杨秀清采用的做法是先向洪秀全示威，通过各种方法恐吓洪秀全，告诉洪秀全，自己随时有办法收拾他，聪明的就赶快封我为万岁。洪秀全在宫中对女官和侍妾很苛刻，时常因小事打杀宫中女子，最严重的是穿木屐猛踢已有身孕的小老婆，致使她流产。杨秀清于是以“天父”的身份来整顿家事，痛骂洪秀全虐待女官的暴行，并给予重责四十军棍的处罚。事情也不能做得太绝，杨秀清在洪秀全认罪后，撤销了这个处罚。
多次羞辱洪秀全之后，杨秀清又给自己加封号，“圣神风”、“赎病主”、“劝慰师”，圣父、圣子、圣灵三位一体中，他占去两个。不但如此，杨秀清还夺走洪秀全仅存的两个权力：对教徒宣判教刑的仲裁权和《圣经》的解释权，这实际上是一点点剥夺洪秀全在宗教上的地位，大概此时，被逼得无路可走的洪秀全已起了杀杨之心。
在洪秀全一路的退让下，杨秀清开始逼封万岁，杨秀清搞得很露骨，大概他自以为权重，有恃无恐。这一年，太平天国科考，杨秀清出的题目竟然是《四海之内有东王》，这已经是公开的宣称万岁了。不久，杨秀清家门口的对联换上了这么一副：“参拜天父，永为我父；护卫东王，早做人王”， 这不但是司马召之心，路人皆知，简直是自己宣布出来了。一切的事情都明朗化，洪秀全明白，如果不封杨秀清为万岁，这事是不能了断了。天无二日，国无二主，洪秀全开始布置杀杨。
杨秀清的计划也在紧锣密鼓中，他先是宣布，自己“继治天下，佐理万国之事”，后又借天父下凡，召洪秀全，声色俱厉地问道：“你打江山几年，多亏何人？”洪秀全老实回答：“四弟”。天父又说：“你既知道四弟有咁大功劳，何止称九千岁！”洪秀全如果在这时反对，极有可能被“天父”废除，只得回答说：“四弟打江山，也当是万岁。”天父接着问：“东世子岂止千岁？”洪秀全干脆一切遂他心愿，说：“四弟既万岁，东世子也便是万岁，且世代都是万岁。”洪秀全向众臣宣布：“今后遵天父圣旨，东王称万岁，东世子也称万岁”，预定在杨秀清生日那天举行称万岁典礼。后来杨秀清也过意不去，宣称自己是万岁，洪秀全是万万岁，可惜没有用了。
洪秀全手头虽然无兵可用，当其他王手头有兵。正好杨秀清骄横的态度，得罪了不少王。先前因韦昌挥的水营士兵闹兵变，杨秀清打了韦昌辉这个六千岁几百军棍，几乎致残。韦昌辉是个有心计的人，他知道自己得罪不起杨秀清，于是更加隐忍谄媚的讨好东王，以求得生存。杨秀清到北王府，每次轿子一到到，韦昌辉就扶轿迎接，论事不到三四句，就跪谢说：“非四兄教导，小弟肚肠嫩，几乎不知道”。最明显的是韦昌辉的哥哥与东王的小舅子争一块地皮，杨秀清竟然要杀韦昌辉的哥哥，杀人也就算了，杨秀清又特地把案子发给韦昌辉审理，欲置韦昌辉于进退不能的死地。韦昌辉心肠也是阴柔奸险，他干脆把自己的哥哥五马分尸，说不如此重治，不足以儆众。杨秀清越防范他，他就越加服从。杨秀清越加打击他，他就越加谄媚，其实背地里，韦昌辉一直在盘算机会治杨秀清死命。杨秀清虽然雄才大略，但刻毒阴狠的作风，实际上给了树立了许多要命的敌人。
洪秀全密诏秦日纲、韦昌辉、石达开回京诛杨，除韦昌辉外，秦日纲等人也因为小事遭受杨秀清杖责，与杨有仇。石达开却和杨秀清没仇，甚至在一段时期内还亲如兄弟，石达开参与诛杨，理由有三：一，石达开是读书人，不信迷信，性格清高，他特别讨厌杨秀清天父下凡的把戏，不愿意在杨秀清搞天父下凡时下跪听训，甚至几度欲撕破脸皮揭穿杨秀清的画皮，两人因此面合心不合；二，杨秀清逼迫洪秀全太甚，石达开也视其为乱臣；三，石达开自负才华绝世，不肯居杨秀清之下，诛杨后，自己可取而代之，成为军师。于是，石达开、韦昌辉等人纷纷从前线调兵入京杀杨。
石达开节制征西部队十数万，军权最重，按理应该由他先发难，但石达开比较有心计，杀东王不是小事，搞不好会把身家性命赔进去，就算能杀东王，也肯定要落下内讧的恶名，所以这个恶名不妨让给别人去担，等杀杨事了自己再出来收拾残局。石达开存了这个念头，部队就久屯在天京附近不动，最先赶到反而的是韦昌辉。韦昌辉从江西前线连夜带兵三千回京，密谋杀杨。杨秀清府中本有卫兵把守，韦昌辉用洪秀全的令牌骗过东王府卫兵，冲入东王寝宫，东王杨秀清措手不及，被韦昌辉砍下头颅，一带雄杰，就此归天。
韦昌辉带进城的部队只有三千人，而城中忠于杨秀清的部队却有数万之多，这些士兵在天京城闹起兵变来，如果处置不得当，恐怕连天王都要被推翻。斩杀东王余党成了洪秀全、韦昌辉等人最重要的任务。秦日纲赶到天京后，和洪秀全、韦昌辉设计了一个毒计：
洪秀全先发布一个布告，痛斥韦昌辉对东王府的杀戮，宣布韦昌辉和秦日纲为叛逆，把韦昌辉和秦日纲锁上铁链，跪在天王府门前，挂了一副两米多长的判决，用金粉和朱砂刷上判决书，宣布两人将被杖责五百后处死。东王的余党都被邀请来参观行刑的场面，他们都被骗先解除兵器，坐到天王府内高墙下的院子里，等东王余党都到齐了后，大小院门一起关闭，韦昌辉等人开始实施对杨党的大屠杀。当时的爱尔兰传教士对此有详细记载：
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