晋制，诸公及开府位从公者，府中设长史一人，加兵者，增设司马一人，皆秩千石；其下有从事中郎二人，秩比千石；再下是主簿、记室督、西东曹掾、户仓贼曹令史属等职。裴该仍使裴嶷为长史，陶侃为司马，分掌民政和军事；另以裴诜、王贡二人为从事中郎，实掌监察幕府诸事，以及对外情报工作。
而于长史、司马之下，则仿效中央，设尚书，分曹理事——当然啦，名字得换一个。
尚书由台而省，从内朝转为外朝，制度是在逐步完善的，此际尚无后世六部之别，而设诸曹——据说汉末曾有人说过，尚书分曹理事，是预示着曹氏当兴，甚至代汉……
尚书初设于秦代，隶少府；汉武帝开始作为内朝班底；汉成帝时始分五曹，其后历有增减，晋初置吏部、三公、客曹、驾部、屯田、度支六曹，而今则为吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹。此外，晋武帝还析分六曹为直事、殿中、祠部、仪曹等总共三十五曹，置尚书郎二十三人，更相统摄；如今则省为二十六曹（主要是兵权多外放，尚书省于军政上被迫缩编），置二十六郎。
裴该在行台分部门办公，就不便再以曹名了，他干脆套用后世的“部”名，各部首脑称掾，秩比千石。
——这是给朝廷打的报告，分的级别，实际上在行台内部，长史、司马皆列三品正卿，从事中郎与各部掾列四品亚卿。
长史下属七部，分别为：吏部，掌选举和官员的考绩，吏部掾为周铸周子锋；民部，掌民事，民部掾为裴通裴行之……
——裴通本为尚书郎，但是后来裴该把另两名从兄弟裴暅、裴彬也都塞进尚书省去了，裴通被迫整天要瞧那俩嫡派的兄长、从兄脸色，干脆辞职，转投大司马幕府。
度部，掌财税，度部掾为柳卓柳子高；刑部，掌刑罚、辞讼，刑部掾为韦泓韦深之；工部，掌营造、修缮，工部掾为徐渝徐子垠；虞部，掌山林水泽及矿藏，虞部掾为柳习柳季言；商部，掌流通事，商部掾为路德路陆修。
——本来裴该打算任命郁翎负责商部的，但那家伙最近官商做得不亦乐乎，财富滚雪球一般增值，实在没心思坐衙任官，反复推辞，裴该也只得暂且作罢。
相比中央尚书台，这套行台的民政系统缺少主掌典礼、祭祀的部门，这是因为祭由天子，这方面职权，裴该不宜篡夺——再者说了，典礼可以暂归民部，至于祭祀，他还真没这方面需要。
司马下属五部，分别为：兵部，掌军政，兵部掾为辛攀辛怀远；枢部，掌军令，枢部掾为郭默郭思道；警部，掌地方治安事，各郡县戍守军亦受统辖，警部掾为李矩李茂约；屯部，掌屯田事（这部分将随着分田编民，徐徐转归民部），屯部掾为辛明辛鉴旷；行部，掌联络及外族事（因为不能算外交，也非理藩，故此不可名为鸿胪或典客，乃套用汉代大行令之名，称行部），行部掾为游遐游子远。
此外，保留记事部门，为大司马秘书，以郭璞郭景纯担任记事督，为五品上大夫。
军队方面，三军帅、佐及司马不变。中军辖一、二两旅，第一旅以甄随为帅，姚弋仲为佐，下辖劫火营（即第一营）和二、三两营；第二旅以王泽为帅，谢风为佐，下辖摘星营（谢风兼任其督）、劫火左营和灞上营。前军辖第三旅，陆和为帅，高乐为佐，下辖武林营、武林右营和雷霆营。后军辖第四旅，陆衍为帅，董彪为佐，下辖厉风营、蓬山营和第十二营。
——部分左右为名的营头合编，即舍其号。
单设骑兵旅，北宫纯为帅，罗尧为佐，下辖骐骥营和骑兵第二营。改部曲营为警卫营，仍以文朗为营督。
各营营督以上多为少将衔，只有两个例外，一是第一旅旅佐姚弋仲，资历尚浅，不过他是从部曲营外放的，故此以上尉低衔而行高职；二是厉风营督周晋，以其前败，弃守夏阳，故此也只授上尉衔。
定官分职之后，裴该便将陶侃、郭默二军帅尽皆召还长安，使就任司马与枢部掾——驻安定之前军，暂由军佐陆和统领，驻冯翊之后军，暂由军佐刘夜堂统领。这是为了避免将领军阀化，尤其陶、郭二人皆非裴该原从——并不是说若非原从班底必信不过，问题那二位成名都在裴该守徐之前，不但威名素著，易为军民所拥戴，而且本来就有军阀化的倾向；不似原从诸将，多为白身从军，根基较浅，抑且在进入关中之前，一直接受裴该垂直领导，“兵为将有”的观念也要相对淡薄一些。
可是裴该没有想到，陶士行竟然抱子而归！
陶侃本籍鄱阳郡枭阳县，后来徙居庐江郡寻阳县，其父陶丹，为东吴的扬武将军，其兄陶操，按照当时的惯例，长时间在武昌为质，这二位入晋后皆未出仕。因而陶氏贫寒，陶侃本人是从寻阳县中小吏起家的，适逢乱世，遂得乘时而起，青云直上。他娶妻龚氏，生育数子，后来富贵了纳妾、拥婢，又生数子，加起来竟有九人之多——据说女儿数量更多！
陶侃当日是孤身跑来徐州履任的，把妻妾、子女全都留在了江东。据裴该所知，其长子陶洪曾为司马睿掾，早卒，次子陶瞻娶周访之女为妻，如今在周访军中为参军事，其下活着的尚有五子，多在郡县任小吏。其妻龚氏，则是在陶侃北渡后不久去世的。
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