本朝这种以阁臣代行相职的制度，来源于开国之君为了巩固政权而做出的苦心设计，目的是使皇权不被分割，也不致为旁人取代。这种皇帝个人高度集权的制度在有明一代贯彻始终。从理论上讲，皇帝的大权不应旁落，但这种理论并不总是能和实际相一致的。万历皇帝9岁临朝，又如何能指望他乾纲独断，对国家大事亲自来做出决定？多年之后，万历皇帝回顾当时的情形，也会清楚地记得他不过是把大伴冯保的指示告诉元辅张先生，又把元辅张先生的票拟按照大伴冯保的建议写成朱批。对于年幼的万历皇帝，张、冯两人都不可或缺。但在他冲龄之际，自然也决不可能预见到内阁大学土和司礼太监的密切合作，会给今后的朝政带来多么严重的后果。
一般人往往以为明代的宦官不过是宫中的普通贱役，干预政治只是由于后期皇帝的昏庸造成的反常现象，这是一种误解。诚然，有不少宦官出自贫家，因为生活困难或秉性无赖而自宫，进入内廷。但如果把所有的宦官统统看成无能之辈，不过以阿谀见宠，因宠弄权，则不符事实。从创业之君洪武皇帝开始，就让宦官参预政治，经常派遣他们作为自己的代表到外国诏谕其国王，派遣宦官到国内各地考察税收的事情也屡见不鲜。自己中叶以后，宦官作为皇帝的私人秘书已经是不可避免的趋势。皇帝每天需要阅读几十件奏章，这些奏章文字冗长，其中所谈的问题又总是使用儒家的传统观念和语言来加以表达，很不容易弄清其中问题的主次和它的真正含义，更不用说还夹杂了极多的专门名词和人名地名。所以皇帝必须委派五六名司礼监中的太监作为"秉笔太监"，由他们仔细研究各种题本奏本，向自己作扼要的口头汇报。秉笔太监阅读研究这些奏章需要付出很大的耐心和花费很多的时间，他们轮流值班，有时要看到夜半，才能第二天在御前对奏章的内容作出准确的解释。经过他们的解释，皇帝对大多数的奏章就只需抽看其中的重要段落、注意人名地名就足够了。（对俊帝阅读过的奏章，通常都要送到文渊阁由内阁大学土票拟批答。从道理上说，皇帝可以把大学士的票拟全部推翻而自拟批答。但这并不是常见的现象，因为这种做法表示了他对大学土的不信任，后者在众目股股之下会被迫辞职。按本朝的传统原则，为了保持政局的稳定，如果没有特殊事故，大学士决不轻易撤调，所以上述情况是必须尽量加以避免的。一个精明的皇帝能够做到让大学士的票拟永远体现自己的意图而不发生争执，这种微妙的关系又少不了秉笔太监的从中协调。
仅凭皇帝的宠信，目不识丁的宦官被摆升为御前的司礼太监，在本朝的历史上虽非绝无仅有，但也屈指可数。一般来说，秉笔太监部受过良好的教育。当他们在10岁之前，就因为他们的天赋聪明而被送入宫内的"内书堂"，也就是特设的宦官学校。内书堂的教师都是翰林院翰林，宦官在这里所受的教育和外边的世家子弟几乎没有不同；毕业之后的逐步升迁，所根据的标准也和文官的仕途相似。有些特别优秀的秉笔太监，其文字水平竞可以修饰出于大学士之手的文章辞藻。所以他们被称为秉笔，在彻前具有如上述的重要地位，决非等闲侥幸。
他们和高级文官一样服用啡色袍服，以有别于低级宦官的青色服装。有的人还可以得到特赐蟒袍和飞鱼服、斗牛服的荣宠。他们可以在皇城大路上乘马，在宫内乘肩舆，这都是为人臣者所能得到的最高待遇。他们的威风权势超过了六部尚书。但是这种显赫的威权又为另一项规定所限制：他们不能走出皇城，他们与文官永远隔绝，其任免决定于皇帝一个人的意志，他们也只对皇帝直接负责。
这种秉笔太监的制度及其有关限制，如果执行得当，皇帝可以成为文臣和太监之间的平衡者，左提右挚，收相互制约之效。然而情况并不能经常如此。前几十年就曾出现过刘道这样权倾朝野、劣迹昭著的太监，到此时，冯保既与张居正关系密切，而推一足以驾驭他的皇帝又正值冲龄，因时际会，他就得以成为一个不同于过去"无名英雄"式的宦官。当然，在小皇帝万历的心目中，绝不会想到他的大伴正在玩弄权力，贻害朝廷。冯保给人的印象是平和谨慎，虽然算不了学者，但是喜爱读书写字，弹琴下棋，有君子之风。他之得以被任为司礼太监，也有过一段曲折。原来的嘉靖时期，他已经是秉笔太监之一。隆庆时期，他被派掌管东厂。东厂是管理锦衣卫的特务机构，乃是皇帝的耳目，根据过去的成例，管厂者必升司利太监。而由于他和大学士高拱不睦，没有能够升任这个太监中的最高职位。直到万历即位，高拱被逐，他才被太后授予此职。
1577年秋天，朝廷上又发生了一起严重的事件。大学士张居正的父亲在湖广江陵去世，按规定，张居正应当停职，回原籍守制，以符合"四书"中所说的父母三年之丧这一原则。张居正照例报告丁忧，这使得万历大为不安。皇帝当时虽然已经历岁，但是国家大事和御前教育仍然需要元辅的不可缺少的襄助。再说过去由于地位重要而不能离职的官员，由皇帝指令"夺清'而不丁忧守制，也不是没有先例。于是皇帝在和两位皇太后商量之后，决定照此先例慰留张先生。在大伴冯保的协助之下，皇帝以半恳请半命令的语气要求张先生在职后丧。张居正出于孝思，继续提出第二次和第三次申请，但都没有被批准。最后一次的批示上，皇帝还说明慰留张先生是出于太后的鼓旨。这些文书从文渊阁到宫内来回传递，距离不过1000米内外，但是有意思的是不论是秦章或者未批还都要送到午门的六科廊房发钞，使大小官员得以阅读原文，了解事情的全部真相。
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