然而在驻藏大臣抵达之前，阿尔布巴已先行探出了朝廷动向。情况很明显，局面对他是不利的，若静待雍正帝圣旨到来，无异于坐以待毙。因而他决定先行铲除康济鼐和颇罗鼐，以造成既成事实，迫使清廷承认他的首席领导权。此时由于清廷在西藏驻军已撤，阿尔布巴得以放手行动，遂于六月勾结隆布鼐等人，借众噶伦议会之机，于大昭寺中将康济鼐乱刀杀死，发动了武装叛乱，接着派兵进攻颇罗鼐。
七月二十二日，僧格、马喇到达距拉萨仅三日路程的色顶地方，阿尔布巴派人往迎，诡称七月系“黑运月”，请他们八月再进拉萨，实则是想在这段时间内打败颇罗鼐。八月初一日，僧格、马喇一行抵达拉萨。阿尔布巴、索南达结等率手下官员亲往十里外跪迎钦差。僧格、马喇一面询问康济鼐被杀的原因，一面派人了解情况。七世达赖表明自己并未与谋，阿尔布巴则诬称颇罗鼐是“反出达赖喇嘛黄教之人”，声称数日内即可将其打败。但实际上，战争一直相持不下。
由于明确意识到阿尔布巴已经叛乱，雍正帝立即命陕西各路及四川、云南的军队进入战备状态。这次叛乱虽不能说早在雍正帝预料之中，但他对此已早有心理准备：对叛乱分子，决不能妥协，若接受既成事实，无异于助长阿尔布巴等人的猖獗，那样对西藏的控制将进入一个未知状态。有鉴于此，雍正帝一开始便坚决认为：武力平叛是惟一正确的选择。
岳钟琪深知这场动乱的严重性，很快提出了自己的处置方案。他认为，阿尔布巴和佛父索南达结等人结成一党，为自身权势公然杀害朝廷命官康济鼐，若不除此辈，后患无穷。他主张应于来年春暖时派遣大军入藏，同时发兵征讨准噶尔，一举解决两处问题，一劳永逸。是为上策。倘因阿尔布巴等未公开叛清，不当死罪，亦应解除其噶伦职务，令达赖喇嘛另择人选，申报清政府任命。此为下策。但云贵总督鄂尔泰却对此持保留态度，提出了“以抚为上，剿杀次之；羁縻为上，驾驭次之”的策略。雍正帝既想一举借机解决西藏同题，又担心阿尔布巴挟持达赖喇嘛逃往准噶尔，内心矛盾重重，决断不下。雍正帝既不同意鄂尔泰的主张，又不便贸然出兵，遂下令陕、川、滇“各路兵马停止，不必预备”。雍正帝命令岳钟琪速派人前往拉萨，密告僧格、马喇勿受阿尔布巴之惑，表明出偏袒颇罗鼐一方的态度。
十一月中旬，一个天赐良机出现了。阿尔布巴见清廷对此事动向不明，以为雍正帝对西藏局势无法控制，只得默许，从心理上放松了对清廷的防范。而此时，他与颇罗鼐的战事却一直处于僵持局面，胜败难决。如此下去，势必使西藏局势恶化，难以控制。无奈之下，他请清廷派兵入藏，征剿“反出黄教”的颇罗鼐。
雍正帝览后喜不自胜，遂决定来年春天出兵西藏。恰值此时，准噶尔部首领策妄阿拉布坦病故，出兵就更无后顾之忧了。雍正帝抓住时机，经过充分准备之后，于六年（1728年）五月初，雍正帝令清军取道八年前允入藏驱逐策妄阿拉布坦的路线，由西宁、打箭炉两地兵分两路，南北齐进，进入西藏。北路军由左都御史查郎阿、副都统迈柱率领，共八千四百人，南路军由四川总兵周瑛率领，共四千人。接下来情况又发生了对清廷更为有利的变化。六月十五日，周瑛接到马喇通知，得知颇罗鼐于五月二十六日占领拉萨，擒获了阿尔布巴，正等候清朝派官员入藏处理。八月一日，南北两路会师进入拉萨，肃清了叛匪余部，诛杀首恶阿尔布巴等人，清政府遂封颇罗鼐为贝子，代替康济鼐，总管前后藏事务，还赐犒兵银三万两，以示奖赏。西藏叛乱并没费清廷太大力气就宣告平定。
雍正帝用兵虽势头凌厉，但不可谓不谨慎。对于西藏的局势，雍正帝早就有所预料，只是因为当时政局不稳，因此，雍正帝诸事谨慎，不敢大刀阔斧地用兵，而是全面统筹，缜密思考，以静制动。等到占据天时、地利、人和时，雍正帝当机立断，迅速裁决，一举剿灭了乱党。也正是雍正帝的这种“稳中求胜”的用兵方式，巩固了清王朝的统治，对康乾盛世起到了承前启后的纽带作用。
加强集权，有效控制
清朝经营西藏大体上可分为三个时期：崇德（皇太极年号）、顺治为开拓期，康熙、雍正为发展期，乾隆为巩固期。
崇德年间，皇太极尚在沈阳时，就曾与西藏固始汗有书信往来，固始汗也曾派使者至盛京觐见皇太极。及至顺治九年（1645年），达赖喇嘛及班禅、固始汗代表至京拜谒顺治帝。十年十二月，顺治帝降旨册封达赖和固始汗，承认臣服清朝的固始汗所建立的地方政权，并通过此地方政权实现对西藏的间接统治。这一时期，满人刚刚入关，虽然已经占据了中原大部领土，但在东南沿海和海外，尚存在明朝残余势力。统一大业未完，顾此失彼，加之西藏旷远，地势险阻，因而顺治帝虽然重视西藏，却也难以实现对西藏的直接领导。这一时期的政策特点是羁縻，也可称为羁縻时期。这一时期之所以册封达赖，是在了解西藏地区的政治局面后，承认凌驾于其他佛学派别之上的黄教的领袖地位，但在政治形式上，却执行“政教分立”的形式。这一政权形式后来为康熙、雍正两朝所沿袭。直到乾隆时期，才根据实际情况重新恢复了“政教合一”的政局，正式授权七世达赖管理西藏行政，建立了噶厦（旧称，指西藏地方政府）地方政府。在康熙朝，康熙帝为了限制达赖，又册封了班禅，并在平定准噶尔后确立了五噶伦执政的政治形式。
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