从以上的几个原因可以看出，在打击科甲朋党一事上，雍正帝的基本出发点是正确的，从抓纲治国的意义上说，尚不失为一种高瞻远瞩的举措，他的本意是为了使国家达到长治久安的目的，而且他的这个举措也收到了很好的成效。
第四章 整顿吏治，整饬财政
整顿吏治，整饬财政
康熙帝晚年受“无为”思想的影响，认为“多一事不如少一事”，吏治松弛，贪污腐败已然成风。即位后，为惩治贪墨成风的吏治，整肃官员们不顾王朝的前途与命运，通过废弛政务法纪、贪污冒饷等行动来满足个人或利益集团私利的行为，雍正帝克服各方面的阻力，在举国上下大规模地开展了清查亏空、推行耗羡归公、实行养廉银制度和取缔陋规等多项针对大利益官僚集团的工作。由于他态度坚决，措施得力，使得一度废弛的朝政得以整顿，从而建立起一个独具革新特色、办事雷厉风行的新型政府。在整顿吏治的过程中，雍正帝乾纲独断、事必躬亲，其人其治具有鲜明的个性和独特的风格，不愧为一位勇于革新、勤于理政的杰出政治家。
清查亏空，设会考府
康熙帝亲手创造了一个“太平盛世”，但也留下了严重的后遗症：吏治腐败、税收短缺、国库空虚、地方绅衿鱼肉百姓，贫者愈贫、富者愈富。时为雍亲王的胤禛对此情形已了若指掌。雍正帝在即位之初就说“近日道府州县亏空争粮者正复不少”，有的多至数十万。他将其视为“负国营私”的大恶，决心要彻底革除这种现象。
封建专制时代的皇帝即位时，为表庆贺，经常要大赦天下，也即足颁恩诏，对国内各地实行一些惠民政策，或释放囚犯，或赦免钱粮，雍正帝也不例外。但当雍正帝看到恩诏中将豁免官员亏空一条列入时，大为不满，认为这样做会助长贪官们的侥幸心理，若新君以此笼络人心，以后官吏侵吞钱粮的事就杜绝不了。雍正帝当即命令撤销这一条，并将清理亏空作为他即位后的首要任务之一。
雍正帝即位一个月后就给户部下达了全面清查的上谕。他说各地出现的钱粮亏空现象，不是受上司的勒索，就是自身的侵占，这都是违法的行径。在先，皇考圣祖皇帝宽宏仁慈，未能将赃官明正法典；一些勒令追补亏空的措施，也不过是虚应而已，亏欠现象依然照旧，国库因此而空虚。一旦地方有事，急需开支，拿什么去应付？此事关系非浅，因而要彻底清查。随后，雍正帝还特地部署了各地清查的方针、政策和注意事项：“各省督抚将所属钱粮严行稽查，凡有亏空，无论已经参出及未参出者，三年之内务期如数补足，毋得苛派民间，毋得借端遮饰，如限期不完，定行从重治罪。三年补完之后，若再有亏空，决不宽贷……”
雍正帝又说：“其亏空之项，除被上司勒索及因公挪移者，分别处分外，其实在侵欺入己者，确审具奏，即行正法。倘仍徇私容隐，或经朕访闻得实，或被科道纠参，将督抚一并从重治罪。即如山东藩库亏空至数十万，虽以俸工补足为名，实不能不取之民间额外加派，山东如此，他省可知，此朕所断断不能姑容者。”
即是说，在清查亏空中，除了惩罚勒索者以及挪移者本人外，假如有谁在清查中徇私舞弊，包庇纵容，万一被我查访到或被监察官员举报后证实，将连同该省的总督、巡抚一并治罪。比如山东省，以前查明的亏空有数十万两，虽然现在名义上用官员的俸禄补足了，其实我也知道这中间有不少巧取豪夺、乱收费乱摊派的事情。山东如此，其他省份可想而知，对此，我是万万不会姑息容忍的。
雍正帝勒限三年，三年时间很快就过去了。总的说来，清查的成就比追补兑现的成就更为显著。雍正四年（1726年）八月，清查和追补工作做得较好的直隶总督李维钧报告清查出亏欠银41万两，至报告时已追补完成20万两，完成追补近50％。
其他各省拖欠未完者也有，雍正帝不得不将勒限再延长三年：“凡各省亏空未经补完者，再限三年，宽至雍正七年，务须一一清楚，如届期再不全无，定将该督抚从重治罪。如有实在不能依限之处，着该督抚奏闻请旨。”
第二个“三年计划”完成得如何呢？以对浙江钱粮的追补为例，雍正帝派性桂为钦差大臣前往浙江，会同督抚李卫协力办理，查核清楚，将积欠分年追补。雍正五年（1727年）、六年（1728年）两年，每年追补15万两，到七年（1729年）已将雍正三年至五年未完的赋银77万两追补了40万两，其余的也可在规定期限内完成。雍正帝对此表示满意。
为了顺利完成清查亏空的任务，雍正元年（1723年）正月十四日，雍正帝发出了在中央设立会考府的上谕。所谓会考府，就是为清查政府亏空，打击官吏贪污舞弊现象而专门设立的一个官吏审查机构，其职责相当于现代的中央审计署。
雍正帝宣布此后一应钱粮奏销事务，无论哪一个部门，都由新设立的会考府清厘“出入之数”，都要由怡亲王允祥、舅舅隆科多（隆科多是雍正帝养母佟佳氏的兄弟，所以，雍正帝与隆科多本属外甥与舅舅的关系，但皇帝承认不承认、叫与不叫却是另一回事。雍正帝甘当小辈，尊称他为舅舅，这本来已经是一件不寻常的事了，雍正帝却叫下人都尊称隆科多为舅舅，这更是一种特殊的荣誉）、大学上白潢、尚书朱轼会同办理。这样就把奏销大权由原先的各部院收归中央，使得官员们想做手脚也不容易了。
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