二、在布隆吉尔筑置新城，驻兵五千，沙州等地也各设兵防守。驻军由甘、凉、肃三路所属军队派往。在驻防兵内，每营拨余丁两百人，给予耕牛、种子、口粮，到赤金卫、柳沟所垦地，三年后计亩收粮充饷。
三、请移靖逆卫同知驻布隆吉尔处理民事，并增设卫守管理屯粮，在沙州设千总，专管屯务，归肃州道管辖。
四、边外既设驻防肃州镇，只于口内分守，应汰兵八百，并令驻兵耕种，不应仍令游牧生事。派遣大臣率员到布隆吉尔迤南山中分地居之，以使地界明析。
这些措施大多被雍正帝采纳。不久，年羹尧派兵肃清叛匪余部。平叛战争结束之后，年羹尧向雍正帝提出了《善后事宜十三条》和条奏《禁约青海十二事》，其中对青海的善后抚治进行了详细的论述。年羹尧向雍正帝提出了对青海进行有效的管理如编户齐民、定朝贡和互市制度、整饬喇嘛庙等等一系列措施。
雍正帝认为年羹尧条划周详，根据他的建议，又同众臣讨论，最后在青海地区实行了一系列的改革，主要的有：
一、大力整饬蒙古各部。对于青海和硕特蒙古诸部首领，根据他们在战争中的态度分别给以赏罚，恩威并施，以警戒其余诸部。
二、对于青海地区的蒙古各部，仿照内蒙古实行札萨克制度，将青海蒙古各部编为二十九旗，每百户编为一佐领，不满百户者编为半佐领，数个佐领编为一旗，即一札萨克。每旗旗长由部落首领即台吉担任，每札萨克俱设协领、副协领、参领各一员，游牧于青海的其他蒙古各部，也依此例编旗分为佐领，共有绰罗斯两旗，土尔扈特四旗，辉特一旗，喀尔喀一旗，但这八旗不再如从前那样隶属和硕特，而是区划出来直接听命于中央政府，政治地位与和硕特相等。每年会盟一次是游牧民族自古以来形成的定制，同时对促进本民族的进步和稳定也有积极作用。正缘于此，雍正帝尊重这一民族习惯，同意予以保留，但为使会盟不致成为反叛分子进行叛乱的工具，清政府将会盟划归政府管理，由西宁办事大臣主持。从各旗选择老成恭顺者委充盟长，“如朝廷遣官敕往，不论秩崇卑，王公以下俱跑迎，有背贰者必惩。”各旗划分地界，不得私占牧地和私自往来。这一禁约，表明了清政府在青海地区明确申明土地国有，并疏离了各部之间的关系，竭力避免分裂分子利用民族亲缘的凝聚力培植反动势力。
三、抚治藏民。青海、四川、甘肃、云南等省境内的藏民，自明朝以来就不能抚治，“或归喇嘛耕种，或属青海纳租”，他们也参加了罗卜藏丹津的叛乱。这时应乘平定叛乱之机，将他们收为编户齐民，设立卫所，征其赋税。另在一部分藏民中仍命土千户、百户、巡检，归原先设立的道、厅及新建的卫所管辖。他们所纳钱粮，要少于原交给喇嘛寺和和硕特的额数，以示宽大。
四、改西宁卫为西宁府，下设西宁县、碾伯县(碾伯所改)、大通卫。筑大通、白塔、永安三城，分设总兵、参将、游击，屯兵驻守。设“青海蒙古番子事务大臣”，总理青海政务。
五、大力整顿青海各喇嘛寺院。西宁各寺，大者僧徒两三千人，少者五六百人。叛乱中，这些人纷纷参与叛乱。现应限定寺庙规模，庙舍不超过二百楹，僧众不超过三百人。由政府按人供给衣粮，禁止他们征收赋税。
六、因和硕特的统治区与达赖、班禅治区有交叉，故论及抚绥达赖、班禅办法，每年赐达赖茶叶五千斤，班禅二千五百斤。过去藏人与内地贸易，达赖在叉木多、乍丫等处收“鞍租”，清朝在打箭炉收税，自是定议两处免收，以利贸易的发展。
七、通过派驻军队、修建城堡、设置卫所等措施，加强对青海、西藏的控制。如：自黄河入边处至河州、西宁、兰州、中卫、宁夏、榆林、庄浪、甘州的广大地区，水草丰美，林麓茂密，宜在西宁的北川口外，至大通河、野马河，到甘州扁都口外，修筑边墙、修建城堡，禁止蒙古人入内地游牧。宁夏阿拉善地区险要万分，应令额附郡王阿宝等整饬部属，悉归山后游牧。并在大通河北设大通镇总兵官，盐池设副将，将镇海营参将移驻西川口外丹噶尔寺，分别派置驻军。西宁原有通判，改设同知。原属河州的保安、归德二堡，因靠近西宁，也改归西宁管辖。由于新设镇营，内地镇营相应可以汰兵。如：陕西的富宁、宁夏，四川的重庆、川北诸镇，宜归并，裁汰。
八、在藏人居住区增设安西镇，驻木鸦的革达地方；在理塘设副将，领兵一千二百名，鄂洛、巴塘、宗俄等地各设驻军。
九、确立朝贡和互市制度。清朝前期，作为厄鲁特蒙古四部之一的和硕特人对清廷朝贡并无定制。青海平叛后，雍正帝规定了和硕特人的朝贡制度。将和硕特二十一旗分为三部，每部三年一贡，九年一轮回。朝贡的目的并不在于向他们进行物质攫取，而是以丰厚的回赐吸引和硕特人对清朝的仰赖。在互市制度方面，雍正帝规定和硕特与内地人的贸易在那拉萨拉（今日月山）地方实行，不得擅移，每年于二月、八月各举行一次。对生活必需品，诸如茶、布、面等，则规定一年四季贸易，以满足蒙古人民的生活所需。
十、发展农业生产，安定人民生活。在西宁与甘州、凉州之间，兴办屯田，大力发展农业生产，以安定当地蒙藏人民的生活。经济的上升可以说是化解民族矛盾和阶级矛盾的重要手段，生活水平上升了，人们的物质需要在一定程度上得到了满足，社会秩序就会有保障，至少可以在表面上使矛盾得以缓解。正缘于这一认识，雍正帝对西部的开发与屯田投入了较大精力，将直隶、山西、河南、山东、陕西五省军罪流人，尽行发往大通河、布隆吉尔等地垦种，给予种子、耕牛和土地，从事农垦，三年后起科，土地归垦种者为永业。
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