拿破仑不得不立即大幅度地调整所有外交部署。在这个问题上，他也像调动炮兵部队一样，能够巧妙地迅速地随机应变。
同奥地利的和平谈判在马伦哥战役之后就开始了。当时，由于奥地利派往意大利的军队被击溃，它同俄国的关系已经破裂，而且害怕法俄联盟将使它更加孤立，同意了这次谈判。
1800年10月间，在巴黎开始了以拿破仑和塔列兰为一方，以科本茨为另一方的法奥谈判。谈判进行得相当艰巨。不久，拿破仑退出谈判，让他的哥哥约瑟夫在洛林省的吕内维耳同科本茨继续谈判。科本茨狡黠顽固，约瑟夫坚定而圆滑，双方都力图使出巧妙的外交手腕战胜对方。这时，英国给奥国提供了200万英镑的津贴，在英国的压力和诱惑下，奥国又有了重起战端的念头。拿破仑对奥国在英国影响下出尔反尔极为愤怒，他多次强调和平的愿望是有节制的。然而，双方还在争吵不休，看来不通过战争是无法取得谈判的结果。11月5日，拿破仑宣布取消法奥两国的停战状态，命令法军在德意志和意大利两个战场同时转入进攻。于是，战火又起。
12月2日，莫罗将军率领的莱茵军团在德国南部大败查理大公率领的奥地利军队，取得了霍恩林登大捷，这次胜利打开了通往维也纳的道路。与此同时，麦克唐纳率领一支新军团在意大利出征，于严冬季节成功地穿过了施普鲁根山口，顺利地前进到阿迪杰河上游地区。这一出色行动再次切断了曼图亚要塞与奥地利之间的联系。奥地利的种种希望因军事失败而破灭，现在别无他法，只得在争取最好条件下缔结和约。可拿破仑这时却指示约瑟夫不要急于签订和约，他要奥地利答应满足他的一切要求。1801年2月9日，双方终于在吕内维耳签订了和约。根据和约，德意志神圣罗马帝国完全被排挤出莱茵河左岸，这块领土全部归属法国；法国还获得奥地利所属的尼德兰（比利时）和卢森堡；奥地利承认法国庇护下的黑尔维谢（瑞士）、巴达维亚（荷兰）、利古里亚（热那亚）、内阿尔卑斯（伦巴第）等共和国；法国继续占有皮埃蒙特；奥地利继续占有伊斯特里亚、达尔马提亚、威尼斯和阿迪杰左岸地区，而把阿迪杰右岸地区让给内阿尔卑斯共和国。
奥地利由于战场上的失败，不得不接受拿破仑所给予的相当苛刻的和约条款。但是，正像它不甘心于1797年的坎波福米奥和约一样，它对吕内维耳和约也是不甘心的，它终究要等待时机来改变这种形势，并再一次出来同拿破仑较量。
拿破仑在战场上和谈判桌上所取得的胜利使得反法联盟分崩离析，现在只剩下孤零零的英国了。英国既然已经失去作战伙伴，不能继续执行用英镑和舰队唆使他人火中取栗的政策，那只能放弃手段，接受和谈。1801年10月1日，英法两国代表在伦敦签订了预备和约的条款。不久以后，在法国东北部的亚眠召开了和平会议。1802年3月27日，法国全权代表约瑟夫以及西班牙、巴达维亚全权代表同英国全权代表康华里勋爵签订了亚眠和约。和约规定：英国除特立尼达以及锡兰岛上荷兰属地外，必须将法国大革命以来所占领的一切殖民地归还给法国以及附庸国（荷兰、西班牙）；马耳他岛应归还给马耳他骑士团，并保证马耳他的独立与中立；英国必须退出它在地中海和亚得利亚海占领的所有港口和岛屿；法国应从埃及和罗马撤退，把罗马和其他教皇领地归还给罗马教皇。
这一条约的签订，英国深感沉重，他们没有能够从拿破仑手里夺得他占领的欧洲任何一块地方。然而，英国并不是战败国，只是由于孤立，才被迫作出这样重大的让步。英国作为海上统治的霸主决不能容忍海上霸权的任何削弱，特别不能容忍削弱它对欧洲大陆的影响，所以，它并不准备履行和约条款。拿破仑心里也十分清楚，英法和约只是英法长期战争中的一个短暂的休战，他毫不怀疑英国会随时出来破坏和约。他作好了再次战争的准备。
亚眠和约虽然只是一项停战14个月的条约，但这项条约却巩固了拿破仑的权力，他得意地看到以前对他态度傲慢的英国，如今也把他当作法国政府首脑对待，他的荣耀和权力在不断上升。一次他和秘书在马尔梅松散步时，他说：“布里昂，你也将永垂不朽了！""为什么，将军？""你不是我的秘书吗？""告诉我亚力山大秘书的名字。"秘书反问道：”哦，这倒不坏！"拿破仑笑了。看得出，他对这番对话颇为满意。
和平给了拿破仑余裕。1802年1月7日，约瑟芬的女儿奥唐斯。博阿尔内小姐与拿破仑的弟弟路易。波拿巴举行了婚礼。第二天，拿破仑出发去了里昂。在那里，内阿尔卑斯共和国的议员们在等着他选举总统。一路上他受到了热烈欢迎。抵达里昂后，他受到了邻近各省的立法团和议员代表以及意大利议员的拜谒。陪同前往的波拿巴夫人跟丈夫一起观看了演出，同他分享里昂市为他组织的盛大庆祝活动的欢乐。26日，拿破仑如愿以偿地获得了内阿尔卑斯共和国总统的头衔，他朝伦巴第主权又大大地前进了一步。
回到巴黎后，拿破仑开始考虑制定宗教信仰法。在此之前，一派有势力的人曾向拿破仑倡议同教皇决裂，建立一个独立的法国天主教会，其首脑应住在法国。并指出这样做可以使第一执政的权力大大增强。可拿破仑却不以为然，他说：“我相信，法国一部分是要成为新教徒的，尤其是我要赞助那个倾向的话。我也确信，法国大部分仍将信仰天主教，他们会热情百倍地反对同胞分化。我只须恢复法国原来盛行的宗教，再给少数人以宗教信仰自由，就能使每个人满意了。"拿破仑本人并不信仰任何宗教，但却深通心理战略，他十分清楚地认识到教会仍能左右群众的情感。法国境内还有4万名僧侣，他们对人民的心理足以发挥强大的影响。为了使自己的政权获得强有力的支持，拿破仑决定与天主教合作。1801年7月15日，拿破仑关于重建天主教信仰一事同新教皇庇护七世达成了政教协议。一个月后，《箴言报》发表了一项告示，措词如下：”明天，热月27日，即8月15日（星期日）是圣母升天节，届时，巴黎圣母院教堂和各教区教堂都将举行感恩赞美诗歌诵会，以示广施恩德……。"人们不敢相信自己的眼睛，这些曾被革命风暴扫除的历史垃圾如今重又出现在法兰西共和国的官方报纸上，人们不由得感叹革命早已成为往事。
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