自从上次曹操派人来请华佗却没有如愿后，羊衜已经猜出了曹操下一步可能会对华佗不利，于是他劝自己的师父一定要小心为上，毕竟华佗的妻子并没有生病，所以还是及早去荆州为曹操效力，以免将来惹祸上身。
华佗知道羊衜是一番好意，不过他还是坚持不去：
“曹操为人虽然有雄才大略，然而此人弑杀有违天道，从徐州到官渡再到柳城，直到当阳的长坂，他曹操所到之处我都仿佛听到了百姓的哀嚎声，我如果去为他的虎狼之师去医治瘟疫，那不就等于成了祝他残害生灵的帮凶吗？”
对于这个铁一般的事实羊衜自然是心知肚明，可是医者父母心，他认为曹军的士兵同样的是人，不能因为曹操的缘故就对他们置之不理。再加上曹操为人猜忌心非常重，如果华佗此次不去效命的真是原因被曹操知道的话，恐怕后果也是可以预见的。
“当他们拿起武器杀害平民的时候，就已经不能算是人了，我知道这件事瞒不了多久，也从没有想过自己会安然脱身。”华佗早已经抱着必死的决心，只是他担心自己的精湛医术没有人能够继承下去，所以他将麻沸散和五禽戏的相应手记都交给了羊衜，并嘱咐说：
“我料想曹操不久便会派人来拿我，为了免遭牵连你赶紧带着发儿离开这里，如果遇到蔡珏的话，你告诉她无论将来发生什么都不要来救我，这已经是我唯一的归宿了。”
不久之后，华佗以谎言拒绝从仕的消息还是不胫而走，曹操大怒，下令留守许都的荀彧派人用囚车将华佗押进大牢。起初曹操只是想稍加惩戒一下华佗，最终的目的还是想要逼迫他乖乖来的阵前为自己效力，不过华佗被捕入狱后拒绝了荀彧多番好意相劝，将曹操仅剩的一点耐心磨得一干二净，也最终让曹操下定了要诛杀他的决心。
跟在曹操身边多年的荀彧深知曹操的秉性，他赶紧亲自写书信派人飞马星夜传至曹操处，恳求曹操看在华佗医术高明、世间罕有的份上，放华佗一条生路。
但是曹操态度坚决，他对荀彧派来的信使怒声斥责道：
“天下行医者众多，难道就找不出第二个华佗吗！”
华佗在入狱的这段时间内亲笔写下了《百毒秘录》，也就是之前交给羊衜的手记之中关于解毒之法的杂文全部统一起来写了进去，在临刑之前他想要将这卷书交给狱卒，恳请他们转交给羊衜，但是狱卒害怕自己这样做可能会触怒曹操，所以拒绝转交。
无奈之下华佗叹了口气：“哎……看来只好让羊衜他自己慢慢学习整理了……”
不久曹操下令在狱中将华佗处死，《百毒秘录》也不知所踪，不过在司马懿和程昱的力劝之下，曹操没有将华佗的罪名波及到他的家人，因此羊衜父子和华佗的家眷都幸免于难。
虽然曹操一怒之下杀了不听从自己征召的华佗，却也不得不面对瘟疫无法遏制的现实。
春分（二候）：逆水强破军
不到五天，张郃军中便已有近五百人因疫情无法医治而去世，虽然张郃及时将这些病死的军士尸体加以焚烧以阻止疫情的蔓延，然而诸葛亮凭借自己当初在张仲景身边时学到的精湛医理，进而调制出来的毒素传染性极强，已经远远超出了张郃的控制范围。
曹操为此而焦头烂额，不过这并没有改变他继续进军的计划，加之徐庶对曹操说：
“虽然张郃将军的骑兵暂时受疫疾所困，不过丞相的水师仍旧十分强大，攻打江东以水师为绝对核心，所以对您的计划并没有太大的影响。”
深知南方多江流河道的曹操认同了徐庶的意见，所以决定让张郃把军中已感染疫疾的士兵迅速隔离开，而后自己派遣水师战船迅速行驶至赤壁当口将身体健康的士卒装船，尽速渡过南岸从而避免疫情的加剧。
而这时在诸葛亮看来张郃的这五万兵马是死是活，已经完全在自己的控制之下了，他对刘备建议说：“主公，张郃的兵马因为瘟疫已经折损近半，眼下正是彻底击溃他们的最好时机，我们应当尽快和周瑜取得共识，在张郃所部登船的时候由周瑜的鄱阳水师对曹军发起突击，而我们也与此同时在江岸北侧发起进攻，如此以来就算不能全歼也能重创曹军主力。”
刘备采纳的了他的建议：“军师所言甚是，如此便有劳先生详加筹谋了。”
正当诸葛亮领命准备退去的时候，刘备突然对着他的后背笑道：“张郃所部的行动似乎军师早就有所预料，我倒是没有从元直送给我的密信之中听到这件事，军师是如何得知的。”
诸葛亮知道刘备在怀疑自己的消息来源，或者是他已经从徐庶的书信之中得知了司马懿的存在。他转身对刘备躬身答道：
“回禀主公，曹操身边的谋士司马懿与我有旧，他一心效忠陛下所以答应协助我们共破曹贼，此人一直与我互通消息，我正想这段时间将这件事禀明主公，因为军务繁忙所以……”
“诶……”刘备伸手制止了诸葛亮的解释：
“我对军师做事还是放心的，你尽管放手去做，我只是好奇问问罢了。”
在诸葛亮看来刘备的话绝对不是问问罢了这么简单，他对自己的信任感恐怕已经开始降低，然而不管怎么样现在的刘备必须要依仗自己，所以就算是心有存疑也只能到此为止了。