此时倭国中的邪马台古国已经突然消失，因为没有史书记载，到底此国发生了什么事情也无人可以知道，甚至连它为何被别的政权所取代，也无人可以说清楚。等神州大陆再次和倭国有所来往之时，倭国已经有一个新兴政权取代了邪马台国，世称大和国，这是倭国历史上一个非常重要的政权，但此时神州史书仍然称其为倭国。这个时候，和倭国一海相望的朝鲜半岛也爆发了战争，高句丽和新罗两国都有心统一朝鲜半岛，而受到高句丽新罗入侵压力的百济、伽耶两国和倭国保持着密切的关系，大和国也借这个机会积极插手朝鲜半岛事务，暗地里控制了伽耶不少地区，史书记载，神州十六国时代，百济曾与大和军队一道进攻过新罗。
神州东晋末期和十六国时期，大和国一方面通过插手朝鲜半岛各国的战事，获取各种先进的技术，另外一方面还派出使臣到神州朝贡，大和国在这一时期先后13次遣使到东晋、宋、梁各朝，要求给予册封。根据《宋书·蛮夷传·倭国》的记载，此一时期大和国的最高统治者大王先后由赞、珍、济、兴、武五人担任。南朝宋顺帝时期，还委任过倭国国王为“诏除武使持节都督倭、新罗、任那、加罗、秦韩、慕韩六国诸军事、安东大将军、倭王”。
这一时期，因为神州内乱和朝鲜内部的战争，数以万计的大陆居民移民倭国，这些人带去了大量先进的生产技术和文化，推动了倭国内部的发展，使得其经济文化有了长远的进步，逐步形成以倭皇为中心的政治集团，国家的形式趋于完善。
在神州南北朝时期的梁朝时期，因为高句丽和新罗不断的进攻，受倭国保护的百济势力受到极大的影响，国土不断减小。为了保持百济的存在，大和国将自己控制的伽耶一部分让给百济，意图保存其政权。这种做法并没有缓解百济的危机，反到让大和国内部发生了叛乱，虽然最终叛乱被平息，可是大和国插手朝鲜半岛的计划被打乱，最终伽耶地区被新罗攻陷，使得大和国的朝鲜据点丧失，并引起了大和国内部权利的重新分配，倭国外戚苏我氏控制了大和国的朝廷。
此时神州已经是隋朝时期，统一后的神州数次对朝鲜用兵，不仅使得朝鲜半岛震动，连倭国也感受到了威胁。倭国掌握大权的苏我马子除掉了对手物部氏之后就杀死当时倭国在位的崇峻倭皇，并拥立倭国历史上的第一位女性天皇--推古天皇，并让其外孙厩户皇子作为摄政，此人即圣德太子。在圣德太子的支持下，倭国推行了一系列加强王权的改革措施，并恢复了同神州的交往，派出不少人员前往神州学习考察，这就是倭国历史上的圣德太子改革。
而神州此时也进入唐朝时期，在雄才大略的唐太宗李世民的治理下，神州不论文治武功都有了长足的发展，呈现出新的繁荣景象。不仅朝鲜半岛三国感受到威胁，连一直插手朝鲜半岛的大和国也感受到了危险。当大和国得知唐朝为了开拓疆土，决定联合新罗攻击高句丽后，更是感受到其后面的压力。特别是这一时期，圣德太子派往神州的人员陆续回国，在他们的影响下，大和国内部开始有了新的思潮翻动，并开始有计划的派出人员前往神州，这些人就是被神州历史记录的‘遣唐使’。
不久，因为倭国内部不满苏我氏的专权，改革派就趁这个机会推翻了苏我氏，倭国历史上有名的孝德倭皇即位，定年号为大化。在其执政期间，倭国又进行了一系列的改革，进一步的加强了倭国的中央集权，使得倭国的国家政治体制完善起来，并在汉字的基础上逐步发展起倭国文字。这次改革就是‘大化革新’。
神州唐高宗永徽六年，朝鲜半岛的高句丽和百济联合进攻新罗，新罗向唐朝求援。唐朝出兵后在显庆五年灭了百济，使得和其关系密切的大和国感到不满，为恢复自己在朝鲜半岛的影响力，倭国在主政的中大兄皇子的主持下出兵朝鲜半岛，但在龙朔三年的百村江战役中惨败，不得不将势力撤回国内，并逼使中大兄皇子承认倭国贵族对土地和居民的拥有。从此，一直到唐亡，倭国对神州一直恭敬异常，不敢正眼相看。
五代十国时期，倭国和神州的官方交往开始中断，除了一些商业往来之外，没有再大规模的派出使臣前来神州，双方的交往平淡下来。
大宋立国之后十分注意海外贸易，但此时倭国正是藤原氏当政时期，藤原氏无意同大宋建立正式外交关系，所以这一时期，倭国也没有派出官方人员前往大宋，但双方的经贸往来却没有断绝。神宗在位时期，曾经给了倭国一封国书，希望能和他们建交，但当时倭国已经开始妄自尊大，忘乎所以，并没有回应这次善意的交往。宋室南迁之前，数位皇帝也试图和倭国取得外交联系，但倭国都没有回应，两国始终没有建立起正式的外交关系。
宋室南迁之后，孝宗在位之时，倭国政权为平清盛所掌握，此人热衷于对宋贸易的巨利，开始以倭国名义给宋朝廷回国书，建立起官方联系。源氏兴起之后，继续和大宋通商，并时有国书传到大宋。十多年后，倭国的镰仓幕府就被源赖朝之妻族北条家所掌握，所有政权都归执政北条家所掌握，倭皇成了一种摆设。
而北条义时继任执政之后，虽然也派出过官方人员前往大宋，但其目的却是为了试探神州的虚实，为其再次伸手朝鲜半岛做准备。不过事机不密，而且和其合作的金国也在最后关头弃车保帅，让倭国损失惨重之余却毫无所得，更让淮王找到借口，派兵前来兴师问罪。
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