不过，看着隆庆帝和贤宁皇后那充满期待的模样，拒绝的话司马清正又实在说不出口，这么多年未在他们身旁侍奉过一日，已是司马清正不孝，现在隆庆帝已虚弱成这幅模样，司马清正又怎能一点都不为他分忧呢?
因此，司马清正只得勉为其难的答应了下来。
接下来，隆庆帝开始为司马清正讲解朝中的局势，以及各个朝臣的来历以及身份背景，贤宁皇后则在一旁加以补充。
从第二日开始，司马清正便易容成隆庆帝的模样，开始上朝听政。
因着司马清正已离开京城多年，朝中大小官员的脸孔对司马清正来说，都是非常陌生的，幸好福全已跟随隆庆帝身后上朝多年，对朝中形势非常清楚，可以在一旁提点司马清正。
上朝之后，福全按照从左到右的队列顺序，一一介绍了官员们的姓名，司马清正再与昨日隆庆帝告之司马清正的有关他们的官职和关系背景等一一对上，暗暗记在心中，并对他们进行逐一观察。
回到隆庆帝的住处之后，隆庆帝将当日所收上面的奏折也直接交由司马清正处理，他仅仅是在司马清正批完之后，审阅一下，给点意见而已。
几日下来，司马清正处理朝政变得越来越顺手。
通过朝堂上的言语以及奏折上的文字，司马清正也大概对大臣们的性格有了一个大致了解，知道哪些人狡诈奸猾，哪些人憨厚忠诚，哪些人可重用，哪些人不堪大任，等等。
而在这些人之中，司马清正最讨厌的便是那个倚老卖老的秦丞相，不知是不是从秦皇嫂处得知了司马清明的病情，他想让宗义和宗强兄弟上朝听政的要求变得越来越迫切，不过每次均被司马清正用四两拨千斤的方法打压了过去。
不仅如此，为了防止日后外戚专权，司马清正直接将宗义和宗强从司马清正原本的太子人选候选名单中勾了去。
只是，说到司马清明，司马清正不禁又开始伤感起来，接手朝政后，司马清正曾有几次夜里出宫去看望他。
不过，每次回宫后，司马清正都会难过上半天，因为司马清正只能眼睁睁看着司马清明生命力一点点的衰竭，却无能为力。
而之所以将探视时间选在晚上，却是司马清正故意而为之，不仅仅是因着司马清正政务繁忙，还因为司马清正怕白日里会碰上被司马清正安排在公主府照顾司马清明的风妩，司马清正不知道该怎样向她解释自己现在的处境，也不知道自己能不能如曾经向她承诺过的那般，远离京城，远离世事，与她一起，光明正大、自由自在的生活。
除此之外，司马清正还可以在探视完司马清明之后，趁着月黑风高，潜去尚书府，在她房间的屋顶上，揭开几片瓦，呆呆的打量上她一阵，以慰自己的相思之苦。
然而，即便是这样，这种日子也没有持续太久。
司马清正篇 49
隆庆三十二年十月十五日晚上，察觉到司马清明已到了强弩之末的风妩，让司马宗仁派人分别去皇宫通知司马清正、隆庆帝、贤宁皇后以及宗义、宗强、秦皇嫂他们来看看司马清明。
果然，呈回光返照之势的司马清明对在场的每个人都好好嘱咐了一番后，终于不堪病痛的折磨，抛下他的妻儿、隆庆帝、贤宁皇后以及司马清正，撒手人寰。
当时，风妩也在场，看着悲痛欲绝的司马清正，曾欲上前安慰一番。
一来心情确实糟糕到了极点，二来也不知道该与她说些什么，所以，司马清正只是匆匆的对她点了个头，就去安慰隆庆帝和贤宁皇后去了。
之后的几日，司马清正抵挡住来自秦丞相和秦皇嫂方面的压力，依照司马清明临终前要求，准了司马宗仁所上的奏折，从云雀境地运来云雀皇嫂尸骸，与司马清明一起合葬在皇陵，按照帝王葬礼的规制来举办。
而办完司马清明的身后事之后，隆庆帝第一次不顾司马清正的意愿，亲自下旨，册封司马清正为太子，以便日后能以太子身份，用司马清正的真实面目来上朝听政，也好伺机建立司马清正的威信。
不忍心惹因丧子之痛再次让身体变得摇摇欲坠的隆庆帝生气和伤心，司马清正抱着侥幸心理，想等到隆庆帝身体好点之后，再来说服他同意司马清正将太子之位禅让给司马宗仁。
选择司马宗仁，是因为他即位不会如宗义、宗强那般造成外戚专权，而且，他生性纯良，应当也不会过分的为难宗义、宗强以及秦皇嫂。同时，也能让司马清正解脱出来，不会被皇位所羁绊。
因此，司马清正开始有针对性的培养成司马宗仁来。
只是，隆庆帝并未给司马清正时间，让司马清正为自己的禅位做准备，隆庆三十二年十月三十日凌晨，他也撒手西归，去天上寻找司马清明去了。
自然，在他的那道临终遗旨上，皇位继承人毫无疑问就是司马清正了。
司马清正怀着沉痛无比的心情，处理完隆庆帝的丧事，又为了不引起政局的动荡，于隆庆三十二年十一月三日登基，改年号为清正元年。
只是，司马清正登基后第一件事，便是追封司马清明为“威强敌德帝”，云雀皇嫂为“柔质慈民曰惠皇后”，秦皇嫂为“温柔好乐曰康皇后”。
既然司马清正将司马清明追封为帝，那便也能顺理成章的册封司马宗仁为皇太子，宗义为平南王，宗强为平西王，打算再辅佐司马宗仁一两年，便将皇位禅让与他。