赫连勃勃进入长安后自称皇帝。大家都建议赫连勃勃迁都长安，赫连勃勃认为北魏才是他最大的隐患，如果以东北部的统万城为都，可遏制北魏西进。于是命太子赫连守长安，自己带大军返回统万城。
再说刘裕得知青泥大败，关中尽失，不由大恸，登城墙而北望，痛哭流涕。不久刘义真回来，刘裕降刘义真为建威将军、司州刺史，接着又打算北伐胡夏。但由于东晋当年曾发生一次大面积的水灾，百姓困饿，盗贼蜂起，国力比较匮乏，加之胡夏的赫连勃勃与后秦的姚泓不可同日而语，前者是人杰，后者为狗熊，北伐的胜算并不是很大，刘裕最终放弃了北伐。
本想再多建一些功业的刘裕这时候基本上没什么大事可干了，而且他可能也感觉到自己时日不多，于是就加紧了代晋建宋称帝的步伐。他称帝的第一步是算命，看自己什么时候称帝最合适。算命的结果是“昌明之后尚有二帝”。
昌明就是司马曜，昌明是他的字。这句谶语的意思是：“东晋在司马曜死后，还应当有两个皇帝才会结束。”刘裕很相信这个，于是就派中书侍郎王韶之把吃得香、睡得着、没病没灾、成天乐呵呵的傻皇帝司马德宗给弄死。王韶之弄死司马德宗的时候，还费了一番工夫，因为司马德宗的弟弟司马德文每天陪在他身边侍候饮食起居，从不离开。王韶之等了好多天也没找到下手的机会，到了十二月戊寅这天，司马德文正好生病了，出宫休养治病。王韶之趁司马德文不在，就带人把司马德宗勒死。司马德宗死后，刘裕又立司马德文即皇帝位。
司马德文虽然知道自己的哥哥是被刘裕害死的，但也没有办法。其实就是当不当皇帝这件事，都不是他说了算的。两年后，在刘裕的再一次操纵和导演下，百官一致上书要求司马德文禅位。
司马德文虽然心中痛楚，却不得不装作很高兴的样子说道：“其实在桓玄篡位建梁朝后，晋朝就失掉了天下。多亏宋王刘裕又恢复晋朝，使晋朝又得以延续了近20年。今日禅位，我非常愿意。”欣然提笔写就让位诏书，然后带着自己的家属走出了皇宫，把这个充满阴谋与欲望的地方，让给了刘裕。司马德文被刘裕封为零陵王，迁居秣陵县城（今湖北省荆门县），由冠军将军刘遵考带兵监管。公元420年6月，东晋灭亡。自晋元帝创立江东，到晋恭帝禅位于宋，东晋共历十一主，一百零四年；东西两晋合计共历十五主，前后一百五十六年。
刘裕于当月称帝建宋朝，追尊其父刘翘为孝穆皇帝，生母赵氏为孝穆皇后；尊奉继母萧氏为皇太后；立刘义符为皇太子；以司空刘道怜为太尉，封长沙王；追封刘道规为临川王；其余功臣增位晋爵各有封赏。又追封刘穆之为南康郡公，王镇恶为龙阳县侯。一个新的朝代———南朝开始了。
东晋灭亡后，西凉也就转向宋朝称臣。西凉原本是向后秦称藩，但由于后秦的国力日渐衰弱，顾不上管理凉州的事务，因此西凉总受北凉的欺负，经常被沮渠蒙逊带兵抢劫和侵略。西凉李暠遂于公元405年向西迁都至酒泉，并向东晋称臣，被封为酒泉公。但后来北凉仍袭扰不断，一直侵蚀西凉的领土。公元417年二月，李暠病死，其子李歆继位。西凉与北凉的战争仍是连年不断。直到公元420年，沮渠蒙逊假称南伐西秦，暗中带重兵埋伏在川岩。李歆以为北凉伐秦，必然国内空虚，举三万骑兵进攻北凉的都城张掖，途中被北凉军伏击，西凉军大败。李歆出征的时候曾经慷慨激昂，认为自己必胜，并拒绝了尹太后的劝说，战败之后，他觉得没脸再回酒泉了，便领败军再战。但连战连败，最后死于乱军之中。沮渠蒙逊乘胜攻占酒泉。
李歆的弟弟李恂其后以敦煌为都，自称冠军将军、凉州刺史，继续西凉政权。沮渠蒙逊继续派军讨伐，围攻敦煌。李恂据城而守，北凉军屡攻不下，又引水倒灌敦煌，终于攻破城池，李恂自杀，时为公元421年，西凉灭亡，历二主，共二十二年。
李歆的第三个儿子李重耳逃至北魏，他的五世孙为李渊，即唐朝的开国皇帝。而刘裕则为汉高祖刘邦的弟弟楚元王刘交的后代。一个开国皇帝是汉朝王室子孙，一个灭国王子是唐朝开国皇帝的祖宗。汉唐两个大朝，竟在此时以这样的一种形式碰了一次面，也算是一个难得的巧合。
西凉被灭，按说宋国应当征讨北凉，为自己的藩国报仇，但中间隔着一个西秦，汉中险地交通也不方便，而且年近六十的刘裕感觉自己的身体越来越差了，健康状况急转直下，所以无暇征讨北凉，却开始考虑自己的后事了。这个时候，被废为零陵王的司马德文只有三十六岁，正当壮年，而且身体倍儿棒，刘裕知道自己一定会死在司马德文前头，为了不给子孙留祸患，他派琅琊侍中张伟带毒酒去秣陵去鸩杀司马德文。
张伟不忍谋害故主，不去又难以交代，就饮毒酒自杀了。刘裕听说后，也叹息不已，但为了他宋氏的江山，还是不能放过司马德文。于是又派司马德文的大舅子，褚皇后的二哥褚淡之带了一批武功了得的大内侍卫去杀司马德文。褚淡之到后把褚皇后叫出去聊天，他带来的那些武功好手则翻墙进入司马德文室内，逼司马德文喝下毒酒。司马德文拒绝：“佛教说：人凡自杀，转世不能再投人胎。”这些人便把司马德文摁倒在床上，用被子把他给捂死了，然后又跳墙出去。褚皇后和二哥说完话回来后，发现司马德文已经气绝。褚皇后伏尸大哭，禇淡之装作不知情的样子也跟着掉了几滴泪，然后劝了劝妹妹，料理了司马德文的丧事之后，回去复命。时为公元420年9月。
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