但即使是这些倒行的批语，不到10岁的万历皇帝恐怕还是无法理解它的全部含义的。例如"知道了"，实际的意义是对本章内的建议并未接受，但也不必对建议者给予斥责。这些深微奥妙之处也只有随着他年龄的增长而逐渐加深理解。
重要官员的任命，即人事大权，也是决不容许由旁人代理的。作出这一类决定，总是先由张居正和吏部提出几个人的候选名单，而由皇帝圈定其中之一。万历皇帝虽然年幼，他已经懂得排在第一的是最为称职的人选，只要拿起朱笔在此人的名字上画上一圈就可以体现他的无上权威。他从即位以来就不断受到这样的教育：他之所以能贵为天子乃是天意，天意能否长久保持不变则在于人和。要使百姓安居乐业，他应当审慎地选择称职的官吏；而要选择称职的官吏，他又必须信任张先生。
上述情况表明，张居正在人事任免中起着实际上的决定作用，这就理所当然地招致了不满。在万历12岁的那一年，他几次接到弹劾张居正的本章。有人说他擅作威福，升降官员不是以国家的利益为前提而是出于个人的好恶。有人更为尖锐，竟直说皇帝本人应对这种情况负责，说他御宁三年，听信阿谀之臣，为其蒙蔽，对尽忠办事的人只有苛求而没有优待，这不是以忽道待人，长此以往，必将导致天意的不再保佑。
本朝有一个习惯，以气节目诩的大臣，如果遭到议论攻击，在皇帝正式表明态度之前，自己应该请求解职归田，以示决不模棱两可，尸位素餐。张居正既然受到直接间接的攻击，他就立即向皇帝提出辞呈，说他本人的是非姑且不论，但有人说他成了皇帝陛下和舆情之间的障碍，他在御前所能起到的作用已被这种议论一扫而光。既然如此，留亦无益。
万历当然不会同意张先生的请求。他向张先生和大伴冯保表示，奏事的人必须受到惩处。张居正于是面奏说，任何人替陛下做事，都免不了作威作福。因为误事的官员必须降黜，尽职的官员必须提升，所以不是威就是福。二者之外，难道还有其他？张居正的慷慨陈辞和冯保的支持加强了皇帝的决心。他于是决定，第一个攻击张居正的官员颁夺官阶，降为庶人。第二个攻击者已经明知朕意，仍然执迷倔强，即是蔑视君上，应该押至午门外，脱去袍服，受廷杖一百下。延权是本朝处罚文臣的标准刑具，很多人在受刑时被立毙杖下，幸而得存者也在臀部留下了永久性的伤痕。
这时张居正显示了他的宽容。他恳请对犯官免加体罚，改为流放到边远省份，受当地官吏的监视。这种雅量使万历极为感动，无端遭受别人的攻击，还要代这个人说情，可见他确实是不计个人恩怨，有古大臣之风。然而万历所不会理解的是，权倾朝野的张居正，他的作威作福已经达到了这样的程度：凡是他所不满的人，已经用不着他亲自出面而自有其他的内外官员对此人投井下石，以此来讨好首辅。果然，在几年之后，万历皇帝获悉当日免受杖刑的这位官员，竟在流放的地方死去，其死情极端可疑。
经过这种种争论，加上年事日长，每天攻读史书也可以从中借鉴前代的教训，万历皇帝终于逐渐理解了问题的症结。
本朝的君主制度有一点与历朝不同。以前各个王朝，凡君主年幼，必定有他的叔父、堂兄这样的人物代为摄政，而这恰恰为本前所不能容许。按照规定，所有皇室的支系，包括皇帝的叔父、兄弟以至除皇太子以外的儿子，一到成年就应当离开京城到自己的封地，谓之"之国"。之国也就是就藩，其居于各省，有极为富丽闽大的王府和丰厚的赡养，但不得干预地方政事，而且非经皇帝同意，不得离开他的所在地。这种类似放逐和圈禁的制度，目的在于避免皇室受到支系的牵制和干涉。
与此相类似的制度是防止母后引用家人干政。后妃选自良家，但多非出自有声望的巨家大族。以万历的外祖家族为例，李伟家境贫寒，直到女儿被封为皇妃，他才得到了伯爵的封号。但所谓伯爵，不过是军队中的一个名誉军官，除了朝廷举行各项礼仪时位居前列以外，并没有任何特殊的权利，而且俸给甚低，甚至不敷家用。李伟在京城中大做揽纳物资于仓库的经纪，原因之一即在于此。他还有一个儿子，即慈圣太后的弟弟，身份却是宦官。
本朝在开国之初曾经设立过丞相的职位，但前后三人都为太祖洪武皇帝所杀，并下令从此不再设置，以后有敢于建议复设丞相者，全家处死。经过一个时期，内阁大学士在某种程度上就行使了丞相的职权。但从制度上来说，这种做法实有暧昧不明之处。
大学土原来属于文学侍从之臣。由于殿试时文理出众，名列前茅，就可以进入翰林院，给予博览群书的深造机会。翰林几经升转，其中最突出的人物就可以被任命为大学士，供职于文渊阁，其职责为替皇帝撰拟诏浩，润色御批公文的辞句。由于文渊阁是皇帝的文书机构，和皇帝最为接近，在不设丞相的情况下，这个机构的职权就由于处理政事的需要而越来越大，大学土一职也变成了皇帝的秘书而兼顾问，虽然他们并不负有名义上的行政责任。
在万历的祖父嘉靖皇帝以前，内阁大学士为3至6人，皇帝可能对其中的一人咨询较为频繁，但从名义上说，他和另外的几位大学士仍然处于平等的地位。这以后情况发生了变化，张居正名为首辅或称元辅，其他大学士的任命则出于他的推荐，皇帝在圣旨中也明确规定他们的职责是辅助元辅办事。大学土之中有了主次之分，造成了今后朝臣之间的更加复杂的纠纷局面。
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