太平天国起义初期，鉴于八旗兵和绿营兵丧失战斗力的表现，清朝被迫改变老规矩而任用汉人曾国藩、李鸿章、左宗棠、胡林翼，还在军制方面进行了重大改革，把八旗、绿营搁一边，而利用团练湘军、淮军。太平天国被镇压下去后，又组建防军、练军。为了抵御外族的需要还组建了海军和新军，武器也逐步近代化。防军、练军，不用刀矛弓箭，改用洋枪洋炮。体现在新军上的改革更大：装备近代化，兵役制度采用西方征兵制，单一兵种向合成兵种演变。军队的编制、装备、训练全部西化。
清王朝加强了海防要塞，大沽炮台重建，山海关、旅顺口、威海卫、烟台、大连、福建闵江口、广东珠江口、浙江的舟山、镇海都重修了炮台，屯兵驻守。
在抵御侵略的战争中，清朝的统治集团中经常出现对立派别。第一次鸦片战争中有以林则徐为代表的主战派和以琦善、穆彰阿为代表的投降派，最后是投降派在道光皇帝支持下占了上风，使清朝在这次战争中失败；收复新疆的战争有李鸿章为首的只顾海防，不顾塞防派和左宗棠为代表的既重视海防也重视塞防的一派，最后左宗棠的观点为清政府采纳并取得了战争的胜利；中日甲午战争中有以慈禧太后为首的后党避战求和派与以光绪皇帝为首的主战派，清王朝在战争中失败，但这不是战之罪，而是不善战之罪；八国联军进攻中国，慈禧太后为发泄个人私怨，贸然向八国联军宣战，光绪帝和地方督抚主和，最后清朝在战争中失败。
关外时期，努尔哈赤、皇太极从《水浒传》、《三国演义》学到不少军事理论。黄道周《博物典汇·四夷附奴酋》卷二十：努尔哈赤“好看三国、水浒，自谓有谋略”。皇太极还让达海翻译《三国演义》，颁发给将领学习。军事家有努尔哈赤、皇太极。
清代前朝的兵书主要有：《乾坤大略》，王余佑（1615-1684)作，阐述了如下军事思想：一、速战速决；二、选择正确的战略进攻方向；三、以决战为上。《回治平胜算全书》，年羹尧（1679-1726）编。阐述的主要军事思想是：一、重视军事训练；二、重视了解敌情；三、重视占领有利地形；四、根据不同情况采取不同作战方法；《读史方舆纪要》，顾祖禹（1631-1692）著，这是一部军事地理书。此外还有《洴澼百金万》，惠麓酒民编；《将略要论》，刘连城编；《戊芨谈兵》，汪绂编；《兵迹》，魏禧（1624-1681）编。军事家有多尔衮、康熙、施琅、乾隆、傅恒等。
晚清军事著作主要有：《海国图志》，魏源（1794-1857）著，介绍各国历史、地理，谋划整军经武；《平海心筹》，林福祥（1814-1864）编，介绍“毒烟喷筒”等13种火器，还在战略方针上提出了战、守、和三策；《洋防说略》，徐稚荪著，阐述海防建设。此外有介绍西洋武备知识的著作，如《中西武备新书》、《兵学新书》，还有介绍西方军事训练的著作，如《训练操作详晰图说》、《战法学教科书》。军事家有曾国藩、李鸿章、左宗棠、袁世凯等。
清朝军制
清朝先后有8支武装力量：八旗兵、绿营兵、湘军、淮军、防军、练军、海军和新军，兵制经历了传统军制（经制兵）到勇营制（湘军、淮军）再到传统军制（防军、练军）到近代军制（近代海军、新建陆军），装备由冷火器到火器的过程。下面逐一介绍八旗兵、绿营兵、湘军、海军和新军的创建、性质、特征、建制、装备等情况。
八旗兵
弯弓射箭的清朝士兵八旗兵是经制兵，为努尔哈赤所创，起自兵民结合、军政结合、耕战结合的八旗制度。旗是满洲军制名。明万历二十九年（1601）努尔哈赤在牛录的基础上形成。牛录是女真在氏族、部落阶段出师、狩猎当中形成的组织形式。原来每牛录10人，万历二十九年扩为300人。万历二十九年设立四固山，固山就是旗。每旗含5甲喇，每甲喇为5牛录，分别使用黄、白、红、蓝4种旗子，因而是四旗。四十三年（1615）扩为八旗：在原来的黄、白、红、蓝4旗的基础上增加镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗。旗主由努尔哈赤的子侄充当。皇太极时期又扩为二十四旗，即加上蒙古八旗和汉军八旗。二十四旗中起核心作用的还是满洲八旗。八旗每旗指挥人员设都统（固山额真）1人，副都统（梅勒额真）2人，参领（甲喇额真）5人。牛录的统领是佐领（牛录额真），佐领居参领之下。二十四旗在习惯上还是称八旗。
八旗在开国时期有亲军营、护军营、前锋营、骁骑营、步兵营5个兵种，入关后又增加圆明园护军营、火器营、键锐营和神机营。
八旗制度是军事制度、经济制度和行政制度。作为军事制度，八旗中每个1660岁的男子战时随时准备披挂上阵。所以八旗兵世代军籍，实行世兵制。
八旗兵入关后约20万人，分为京营和驻防两部分。京营旗兵驻京城四周，保卫皇宫和京师，主力是骁骑营、步军营和护军营。驻防八旗分驻各省要冲地点。京营八旗与驻防八旗人数差不相当。
八旗兵擅长骑射，装备主要有战马、云梯、大刀、盔甲、弓箭、配刀、藤牌、鹿角、鸟枪、红衣大炮等。蒙、满八旗善骑射，平旷作战是他们所长；汉军八旗善火器，围城攻坚和水上作战是他们所长。
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