奴隶制的立场，还包括有其他方面的记述。1782年杰佛逊的妻子去世（他们结婚整十年，有六个孩子）。他虽然十分年青，但从未再娶。
不久杰佛逊东山再起，他加入了国会。在国会上，他的一项为实行十进位货币制的提案被通过，但是他的另一项为实行十进位度量制的提案却未被通过。他还递交了一份在所有的新州中禁止实行奴隶制的提案，但因一票之差而未被通过。
1784年，杰佛逊前往法国执行外交使命，不久便接替本杰明·富兰克林担任美国大使。在法国他一住就是七年，因此在《美国宪法》起草和通过的整个期间他都不在美国。杰佛逊拥护《宪法》的通过，虽然他与许多其他人一样坚信一项人权法案应该包括在内。
杰佛逊1789年返回美国，不久就被任命为美国第一任国务卿。在内阁中杰佛逊和亚历山大·汉密尔顿不久就发生了一场冲突。汉密尔顿是财政部长，他的政治观点与杰佛逊完全不同。在美国汉米尔顿政策的支持者最终聚集在一起成立了联邦党，杰佛逊政策的支持者联合起来成立了民主共和党，该党最终以民主党而著称于世。
1796年，杰佛逊成为总统候选人，他的选票仅次于约翰·亚当斯。根据当时的宪法规定，他当上了副总统。1800年他再度参加总统竞选，这次他击败了亚当斯。
作为总统，杰佛逊对他从前的对手采取稳健调和的态度，因此给美国开创了一个极有价值的先例。从长久的影响方面来看，在他任职期间，政府所采取的最大行动是购买路易斯安那领地，使美国的面积大体上增加了一倍。购买路易斯安那也许是有史记录以来最大的和平移交领土，是美国成为大国的一个因素，是一个具有深远意义的事件。如果我认为托马斯·杰佛逊是购买路易斯安那的主要负责人的话，他在本册中的名次将会提高很多。但是我认为法国领袖拿破仑·波拿巴对这次土地移交负有主要责任，是他做了把土地出售给美国这一关健性的决定。如果说有哪个美国人对购买路易斯安那立下了特殊功勋的话，这个人不是杰佛逊，他从未想到要购买这么一大片宽广的土地，而是美国驻巴黎的外交官罗伯特·利文斯顿和詹姆斯·门罗，当他们看准有机会能做成一笔极其划得来的生意时，就超越自己的外交权限，为获得广阔的领土而展开谈判（值得注意的是杰佛逊为他自己写的墓志铭中并没有把购买路易斯安那作为他的主要成就之一包括进去）。
杰佛逊于1804年再次当选为总统，但是1808年他决定不再参加第三次竞选，因此为乔治·华盛顿树立的先例增添了光彩。杰佛逊于1809年隐退，随后从事过的唯一的政治活动是创立弗吉尼亚大学（于1819年获得审批）。所以他看到了四十三年前他向弗吉尼亚立法机关提出的教育方案的一部分终于被付诸实践。杰佛逊于1826年7月4日在《独立宣言》发表五十周年纪念日之际溘然长逝，结束了他那八十三年多的充实而有意义的人生。
杰佛逊除了有显著的政治才能外，还有许多其他才能。他懂得六门外语，对自然科学和数学感兴趣，他从事科学种田，是位成功的种植园主。他还是一位制造商、小发明家，一位娴熟的建筑师。
由于杰佛逊个性完美、才华超群，人们容易过高地估计他对历史的影响。在估价他的实际影响时，我们也许应该从《独立宣言》开始加以考虑，因为起草《独立宣言》通常被认为是他的杰出成就。首先应注意的是，《独立宣言》并不是美国主要法律的一部分，它的主要意义是表述了美国人的理想，而且它所表达的思想并不是杰佛逊的创造，其中有许多是来自约翰·洛克的著作。《宣言》不是一种新哲学，其用意也并不在于此，而在于简洁地表述了许多美国人已有的信念。
在《宣言》中，杰佛逊的措词虽感人肺腑，但对美国作出宣布独立的决定并没有起到作用。革命战争实际上是在1775年4月（比《独立宣言》早一年）以列克星顿和康科德的战斗开始的。在这两场战斗随后的日月里，美国殖民地面临着一种重大的抉择。是直接了当地要求独立还是寻求与英国政府达成一项和解呢？1776年春天，大陆会议群情激奋，强烈地倾向于前一种抉择。不是杰佛逊而是弗吉尼亚的理查德·亨利·李在6月17日正式提议美国殖民地应该宣布独立于大不列颠。会议决定把对李的提议投票表决推迟几个星期，并且指定一个以杰佛逊为首的委员会在此期间准备一项公开声明，陈述宣布独立的理由（其他委员都明智地让杰佛逊起草这项声明，几乎由他一人起草）。会议于7月1日开始讨论李的提议，翌日进行投票表决，结果获得一致通过。正是7月2日的投票表决才作出了支持独立的重大抉择。直到这次投票表决以后才开始对杰佛逊的草案内容进行讨论。1776年7月4日草案作了一些修改后被通过。
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