通过这些措施，清政府围绕加强对青海地区的统治这一中心目的，对青海的政治、经济、军事、宗教等方面进行了全面改革。开展屯田，兴办农业，和蒙古等进行朝贡互市等措施，都进一步促进了少数民族经济的开发和民族的融合。而对一些区县的划分则使得清政府大大加强了对青海地区的直接控制。青海内部台吉的封建特权尚未丧失，喇嘛教寺院的宗教权威也仍保留，但它们已不再作为独立的政治势力而存在，蒙古王公束缚于旗制之内，喇嘛寺院成为清政府统治蒙藏人民的工具，清中央政府对青海地区的统治大大加强了。
出兵西藏，剿灭乱党
青海问题解决以后，清政府就把目光转移到西藏问题上来。西藏地处祖国西南边陲，和新疆、青海、四川、云南等省相邻。作为藏传佛教的圣地，西藏是一个有着独特风情和民风的地方。境内佛教势力很大，各种教派纷呈。
早在南宋淳祐四年(1244年)，西藏佛教派别中势力最大的萨迦派(俗称花教)教主萨迦班智达前往凉州(今甘肃武威)觐见元太宗孛儿只斤窝阔台的皇子阔端，议定了归顺蒙古帝国的条件及贡赋，自此西藏正式归入中国版图，而在此之前西藏一直作为中原王朝藩国。由于在西藏归顺过程中所起到的推进作用，萨迦派从而得到了元朝统治者的恩宠。元朝统治者进入中原后，开始接触盛行于中国的各种教派，在诸教派中，他们比较偏爱密宗佛教，于大都（今北京）兴建了密宗佛教的大型寺宇万安寺（今白塔寺前身）。萨迦班智达逝世后，其侄八思巴于元朝至元六年(1269年)被元世祖忽必烈封为“大宝法王”，意思是萨迦政权的创始人第一任萨迦法王。至此，西藏历史上第一次出现了以“僧人统国”为特点的政教合一的地方政权。
后来，元明统治者也都曾对西藏进行过有效的管辖。明末，蒙古人固始汗入藏，控制了西藏地方政权，使政教合一的局面得以改变。清初，皇太极曾和西藏汗及掌佛教大喇嘛有书信往来，固始汗也曾派人专程抵达盛京，觐见太宗，太宗优以厚礼。顺治时，达赖喇嘛与清朝的关系又有新的进展。顺治九年(1652年)十二月十五日，达赖喇嘛及班禅、固始汗代表至京拜谒顺治帝，顺治十年二月，达赖辞归。四月，顺治帝封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，赐满、汉、藏三种金册、金印；封固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”，赐满、汉、藏三种金册、金印。这样，正式确立了西藏对清廷的隶属关系，在西藏形成了政教分治、蒙藏联合的局面。清朝对西藏统治进一步加强了。
康熙年间，准噶尔策妄阿拉布坦叛乱，准噶尔蒙古军入藏杀死了和硕特蒙古汗王拉藏汗，从而结束了青海和硕特蒙古对西藏的统治，此后及至策妄阿拉布坦被平定。为了加强对西藏的统治，康熙帝派满洲、蒙古及绿营兵四千名驻藏，任命康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐三人为噶伦（旧指西藏地方政府长官），封康济鼐、阿尔布巴为贝子，封隆布鼐为辅国公，后又增任颇罗鼐、扎尔鼐二人为噶伦，从而确定了五噶伦共管西藏的体制。同时册封噶桑嘉措为“宏法觉众第六世达赖喇嘛”，以安定人心。此时的西藏，虽由五噶伦管理，但政权的性质仍是宗教政权，达赖仍是西藏的精神领袖。
雍正帝继位后，于元年把留守驻藏的部队撤回内地，只在四川的察木多(今西藏自治区昌都)留少量军队驻守，放宽了对西藏的控制。雍正五年，遂发生了阿尔布巴叛乱。
事情的原委是这样的：随着时间的推移，执政西藏的五噶伦内部矛盾逐渐尖锐起来，五名噶伦中，一派是后藏贵族康济鼐和颇罗鼐，另一派是前藏贵族阿尔布巴、隆布鼐和扎尔鼐。七世达赖喇嘛的父亲索南达结则站在前藏贵族一边，两派势力中，前藏贵族势力较大。
一开始，双方虽有矛盾，尚能相安无事。随着罗卜藏丹津叛乱被平定后，清廷令驻扎在阿里管理前藏事务的后藏贵族噶伦康济鼐往阿里之际，把地方事务交由阿尔布巴办理，事实上是将阿尔布巴置于康济鼐之下，令康济鼐兼督前后藏。这引起了阿尔布巴的不满，他地位较康济鼐高，实力比康济鼐强，所以很不服气这样的安排。扬言道：我同康济鼐的功绩一样，一样为大皇帝所恩宠，名声和地位也都一样，如果要给佛爷当好差，要为藏民谋福与利，我可不能屈就地位。阿尔布巴与康济鼐的裂痕由此加大。雍正四年春，钦差入藏抵达拉萨，宣布西藏政务以康济鼐为总理，阿尔布巴为协理。这越发引起了前藏贵族的不满情绪，五噶伦矛盾公开，七世达赖之父索南达结对此也极为不平，与前藏贵族勾结在一起，这样康济鼐就被孤立起来了。
岳钟琪和鄂齐、班第等返京后的奏报，使雍正帝对西藏的政局更加忧虑了。他担心阿尔布巴等人既在藏生事，又与准噶尔部勾结，于是，他指示岳钟琪“当预为留心”，“今无事之时当设如有事，预为筹划”。与此同时，他还采纳了鄂齐、班第关于将隆布鼐、扎尔鼐二人以噶伦原衔解任，使阿尔布巴孤掌难鸣而难以为乱的建议。雍正五年（1727年）正月，正式任命内阁学士僧格和副都统马喇为驻藏大臣，赴藏宣布谕旨，并调解西藏贵族之间的内部纠纷。
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