布雷耶和苏特两位自由派大法官虽然在人工计票案具有宪法性的问题上与多数派站在一起，但他们认为联邦最高法院不必死守12月12日截至时间，而应该允许佛罗里达建立统一的计票标准，并在12月18日选举团投票前完成人工计票即可。他们的这一异议得到了史蒂文斯和金斯伯格两位大法官的部份同意。
真正一致的异议是由史蒂文斯大法官提出，布雷耶和金斯伯格大法官加入。针对多数派大法官的说法——佛罗里达高院的决定改写了佛罗里达的法律，史蒂文斯认为佛罗里达高院的决定不过是解读州立法机构的立法。更重要的是，美国宪政实践的传统一向是，在涉及州法的含义时州最高法院的有关决定是最终裁决，因此联邦最高法院不应介入。在结论中，他甚至上纲上线道：“法治的真正支柱在于对执法者的信心。时间会有一天愈合今天的判决给这一信心所造成的伤害。但是，有一点是肯定：我们或许永远无法百分之百地确定，到底谁才是今年总统选举的赢家，但确定输家却显而易见，那就是这个国家对法官作为法治无私的守护神的信心。”（值得注意的是，史蒂文斯是共和党人福特总统任命的，一向被认为是倾向共和党的保守派，但这次却成为坚决反对最高法院决定的异议者。显然，保守派和开明派的分类并不十分准确，同时也说明指责最高法院这一决定完全受党派利益支配，根据并不充份。）史蒂文斯和金斯伯格的异议主要强调不应该质疑佛罗里达高院对州法的解释，它并没有改写法律。
在所有的异议中，以布雷耶大法官的异议最为突出，因为他从根本上认为这是个政治问题，具有不可司法性。由此看来，除了布雷耶外，其余的大法官都认为佛罗里达选票争议是可以由司法管辖的，分歧只在于是由州还是由联邦司法管辖。
尽管最高法院最终进行了干预，但实际上这一干预相当勉强。在法院意见书的结尾部份多数派大法官不得不这样表白：“没有人比本法院的成员更明了司法权的根本限制（the vital limits），在尊重宪法的设计——通过他们的立法机关让人民并由政治来选择总统——方面没有人比本院更坚定。但是，当诉讼双方启用诉讼程序后，我们就必须处理诉讼中的联邦以及宪法问题，这是我们义不容辞的责任。”
很难说保守派大法官因为党派利益改变了他们司法克制观念。因为，正是通常被认为是保守派的三位大法官强调，应由佛罗里达议会而不是州最高法院处理整个选举事宜。他们还指责州最高法院在审理整个案子时不是在解释州法，而是在重新创制州法。首席大法官伦奎斯特、大法官斯卡利亚和汤马斯3人在支持裁决的附加意见中指出：按照佛罗里达法律，只有那些标记清楚的选票才是有效票，而佛罗里达最高法院允许人工计算标记不清选票的作法违反了佛罗里达的立法。本来。这虽然只涉及到佛罗里达内部的分权问题，但本案涉及的却是总统选举这一事关联邦的大事，属于宪法第2条规定的内容。因此，他们才不厌其烦地从法理上说明，在选票汇总上报的截至日期和所谓“合法选票”（legal voter）问题上佛罗里达最高法院如何违反了佛罗里达有关选举的法律和宪法第2条。其次，从技术可行性上说，要在12日之前完成重新计票是根本不可能的。
在判决意见书中，需要特别注意的是布雷耶大法官的异议。通过对总统选举问题的宪法史考察，他强调，布什诉戈尔案涉及的是一个不可司法的政治问题，因为“美国宪法的制定者和（制订1887《总统选举人条例》的）1886年国会作出的决定，都是尽可能地减少最高法院在解决总统选举难题上的作用，这既明确又明智。对国会来说，解决选举纠纷难题可能是非常棘手和困难，但是，作为一个政治机构，它比非民选的最高法院更准确地表达了人民的意愿，而人民的意愿正是选举的意义所在。”在结论中布雷耶写道：“我担心，为使这一久拖不决的、令人烦恼的选举过程有一个明确的结果，我们没能充分注意到有必要‘制衡我们自身权力的行使’，‘我们自我约束意识’”。他还援引著名大法官布兰代斯（Louis D.Brandeis）关于司法克制的名言：“我们要做的最重要的事是什么都不要做。”（The most important thing we do is not doing）他认为“最高法院今天所做的其实并不应该做”。布雷耶的看法是最高法院应当进行自我约束，驳回案件而不触及其实质问题。应该说，布雷耶的观点有相当强的合理性和理论上的说服力。
此外，还有一个利益冲突是否应该回避的问题。其背景原因是，已有几位最高法官大法官表示近期将退休，这意味着不论谁上台，新任总统都会提名自己信任的人选出任大法官。而大法官自身，不论是开明派还是保守派，当然都希望有志同道合的同僚，这样一来，他们在大选案中就与自己的这一利益搅和在一起，这很可能是保守和开明两派如此泾渭分明的一个主要原因。所以，从利益回避的角度来看，最高法院似乎也不应该接这个案子。（自由派批评家还指出，大法官斯卡利亚的儿子工作的律师事务所恰好是替小布什在最高法院辩护的那一家，而大法官托马斯的太太则在著名的保守派思想库传统基金会[heritage foundation]工作，负责为小布什政府特色合适的官员人选。）
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