黄埔军校机构由校总理、校长、党代表组成校本部、直隶国民党中央执行委员会。其编制序列是：校总理孙中山、校长蒋介石、党代表廖仲恺、政治顾问鲍罗廷（苏）、军事顾问加伦（苏）、政治部主任戴季陶、教授部主任王柏龄、教练部主任李济深、教育长胡谦、军事战术总教官何应钦、军需部主任周骏彦、军医部主任宋荣昌。
蒋介石虽然出任黄埔军校校长及国民党军事委员会委员，但他还嫌官小无实权，竟于黄埔军校正式建立后几天，即2月21日私自跑到上海。孙中山叫他回广州，他回信说：“中正如果回粤，焉能专心办学而不过问军事政治？”于是，5月3日，孙中山又任命他为黄埔军校校长兼粤军总司令部参谋长，他才肯回校。5月5日，黄埔军校第一期学生入校学习。6月6日，黄埔军校举行开学典礼，孙中山亲临致开学辞，指出：“开办这个军官学校独一无二的希望，就是创造革命军，来挽救中国的危亡。”黄埔军校正式成立。
二
蒋介石是靠黄埔军校起家的。黄埔军校是在实现第一次国共合作的条件下，孙中山在苏联政府和中国共产党帮助下创办起来的中国历史上第一所培养革命干部的陆军军官学校，它为国共两党培养造就了大批军事政治人才和高级将领。在第一次国共合作时期，黄埔军校一共开办了六期，有不少国共两党著名的人物都在军校工作过。
在共产党人中，如周恩来、熊雄担任过政治部主任；聂荣臻担任过政治部秘书；叶剑英担任过教授部副主任；肖楚女、恽代英、李富春等担任过政治教官。而这六期的学生之中，有不少人日后也成了共产党的高级将领，如徐向前元帅（一期）、林彪元帅（四期）、陈毅元帅（六期）、陈赓大将（一期）、许光达大将（五期）、罗瑞卿大将（六期）、周士第上将（一期）、陈奇涵上将（学生队队长）、杨至成上将（五期）、陈伯钧上将（六期）、郭天明上将（六期），以及项英、左权、周逸群、卢德铭、刘志丹、朱云卿、袁国平、王尔琢等。
而蒋介石作为黄埔军校的校长，在培植自己的势力，建立自己的嫡系部队——中央军的过程中，更是依靠了一批跟随他的“黄埔系”军人，这批黄埔系军人，是蒋介石的中央军的支柱。从下列的名单中我们可以看到这一事实：
在黄埔军校中担任过领导人、军事教官、学生队队长等的国民党高级将领有：何应钦、顾祝同、陈诚、周至柔、刘峙、蒋鼎文、俞飞鹏、张治中、钱大钧、严重、陈继承、王俊、陈焯、张静愚、卢浚泉、王懋功等。
在黄埔军校前六期毕业，以后担任国民党集团军副总司令、兵团副司令官以上职务的有：
（一期）丁德隆、王仲廉、王敬久、王叔铭、邓文仪、甘丽初、关麟征、孙元良、刘戡、刘嘉树、李文、李玉堂、李仙洲、李及兰、李延年、李良荣、李铁军、李默庵、张镇、张世希、张雪中、张耀明、陈铁、陈武、陈大庆、陈明仁、何绍周、杜聿明、宋希濂、罗奇、周振强、郑洞国、范汉杰、胡宗南、贺衷寒、侯镜如、袁朴、袁守谦、桂永清、宣铁吾、俞济时、夏楚中、黄杰、黄维、黄珍吾、梁华盛、彭善、曾扩情、董钊、霍揆彰。
（二期）方天、毛邦初、李士珍、覃异之。
（三期）王耀武、方先觉、石觉、刘安祺、康泽。
（四期）文强、刘炜、刘玉章、李弥、沈向奎、胡长青、胡琏、罗列、周志道、钟彬、高吉人、高魁元、蒋坚忍。
（五期）陈克非、郭汝瑰、唐守治、彭孟辑。
（六期）唐纵、廖耀湘、戴笠。
（潮州分校一期）毛人凤等。
此外，在国民党中央军中担任军长以下职务的，还有大批都是黄埔军校前六期的毕业生。
蒋介石担任黄埔军校校长期间，以“左派”的面目再现，给黄埔学生作了数十次的演讲。另一方面，他又在学校秘密组织“孙文主义学会”，监视共产党，培养右翼政治势力。由于当时正处于大革命时期，蒋介石不敢也不能公开反对革命。
1924年10月，广州发生商团叛乱，蒋介石承担了孙中山交给的率领黄埔学生平叛的任务。10月15日，在一天之间，黄埔学生就将商团在广州的据占全部攻占，学校首树军威。同年11月，孙中山北上，胡汉民代理大元帅职务时，广东军阀陈炯明叛乱。1925年2月，黄埔军校的学生组织东征部队进行第一次东征，取得了胜利。3月12日，孙中山在北京病逝。6月初，滇、桂军阀杨希闵、刘震寰举行叛乱，占领广州。东征的学生军奉命撤离东江，回师平叛。6月12日，回师校军和其他革命军队一起，向叛军全线进攻，仅用了一周时间，便击溃滇、桂联军，收复广州，杨希闵、刘震寰逃往香港。
1925年8月20日，国民党左派领袖廖仲恺在广州中央党部门前遭到暴徒袭击，中弹身亡。当天，国民党中央执委会，国民政府委员会及军事委员会举行联席会议，决定由汪精卫、许崇智、蒋介石组织特别委员会查处。后查明这次刺杀廖仲恺是由国民党右派朱卓文、胡毅生、魏邦平、林直勉等人策划的。这些人有的是胡汉民的老部下，有的是许崇智管辖下的现役军人。蒋介石乘机把刺廖的罪名推到胡汉民、许崇智的身上，派学生军包围了他们的公署，逼迫胡汉民出国，许崇智逃亡上海。8月24日，蒋介石当上了广州卫戍司令。26日，蒋介石把黄埔军校的两团学生军组成国民革命军第一军，自任军长。这样，蒋介石利用廖案扩大了权力，掌握了军队。
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