1874年后，除日意格等几个人继续留用外，船政局虽将第一批期满洋员辞退，但为了满足改木壳船为铁胁船等技术上进入新阶段的需要，还是雇聘了少量的造船、驾驶、管轮等专业的教师。他们与1874年前雇员一样，尽力为船政局服务，丝毫没有损害到中国的“权自我操”的原则。
然而，甲午战争以后，情况发生了变化。随着资本主义发展到垄断阶段，随着中日《马关条约》中反映帝国主义由商品输入为主变为资本输入为主，在中国投资办工业企业的条文规定，列强之间控制中国经济命脉的斗争也日趋激烈。在这样的形势下，法国就利用过去它的科技人员帮助建造马尾船政局的历史关系来控制船局了。1896年法国政府照会清政府，表示愿选派助手帮助船政局，并派海军军官卜玳到福州谈判此事。谈判中卜玳强调“总欲多用洋员”，在所订合同中规定：“法国国家允代派监督、教习等员弁差遣来华，以为襄办整顿开拓福州船政之事”；船局“应用法员”。这表明由法员个人与船政局的关系变为法国政府与清政府、船政局的关系；由原来“应用各国之人”变为独用法国人了。法国的独占船政局之心昭然若揭。事实上，在此后相当长的一段时间内，法国在一定程度上控制着船政局。
总的说，马尾船政局前、后学堂所培养的学生和留学生等科学技术人才的作用，不仅单纯表现在造船上，也表现在海军建设、外交、经济等领域。南、中、北洋海军将领、驾驶员等很多为船政局所培养，如邓世昌、刘步蟾等已为人们所熟知。在外交方面，罗丰禄多年任驻英、法、德等国公使，吴德章亦于1902至1904年任过驻奥匈帝国公使，还有一些人充当公使馆翻译；在经济方面，池贞铨、林日章等在福建探测煤矿，又跟随盛宣怀在山东登州一带勘察金属矿，他们长期奔波于全国许多矿区为中国矿务辛勤劳动；善于制造的工程师魏瀚90年代后为两湖总督张之洞所罗致和重用，并曾任广九铁路总理；其他还有不少船政前、后学堂毕业生和留学生、艺徒等人，在电报、铁路、采矿等各经济部门发挥了重要作用。至于以在“管驾官应知学问以外，更能探本溯源，以为传授生徒之资”，学成后成为教育工作者亦不在少数，有教英语、法语者，有教物理、数学者，而尤以任北洋水师学堂校长的严复为其典型代表。这些简单叙述尚远不能概括马尾船政局在培养人才方面及这些人才的社会作用的全貌，但已能充分说明马尾船政局在历史上所发挥的作用是当时任何一个工业企业所不能比拟的。
六、船政局发展中的矛盾
六、船政局发展中的矛盾
船政局的发展与它的设备能力是不相适应的，而且90年代中期以后走向衰落。这是什么原因？从原则上说，这是生产关系不适合生产力的发展的结果，是资本主义大工业形式与封建经营的内核发生矛盾冲突的绪果。
第一，船政局的经营方式违背资本主义积累与分配的规律。马尾船政局资金来源于闽海关的固定拨款，它与上海、天津等机器局有一个明显的不同：不是“就动拨之款，核制成之数”，而是生产不计成本，产品不作为商品出售而通过清政府调拨给各单位使用的。这就决定船局的发展不是依靠内部积累，而完全依赖政府的财政支出。这种完全依靠财政拨款、不计成本的生产经营，与左宗棠为了把科学技术学到手“虽费有所不辞”的指导方针有关。当然，这在一定时期是有必要的。但随着船局由木壳而铁胁、钢甲，由建造150马力到造2006余马力的船舰，不断扩大规模，船政局的耗费日益增大；而清政府的财政却日益匮乏，对船局的支付日益减少，于是矛盾日趋尖锐了。洋务派看到外国轮船多系商造商购，故船业能持久不衰，想仿效之以解燃眉之急，但他们所用的只是“官轮商雇”、需用轮船者支付部分款项“协造”，和船坞修船收费等办法。而这，只不过是半官半商、半封建主义半资本主义，它不能降低消耗减轻成本，使船价达到与外洋轮船相竞争的水平。
第二，封建官僚衙门式的管理与近代机器工业发展的矛盾。马尾船政局相当一部分僚属把船厂当作封建衙门，其重要表现在任人唯亲上。尽管沈葆桢定下“虽其至亲旧交不滥收录”的任人唯贤方针，但继其后者还是免不了“滥收滥委”，致使滥竿充数，技术上外行的人管理上不按经济规律办事的现象泛滥成灾。这些没有专业知识“滥竽”者流，诚如沈葆桢所说：“今则督艺徒者匠首也，而匠首之智不如艺徒；督匠首者绅员也，而绅员之智不如匠首；督绅员者臣也；绅员能知其大意，臣则一无所知而已矣。”沈葆桢主要为了说明培养新型科技人才紧迫性问题，却说明了滥用非才的真相。这种情况怎么能不瞎指挥以至于偾事呢！
克服上述矛盾的出路何在？不少改良主义思想家和一些洋务官僚都提出商办的主张，以期挽救船政局的危局。顺天府尹胡燏棻明确指出，“中国欲借官厂制器，虽百年亦终无起色，必须准各省广开各厂，令民间自为讲求。如国家欲购枪炮船械机器，均托民厂包办包用，其试不如式者，虽定造亦必剔退。则人人有争利之心，亏本之惧，自然专心致志，实力讲求，以期驾乎西制之上。”这段话虽不完全针对船政局，却能包括船政局。给事中褚成博亦有船政局”仿照西例，改归商办”的建议。1896年清政府曾派员办理招商事宜，但以毫无结果而作罢。在此种情况下，企业矛盾不断激化，乃导致马尾船政局于1907年的全面停产。当然，马尾船政局的历史地位与历史作用是不能磨灭的。
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