对于龟兹古城的消亡，民间有很多传说。今天，我们已经知道，神话传说并不全是虚假，其中也有星星点点的史实。也许，龟兹古城的消亡传说就隐藏着历史的真相。
公元840年前后，回鹘人西迁，占领了龟兹，龟兹国从此在历史上消失，龟兹人被回鹘统治。历史上把占据龟兹国的回鹘政权称为龟兹回鹘。龟兹回鹘最早的可汗叫庞特勤，称汗时王宫还是龟兹国的都城。庞特勤打算将遭到战争创伤的龟兹都城修复起来。但是，都城里的百姓已经从心底里抛弃了这座城市。因为这里有太多战争留下的悲惨回忆和证据了。在他们看来，这个都城已经受到了诅咒，不管谁称王，刀剑相残是免不了的。这时，巫师也开始出来散布可怕的言论，弄得百姓人心惶惶。
大家开始商量着要逃离都城。开始是一户两户，悄悄地迁走了，并没有引起统治者的注意。慢慢地，迁走的人越来越多，引起官府的警惕和愤怒。
庞特勤将抓到的逃离都城的人杀掉，希望能杀一儆百，阻止龟兹百姓外逃。结果却适得其反，庞特勤的杀戮使人们更加相信都城是凶城，认定巫师所言必定灵验，迁居之势愈演愈烈。
百姓越逃越多，以至于都城的正常生活完全被打乱。庞特勤慌了手脚，召集大臣们研究对策。结果，就连龟兹的贵族们也希望离开这座都城。他们说：这座都城千余年来一直是龟兹国的中心。有太多的战争在这里发生，太多的生命在这里消逝，可能连上天都讨厌它了。我们必须搬离这个不详的地方。
大家都要求迁都，庞特勤也就不再拒绝了。迁都的决定得到了民众的拥护。百姓不再私自迁居，而是等待可汗的安排。
要迁都，就要先选择新都的城址。选择新城地址的是一位大臣。这个大臣先是选定了龟兹西去100多公里的克孜尔千佛洞的附近。那里有一条美丽的大河，足以养育一个都城的人，而且河床宽阔，草滩如茵。但就在选定的当天晚上，大臣做了一个奇怪的梦，梦见新迁的都城里，到处都是森森白骨，人骨的架子横七竖八地甩得到处都是。一位白胡子的长者，拄着一根长长的杆子，用凄惨的哭腔不断地重复喊着：“罪过呀，罪过……”
大臣从梦中惊醒，到处打听，才知道那块土地上发生过“千佛呻吟”的惨剧——一场惨烈的宗教之争。当时血流成河，数千冤魂至今不得安患。很显然，那里不适合建造都城。
接着选，大臣选定了在龟兹东边20多里的一个叫大龙池的地方。这地方倒是个吉祥之地，过去迎接汉王朝的使者，都是在这里设坛迎奉的。大龙池也确实有一池水，虽不够充沛，但供应一个万人的都城是绝无问题的。只是，一场风沙就打破了大臣的梦想。这风沙刮得奇怪，呜呜哇哇之中传出一个声音：“罪过呀，罪过……”大臣虽然不知道原因，但鉴于曾经做过的梦的缘故，立即放弃了这个地方。
奔波数十天毫无结果，大臣只好返回。但走到距都城仅有40里的地方，突然鼓乐齐鸣，一支迎亲的队伍出现在前面，就地歌舞起来。新娘新郎的歌唱中，不断地重复着“逛新城”的话。大臣环顾四周发现，这里是距离昭怙厘佛寺最近的地方，是玄奘法师讲经之地，这里的姑娘美如花朵。有了“吐鲁番的葡萄哈密的瓜，龟兹的姑娘一朵花”之说。
大臣于是上奏庞特勤，开始迁都。跟西域其它古城消亡情况不同，龟兹都城不是因战争、灾荒的缘故搬迁，所以迁都的工作非常从容。人们把所有家当运走，连房子也拆掉。王宫里能搬的也都搬尽，搬不走的高大宫房也只留下了个空架子。不到半年，龟兹都城便只留下废墟。几十年后，人们开始在龟兹都城的旧址上种庄稼。庄稼长得是出奇的好，人们就进一步开垦，最后连残存的遗址也给清光了，只剩几面城墙。
这就是龟兹古城被废弃的传说。既然是传说，就需要经过考证再确定是否可信、有多少可信。但是，龟兹古城消亡的来龙去脉并没有在历史上留下记载。因此，龟兹古城是如何被抛弃的还有待专家进一步的研究。
与龟兹古城不明不白的消亡相对而言，龟兹人的行踪脉络就清晰得多。
历史上的龟兹人，从汉朝开始分为两支，一支向中原进发，融入汉族，一支留在原地，最终被其他少数民族同化。
龟兹人的内迁始于西汉，晚至唐朝中期，规模时大时小，人数或多或少。他们迁入内地，始则聚居于一两个地方，后因各种原因，逐渐扩散至大河南北。内迁的龟兹人先后涌现了许多风流人物，为开发我国北方地区作出了杰出的贡献。
三国时期，曹魏统治河西，当地的龟兹移民被迫成为曹魏的属民。由于曹魏政权系篡夺东汉而来，龟兹移民始终耿耿于怀，对曹魏抱有二心。为时不久，他们即摆脱曹魏的羁束，投归汉朝的正统——蜀国。《三国志·蜀后主传》记载：（延熙）十年，凉州胡王白虎文、治无戴等率众降，卫将军姜维迎逆安抚，居之于繁县。
关于龟兹移民南迁的事，《三国志·姜维传》记叙得更为详细。上面说，延熙十年，蜀国大将姜维领兵北征，与曹魏大军鏖战于临洮以西，河西与曹魏政权的联系一时中断，白虎文得以乘机率众与治无戴所部共同投归蜀国。
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