雍正帝鉴于罗卜藏丹津不听劝告，举兵反叛，决定调集两宁、松潘、甘州等处清军，平定叛乱。雍正元年十月初，命由甘州进驻西宁的川陕总督年羹尧为抚远大将军，负责组织指挥平叛事宜。谕令西北的平逆将军延信，防边理饷诸大臣，四川、陕西、云南三省督抚提镇，俱听候年的调动，以统一行动。又任命四川提督岳钟琪为奋威将军，参赞军务。
年羹尧刚到西宁时，清军尚未齐集，叛军“悉破傍城诸堡，移兵向城”。年羹尧一面指挥当地清军在西宁外围与叛军作战，一面加紧进行平叛部署：奏请授前锋统领索丹、四川提督岳钟琪为参赞大臣；征调川、陕汉、土官兵；令云南提督郝玉麟、察木多总兵周瑛、副都统黑色、副将张成龙等率兵驻扎察木多(今西藏昌都)、黄胜关、巴塘、里塘等处，以截断叛军入藏之路；令靖逆将军富宁安派兵驻防吐鲁番、噶斯等地，以防叛军与准噶尔勾结；增加甘州、永昌、布隆吉尔(今甘肃安西布隆吉乡)等地的防守兵力，以防叛军内犯。
年羹尧布置就绪后，下令进攻西宁周边的镇南、申中、南川、西川和北川归德等地。这些地方的叛军，大部分是青海西宁塔尔寺大喇嘛察罕诺门汗的黄教信徒，成分复杂，也未经过什么正式军事训练，可以说是乌合之众，因而在清军的大反攻下一击而溃。清军先声夺人，断了罗卜藏丹津的羽翼，罗卜藏丹津这时方从复兴元蒙政权的美梦之中醒过来，感到了恐惧，暗悔当初莽撞，乃送还使者常寿，请求罢兵。
雍正帝谕令年羹尧，表示坚持武力平叛，不许叛逆请和。十二月，蒙古原持观望态度的诸贝勒、贝子、公、台吉等率胁从叛众十余万投降清朝。雍正二年（1724年）正月，岳钟琪又先后派兵平定了郭隆寺、郭莽寺、石门寺、奇嘉寺等寺喇嘛的叛乱，其中尤以攻打郭隆寺一役最为激烈。郭隆寺本为章嘉胡土克图呼毕尔汗住持的寺院，属下喇嘛与罗卜藏丹津、策妄阿拉布坦关系密切，因而抵抗十分顽强。在岳钟琪指挥下，清军奋勇进击，叛军伤亡惨重。
此时，只剩下罗卜藏丹津尚负隅顽抗于乌兰呼尔之柴达木。年羹尧与诸将商议进军方略，拟调兵二万余，由西宁、松潘、甘州、布隆吉河四面会攻。岳钟琪认为青海地区广阔，敌军尚不下十万，若我军深入敌分散诱我，击此失彼，反而会四面受敌，不如乘春草未生，以精兵五千，直捣敌巢。雍正帝考虑再三，认为岳钟琪的方案可行，遂诏专任岳钟琪，命他进军。
二月初八日，岳钟琪率军进击，追奔一昼夜，抵达敌巢。敌人尚在睡梦中，仓皇惊起败逃。罗卜藏丹津衣着女装，逃往准噶尔。岳钟琪率兵穷追不舍，每天行程三百里，至桑洛海，路尽而还，俘获罗卜藏丹津母亲和妹妹，及阿拉克诺木齐、阿尔布坦温布和藏巴札布等叛乱头目。战斗自初八日开始到二十二日结束，历时十五天，斩敌八万，降众数万，获驼、马、牛、羊、器械、甲帐等不计其数，大获全胜。雍正帝把这次战役的胜利，视作“十年以来”从未所立的“奇功”。
三月初一日，军队凯旋。四月十二日，雍正帝命举行献俘仪式，祭告太庙、社稷、康熙帝景陵。并晋升年羹尧为一等公，岳钟琪为三等公，勒碑太学。还给年羹尧一子爵，由其子年斌承袭，其父年遐龄如年羹尧爵，加太傅衔。
平定罗卜藏丹津叛乱的战争，从雍正元年十月清军出塞算起，只有短短四五个月时间，如果从岳钟琪率军于二月初八日出日月山到二十二日罗卜藏丹津逃离柴达木，则“仅旬有五日，成功之速，为史册所未有”。究其原因，除了平叛战争是维护和巩固多民族国家统一的正义战争，得到各民族人民的拥护和支持外，还在于战争指导的正确。第一，罗卜藏丹津叛乱之初，雍正帝先“遣人劝阻，令其和好”，同时指示川陕总督年羹尧，“军务宜预先筹度”，做好武装平叛的准备。这样，当罗卜藏丹津拒绝清政府调解，坚持叛乱时，清军出兵平叛，既争取了人心，又不失战机。第二，大将军年羹尧正确筹划，多方准备，切断了罗卜藏丹津与西藏和硕特蒙古、准噶尔策妄阿拉布坦的联系，把叛乱限制在青海一地；第三，岳钟琪知己知彼，指挥有方，在认真分析双方情况的基础上，制定出正确的作战方案，做到了进兵神速，出敌不意，故能以少胜多。
平定罗卜藏丹津叛乱的战役打得很是辛苦，但是由于官兵骁勇善战，加上雍正帝的运筹帷幄，最终取得了胜利，加强了对青海的统治，维护了清政府的统一，加强了对中国西部地区的管理。
善后抚治，全面改革
青海战乱频频，从噶尔丹到策妄阿拉布坦，再到罗卜藏丹津，充分证明了清朝对西部地区统治措施存在着明显的缺陷，这些都是由于清王朝在前期对青海的统治较为薄弱所造成的。平定青海的战争结束后，雍正帝立刻对青海进行了善后抚治，加强了对青海等地的政治控制，同时在经济上也给予扶持。针对青海地区过去的种种状况及将来，雍正帝决心改革统治西部的方针措施，既要节省兵力，又要以策万全。
在平定青海的柴达木战役之后，年羹尧就提出边防事宜八条，其中主要内容有：
一、由于策妄阿拉布坦恭顺清朝，遣使请降，请撤回大兵。选兵两千驻巴里坤，一千五百驻吐鲁番，两千驻哈密。
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