随后，改土归流进入滇南的镇沅，镇沅是傣族居住区，这里的土知府刀瀚、沾益土知州安于蕃是一伙“势重地广”的“积恶土官”，鄂尔泰发兵擒拿了刀瀚、安于蕃，在其辖地分设镇沅州(今镇沅县)、沾益州(今沾益县)。
雍正五年(1727年)，广西泗城土知府岑映宸自恃力量较强，聚兵四千，耀武于南盘江以北地区，企图对抗改土。当他听到乌蒙改土归流的消息后遂撤兵敛迹。鄂尔泰巡察到贵州南部安笼镇，准备对他进剿，岑映宸乞降，鄂尔泰于是把南盘江以北划归贵州省，设立永丰州(后改称贞丰州，今贞丰布依族苗族自治县)，又改泗城为府(治所为今凌云县)。这时梧州、柳州、庆远等地土民，为反对土舍的酷虐，“争备粮请兵”，极大地推动了广西改土归流政策的推行。
四川凉山是彝民集居的地区，宁远、峨边、马边、雷波等处山峦连绵，彝民在此劳动、生息。而彝民深受土司的迫害，好田好土为土官、土司占有，彝民多被逼居深山僻谷中居住，生活悲惨，类于野兽。清政府在云贵地区推行改土归流，也派兵深入彝民区，在沙马、雷波、吞都、黄螂而达建昌这广袤千余里的地区，建置营汛、革除土司、派驻流官，普遍设置府厅州县制。
与云贵广西接界的湖南、湖北等省的土司、土舍的改土归流进展比较顺利。这里比较接近内地，与地方政府的联系也较多，土民汉民交往密切，土司的势力也较小。从前，这里还曾有过一段“土流共治”的历史，所以相对于其他偏远省份来说，改土归流相对容易一些。当时湖广有四大土司，容美土司在鄂西，永顺、保靖、桑植三土司在湘西，当云贵等地改土归流的消息传来时，给他们事先敲响了警钟。雍正六年（1728年），桑植、保靖二处土民控告土司向国栋、彭钾彬，湖南巡抚王国栋为此兴师问罪。这时，处于此二土司之间的永顺土司彭肇槐自知难以逆潮流而动，便采取了积极配合的态度，自动申请改流。清政府在他管辖的地区设永顺府和桑植、保靖二县，这两县归该府辖治。与永顺府临近的湖北容美土司田曼如心里害怕，假装归顺，而实际上依旧实行残酷的统治，私征虐民，土民不堪其暴，相继逃亡。雍正帝宣他进京询问，他害怕被杀头，拒不应召，雍正帝于是命鄂尔泰派兵进剿。当大兵压境之后，田曼如众叛亲离，最后自缢身亡，清政府把他管辖的地区改设鹤峰州(今鹤峰县)。雍正十二年(1734年)，忠峒、金洞、忠路等十五家土司见势不妙，齐集武昌，自动恳请改土归流。清政府遂在施南土司处设宣恩县，管辖金洞、忠峒等土司。到雍正十三年，两湖土司大都自动投献要求改流，使这里的土司制度基本宣告结束。
雍正八年 (1730年)，鄂尔泰在云、贵边界筑桥，是年为庚戌年，雍正帝遂命名“庚戌桥”，以纪念鄂尔泰推行改流政策的功绩，这一年可视为改流基本成功的一年。
在改土归流中，发挥作用的官吏首推鄂尔泰，次为哈元生、张广泗等。九年（1731年），雍正帝颁诏封鄂尔泰为军机大臣、大学士，赏赐伯爵。对哈元生不秩拔擢，召见时解衣赐之，命其为军机大臣。把张广泗由知府提升为巡抚。
雍正帝的这一论功行赏及拔擢政策，激励大臣们发挥能动作用，在改土归流中人人争立功勋。从其对臣下充分信赖，不秩拔擢来看，不失为一个领导高手、英明帝王，无怪乎雍正王朝会人才辈出，世人瞩目了。
善后开发，兴修水利
历史上的历次农民大起义，都是农民在走投无路之下发生的。大泽乡起义，是必死的九百人孤注一掷；隋末六十四路烟尘，是因隋炀帝的奢侈将人民推入火坑而燃起；元末的大灾荒，导致了红巾遍地；明末饥荒，有的人甚至靠观音土充饥，饿殍满地，不得已之下，身为农民的李自成丢下锄头，拿起刀枪。这些事实提示了统治者：要想弓弦不断，弓就不能拉得太圆；要想人们不反，压迫就不能太狠；而要统治长久，就要使人民能吃饱饭，甚至能过上好日子。少数民族的人民也不例外。
有鉴于此，在改土之后，雍正帝将开发新改流地区作为善后工作的一大重点。
西南土地广袤、地形复杂，各民族的习俗差别很大，一下子改派满汉流官，难以适应这些地区的复杂形势，对当地的土官打击面也会很大，因此善后的重中之重就是如何做好土官的安置工作。
雍正帝曾谕令，如何处理当地土司、土官，完全根据他们的态度而定。对那些自动缴印，主动要求改流的，可以重新授给他守备、千总、把总之职，并可以世袭，让他们照样做官，为清政府的统治服务。前面提到的永顺土司彭肇槐主动改流，雍正帝授给他参将之职，世袭拖沙喇哈番，赏银一万两。其他归降土司都授给了千总、把总职。
另有一大批土官及其家属，在当地无法让其继续为官，有的是土民对他们很是反感，还有的是他们的地方力量还很强大，留他们做官或留在原地都易出问题，雍正帝就下令把他们迁往远处地区安置。这些土司、土官被安排到安徽、江苏、江西的最多，浙江、河南、陕西、广东、盛京（现沈阳）等地也有。雍正帝要求给他们较为优厚的生活待遇，让地方官尽量照顾他们。多数土司、土官的远迁、安置都还好，少数地区因地方官吏安排有问题，使土司逃走了，雍正帝对当地地方官严厉批评，让他们设法找回这些土司，再行妥善安排。
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