刘五章虽秉承旧制行使职权，但“警总”依据“意识形态，，处理问题的心态，颇有欲罢不能的趋势。在刘玉章任内因文学而入狱的事件层出不穷。
如“民主台湾联盟事件”、1969 年的“柏杨案”、1970 年的“彭明敏潜逃事件”等，均在此时期发生。
以“柏杨事件”而言，柏杨翻译《大力水手》，行诸报刊后，“警总”竟以“影射方式、攻讦政策、侮辱元首、动摇国本”等莫须有罪名将柏杨系狱，关了9年多。1970 年1 月，彭明敏在“有心人士”的协助下潜逃出台；2 月台东“泰源监狱”又发生暴动；刘玉章为这些事，曾向蒋介石“自请处分”，但为当局不予议处，并加官晋爵，直升“陆军一级上将”，成为国民党的第一位“四星上将”的“总司令”。然刘玉章为对彭案负责，一再重申“前议”，终为蒋介石接受，结束他的戎马一生。
刘玉章之后，台陆军将领皆认为陆战队司令罗友伦将是“警备总司令”的最佳人选。不料，命令发布后，竟是“陆军副总司令”尹俊接掌“警总”。
据了解：蒋介石之所以舍罗友伦而就尹俊，与罗友伦做事独断的个性有关。
第五任“总司令”尹俊：“警总”胡混保守时代
尹俊出身黄埔六期，是所谓“古宁头战役”的英雄。1957 年“五·二四事件”后，接替刘炜出任“宪兵司令”，尔后调任“军团司令”、“陆军副总司令”，他与蒋氏父子都有交情，也是一位典型的旧式军人。
尹俊在1970 年担任“警备总司令”，上任后，正逢国民党外交局势逆境，进而影响内部的稳定。同时，蒋介石年事已高，卧病在床，所有的“军国”大计，均交由蒋经国处理。蒋经国主政锐意革新，以图改善外在的形象；尹俊在此时期，对“警总”权势的行使亦谨守分际，不敢有所逾矩，所以，“警总”在尹俊任内，可称得上是“胡混保守时代”。
虽说承平无事，可是，从“保钓”运动、台湾被逐联合国、《大学杂志》事件亦相继而来，情治人员严密注视台湾社会动态及学术界的言行也“与时俱进”。
据一位吴姓教授说：“从参加《大学杂志》后，我的生活即受有关单位的注意。甚至连写学术论文，只要涉及中国现代史的问题，必须事先送审，我不了解，以他们（按：指“总警”）的学术素养，有什么资格审查我的著作。北洋军阀作风不论如何的霸道，可是还容许北大教授有著作的自由。以当局锐意革新的意志，他们该给予学者若干的尊重吧！”这位吴姓教授因发表的《西山会议与中国》一文，语涉蒋介石，竟难逃“警总”拘押，幸赖沈刚伯、黄季陆、傅乐成等人力保，始判交付感化3 年，以“保护管束”为由开释。因吴教授无法忍受台湾的政治气氛，终至远走国外。
尹俊重用政战势力的后果，其结果不同可知。1975 年4 月5 日蒋介石病逝时，执掌“京畿”卫戍安全重任的尹俊，竟未随侍在侧，深为当局不满，终于尴尬下台。
第六任“总司令”郑为元：“警总”政治纷扰时代
尹俊下台后，接任者是郑为元。郑为元出身黄埔八期，历任驻意大利“使馆武官”、师长、“陆战队司令”、“副参谋长”、“陆军副总司令”， 1975 年4 月8 日出任“警总”第六任“总司令。”郑为元任内，正逢70 年代中期，台湾整个政治剧烈的变化、政治争攘不断，党内外的冲突，也日益升高。故郑为元上台后，为防范事故的发生，将“警总”的权限做了大幅度的调整。
郑为元虽在国民党多方协助下，彻底整顿了“警总”，但他在3 年多的任期中，所发生的事故都十分棘手，也饱受外界不少的抨击。尤其是“中场事件”发生后，他与前“调查局局长”沈之岳两人，受到党内元老的责难，因此，不得不黯然去职。
郑为元这一任“总司令”做得十分辛苦，对内，他须受制于政战势力，尤其王升做了“总政战部”主任后，政战系统气焰更形嚣张，而出身军统的“警总”老干部，也在这一时期相继退役，转入“警总”“文职部门”，与政战系统分庭抗礼，因此，“警总”内部职权的纷争，耗费了郑为元不少的心血。
第七任“总司令”汪敬煦：“警总”多事之秋时代
汪敬照出身黄埔十四期，是何应钦的侄女婿，早年靠搞“情治”发迹，却没有一般情治人员“强烈保守”的心态。由于他本人有文才，能力也比较强，故此一度职权甚大。
汪敬煦担任过台湾“驻外武官”、“宪兵司令”、“情报局长”， 1978 年6月，他一上台，就制定了“台湾警备总司令部组织规程”，以明定“警总”的权责和“法定”地位。其次，他要求“警备研究委员会”将“警总”适用的“法律”，提出完整的报告，以确定“警总”执法的“法定”职掌。
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