孙恩事件冲击了东晋的根基，但这个日薄西山的朝廷并没有彻底倒下，还要等桓玄再来一次篡位，才会让它变得更加残破。桓玄是东晋名臣桓温的儿子，桓温晚年的时候野心勃勃，颇有代晋自立的野心，虽然至死也未能实现心愿，但桓玄后来却因此受到朝廷的猜疑，一直郁郁不得志。许多宗亲朝臣经常有意无意地对他提起桓温当年的野心，其中琅琊王司马道子的讽刺尤其让桓玄感到惶恐。后来司马道子成了控制朝政的权臣，桓玄也在荆州培植起了自己的势力，由于对朝廷多年来的排挤和闲置感到不满，也为了满足父亲当年未竟的愿望，桓玄制造了一场叛乱，攻入京城建康，诛杀司马元显和司马道子，自己掌握了朝政大权。
笑祖俭德宋史纪：宋主骏大修宫室，土木披锦绣。坏高祖所居阴室，起玉烛殿，与群臣观之：床头有土障，壁上挂葛灯笼，麻蝇拂。袁以盛称高祖俭德。宋主曰：田舍翁得此，已为过矣。
桓玄之所以能够顺利进军，刘牢之的投降起到了很大作用。虽然他是北府兵的将领，但毕竟不是世家大族出身，因此许多年来经历了不少冷落与嘲讽。他手握重兵，却又无所适从，不知道怎样才能建立起自己的势力，一心只想着依附一个能够重视他的强大后台，才能巩固自己的地位。在这种想法的左右下，他先是被司马元显收买，倒戈攻打与自己共事的王恭，后来又背叛司马元显，转而投降桓玄。但桓玄进了建康以后，刘牢之却发现他想要夺自己的兵权，又打算起兵反对。可是为时已晚，这种朝秦暮楚的行为已经彻底毁了刘牢之的前程，他得不到将士们的支持，没多久就在败逃的路上自杀身亡。
桓玄的目标并不仅限于掌握朝政，他更大的愿望是代晋自立。为了这个目标，他需要更多的人才为自己所用，于是战功赫赫的刘裕就进入了他的视线。刘裕比刘牢之清醒得多，他早就提醒过刘牢之不要频繁改换门庭，但后者却没有听从，直到即将身败名裂时，才后悔当初没有听从劝告。而对于刘裕来说，刘牢之的教训也给了他警示，让他必须更小心地对待每一个人生选择。
桓玄的从兄桓谦曾经私下里向刘裕打听他对桓玄代晋的态度，这时的刘裕已经看出桓玄没有前途，正打算找一个时机起兵。但为了避免打草惊蛇，他还是故意把桓玄大大夸赞了一番，说他代晋自立是天意所归，民意所向，让桓谦听了非常满意。到了十二月间，已经登上帝位的桓玄见到刘裕，对他大加优宠，常召他一同出游集会，但这些只是增加了刘裕对他的反感。虽然桓玄身边有人觉得刘裕恐怕不会久居人下，劝桓玄尽早除掉他，但桓玄对自己的军事才能很没有信心，还想要让刘裕帮他平定了关陇地区以后再作打算，只能继续拉拢刘裕。
桓玄所缺乏的不仅仅是军事才能，他的政治才能和治国经验也很一般。刚到建康的时候，他罢黜奸佞之臣，提拔有才能的贤人，还曾让厌倦了战乱的东晋士民们为之振奋，但没多久他就显露出志大才疏的真面目来，频繁游猎，大兴土木，朝令夕改，以致政治混乱，结党营私者层出不穷。再加上他有意冷落朝廷，有意降低皇室待遇，甚至让皇帝挨饿受冻，更让人们大失所望。这时又恰好赶上三吴地区爆发饥荒，许多地方人烟绝迹，朝廷内外人心惶惶，怨声载道，一片末世来临的惨淡景象。
公元404年二月，刘裕觉得时机到了，就与刘牢之的外甥何无忌等人共同起兵反对桓玄。自从刘牢之死后，许多人都把刘裕当成了最有希望的政治新星，他因此受到了广泛的支持。现在刘裕又拿出和孙恩作战时的劲头，每次都披甲执兵冲在最前面，一路冲锋陷阵，战无不胜，桓玄的军队在他的冲击下土崩瓦解，桓玄也于当年五月间在逃亡的路上被杀。
建立权威
赶走了桓玄之后，刘裕的威望越来越高。东晋朝廷也当他是救世主，尚书王嘏带领百官奉迎他的车驾，当年曾经替他还过赌债的司徒王谧等人推举他领扬州，他却觉得权力还不够大，假意推辞，于是这职位就节节上升，一直到了“使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、领军将军、徐州刺史”才接受。但没过多久他又做出谦让姿态，执意说官职太高了不敢担当，最后连皇帝都亲自到他家里做工作，他才领下一大堆头衔。
刘裕发达了，关于他的一些龙蛇附翼的传说也渐渐多起来。最有名的一个故事，是说他小时候在外面砍柴，射伤了一条几丈长的大蛇。第二天再去老地方，却看到几个青衣童子在那里捣药。问起原因时，那几个小孩子回答说自己的大王被刘寄奴射伤了，又说刘寄奴是真命天子，他们的大王也不能报复他。寄奴正是刘裕的小名，有意思的是，这些传说的情节和风格与刘邦当年斩白蛇的传说很相似。在刘裕的面前，通往帝位的路也越来越短了。
经过一番动荡后，东晋朝廷名存实亡，作乱的桓氏家族已经覆灭，王、谢等家族元气大伤，门阀世家的时代实际上已经结束。但想要趁乱世捞一把好处的并不只有刘裕，孙恩的妹夫卢循也是一个。卢循和孙恩一样，也是次等士族家的子弟，他容貌清秀，气雅神闲，颇有名士之风。但在小时候，曾经有个名叫惠远的僧人却对他说：
“你虽然长相文静，但心里却藏着不轨之志，对不对？”
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