对那些始终抗拒改土、罪行深重的土司、土官，雍正帝则给予严厉打击，从重治罪。云南镇沅土知府刀瀚、贵州薛世乾都因平日恶行昭著，又一直对抗官兵，改土之后把他们处死或终身监禁，土地财产等全部没收，当地土民皆同声称赞。
在革除了土司之后，新任的流官就对安定改土归流地区起着至关重要的作用，因此必须派去有能力、忠诚可靠、肯吃苦、清正廉明者。雍正帝对此十分清楚，他在谕旨中写道：“凡属番夷苗倮杂处省份，若能使文武弁员清正自持，丝毫不敢不利于彼，可保无一事也。此乃探本寻源上策，当竭力勉此。”
改土归流后，乌蒙地区总兵刘起元恣为贪虐，私派公费，侵欺粮饷，引起了当地少数民族人民的愤怒。在这种情况下，原来乌蒙土司利用民怨进行了叛乱。鄂尔泰针对流官为政苛猛的问题，也在奏折上感慨万分地说：“欲使人民相安感戴，实不在法而在人，得人之难，难于任事。”因此，雍正帝和鄂尔泰一方面加强对流官的选任，一方面又加强对流宫的监督和考察，一旦发现有不利于地方安定的流官就撤换和治罪。由于雍正帝、鄂尔泰君臣二人的努力，改土归流地区的第一任流官基本上是清廉的，对安定地方、发展地方的生产起到了良好的促进作用。
为了减轻土民的负担，雍正帝对改流之后的西南地区统一赋税，对那些生活较内地农民贫困的地区，则采取了轻收赋税的政策。土司统治时，不仅赋税很高，而且是高得离谱、名目繁多，土司对土民随意征收，什么“火坑钱”、“烟火钱”、“锄头钱”，直至将土民剥削得一无所有仍不罢休。改土归流后，土司的特权被革除殆尽，被解放的土民则只需向官府交纳赋税。清政府命以原定贡额为准，并令土民各报田产，然后仿照内地的“摊丁入亩”办法计亩征粮，改变了土民受盘剥的状况。永顺地区废除摊派后，每年征秋粮银二百八十两，比起土司的任意征派，减少为不及原来十分之一的额数。私自征派则由于土司特权的消失或衰微，也被废除。改流后土民所受的剥削要比改流前轻得多，提高了土民的生产积极性，对西南地区的开发起到了促进作用。
同时，为了发展生产，清政府在改土归流之后又兴修水利，造蓄水田。如云南昭通府在改流之后，兴修水利十项：新泽坝、利济河十八道坝、冷水河坝、新泽沟、天梯沟、月方塘、省耕塘、二道沟、三道沟、八仙海渠。这些渠道新修之后，可以灌溉土地两万亩之多。云南全省改土归流后兴建的水利事业达七十项之多，还设置了水利专官，这些专职官员从同知、通判、县丞到典史、吏目凡十余级。
西南的少数民族千百年来一直生活在一个比较落后的环境里，这是由于西南山深林密，交通不便，隔绝了它们与外界的接触联系。同时统治者所施行的民族压迫政策，使少数民族与汉族产生了隔膜，使它们接触不到新鲜的的东西。既然要统治西南土民，巩固改土成果，必要的一条就是将少数民族人民向中原朝廷拉近，使它们和内地不断交流，以达到一定程度上的同化和理解。为此，发展交通就成了当务之急。
西南地区交通条件自古就很差，由于受自然地理条件限制，当地交通发展极为缓慢。为了弥补由于山地连绵所造成的不便，雍正帝指示在发展西南交通时，要充分利用当地多大江大河的特点，水陆并重地进行通盘思考。
清政府大力开发新改流区的水陆交通。水路的开通，以清江、都江以及沟通滇粤的土黄一代河道最为重要。清江原来“舟楫不通”，自贵州都匀至湖南黔阳600余公里的清江长期淤塞不通。雍正七年（1729年）开浚后，舟楫往返，千里无阻。雍正九年，古州等处平定后，又修通了都江。都江的修理甚是困难，数百里之内尽是险碛、怪石、莽林和浅滩。修通之后，上自都匀府三脚屯，下至黎平府诸葛营，“舟楫邮递，往来如驶”，有“水道康庄”之美称。土黄一代河道，是沟通滇粤的重要河道，上至土黄，下达广西百色的河道，全长350余公里，雍正帝拨款6200余两，专门开通此路。此路之开，“可以直达两粤，旁通黔楚”，并“可省数百里之旱路”，十分便捷。
在陆路方面，雍正帝批准在改流后开通新路，如贵州黎平府苗民归附后，清政府即令苗民修路。另一方面，则是打通原有旧路。这些旧路改流前被一些土司长期隔绝，以凭险自固，土司废除后，清政府就致力于打通这些年久失修的道路。如贵州乌蒙府道路，改流前被禄氏土府阻断，以致自中原入滇须由黔中取道曲靖。改流后打通这条道路北可达四川，东可达贵州，成为八滇要道。开发水陆交通的举措使道路畅通，加快了少数民族地区经济的发展、文化的交流，社会的进步。
改土归流后，雍正帝采取了一系列的善后措施，一方面安顿了土司的生活，加强了对流官的管理，巩固了边防，另一方面大力发展生产，兴修水利，改善交通，减轻土民的赋税，使他们从土司弊政下得以解脱出来。
建设农业，发展文化
兴修水利，改善交通的目就是为了发展生产。改流前，土司占有大量耕地，而土民只有少量贫瘠不堪的零星土地。改流后，清政府将原来土司占有的大量土地，除留少部分给土司外，其余大部分都由官府加以没收，有的赐给官吏，有的归还农民，有的地方像湖南的龙州，贵州的兴义等地，还任民占田。清政府还允许土民按价赎回土司强行买去的土地。
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