在地方管理体系上，可能很多人对明朝巡抚印象较深，认为是各省省长，但事实上仅是临时差遣，并非常设职务。明朝更没有省这个说法，只是前面的元朝和后面的清朝都有，很多人便想当然的认为明朝也有。明朝仿宋朝在各地设四司的制度，在各地设三司：
1.都指挥使司：即前文所说的地方军区。
2.承宣布政使司：相当于宋朝的都转运使司，主管一方的财政经济。因为经济工作比较重要，所以设左右两位布政使共同主持工作。
3.提刑按察使司：相当于宋朝的提点刑狱司，主管地方司法。
这三司互不隶属，各自负责当地的相关工作，有时遇到重要情况，比如治理河道或打仗，朝廷会派出一名要员（一般本官是副都御史或侍郎）巡抚该地区，协调三司工作。但也只是协调而并无直接管辖权，因为这三司都直接隶属于中央的三个部门，为此中央部门的机构设置也发生了重要变化。
尚书六部，每部四司，唐宋有时会微调二十四司的具体设置，但这个框架从未改变。明朝为加强中央和地方的直辖关系，非常有创意地打破了这种框架，不妨以户部为例来说明这种公共管理创新。
明朝户部内设十三司，分别为：浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南清吏司。这就是一些省份的名称，明朝虽没有省的说法，但这种区划显然是后来各省的框架。
这十三司显然各自对口一个地区，比如浙江布政司就直接对口户部浙江司，而巡抚可管不了户部的内设司所。
同理，刑部也设了这样的十三司，对口各按察司。都察院也设十三道监察御史，分派各地监察地方官员。但兵部的情况比较复杂，并未分十三司直接对口各都司。
有些人据此说明朝的疆域很小，只有区区十三省而已，什么东三省、新疆、西藏都不在辖内。这真是相当无知也很无理的一种说法。户部只管十三省，中央各部门都不用钱了？您看户部十三司也没有北京、南京啊，难道也不在疆域内？更可怕的是这十三司没有五军都督府啊！是明军全体叛逃了还是都不领工资了？郑公公那么大的舰队经费从何而来？最愉快的是刑部也只管这十三省，所以中央百官可以随便犯罪玩儿——反正没人管。搞半天“刑不上士大夫”是这样实现的！
但这显然是很荒谬的。
事实上，十三司（道）也只是一种机构设置方式而已，内设十三个司已经够多，不能再增加了。所以十三司托名某处，并非真的只管这一地之事，还要兼管很多业务。比如中央机关的经费就由户部陕西司管，两京及其附近地区的税费由福建司管，各营卫分到各司管等。十三司（道）没有出现的地名其实仍有明确的司（道）在管，并非不在辖内。
这样设置，明朝中央部门对地方的直辖能力更强，藩镇独立的可能性比前代更小。当然，这种进步体现在公共管理机构的设置上，只是一种表象，根本仍在于社会进步，尽管明朝倒退性地恢复了世袭爵位乃至世袭职务，但社会已尽力将这种影响降至最低，尽管不得不承认比宋朝略有退步，但总体而言一个平行化公民社会还算成功。明朝的中央集权体系也趋于成熟，地方独立的趋势基本被消灭，务实的地方政府设置方式奠定了大一统中华帝国的框架，使中华民族历代扩展出的生存空间融为一个有机整体，而不是汉区、羁縻区、军事占领区、藩属国的简单拼凑，统一的中国概念彻底深入人心，奠定了现代中国的版图。
当然，一个伟大的王朝，最重要的遗产不是金银，也不是疆域，甚至不是优秀的组织结构，乃是万世相承的文明血脉。汉唐宋都为后人留下了伟大的文明遗产，明朝的问题就稍有点复杂。
三、中华文明的高阶传承
说到文化，明太宗或许有点不好意思。明帝文化都很高，明太宗的子孙们每人掌握至少一门外语，诗词书画均有作品传世，水平较高。更恐怖的是有些人还是非常优秀的土木工程师或机械设计师，完全达到工学博士的学术水平。但这些人都是在翰林学士的包围中长大的皇子，学习条件比祖上好多了，真正让朱老四脸上挂不住的是：他那讨饭出身的老爸文化素养也比他高得多（有传世作品可证）。总之，朱老四就是板上钉钉的明朝最没文化皇帝。
不过所幸当中华帝国推进至宋明这样的高级阶段，皇帝个人的文化素养对全社会的影响已经不大。
明朝作为汉唐宋之后又一个主要王朝，并且是全球化的中心，其文化塑型对中华文明乃至人类文明都具有重要意义。那明朝到底是一个文化繁荣、科学昌明的文明帝国，还是一个思想禁锢、万马齐喑的黑暗王朝？这个问题争议极大，而且不同的答案往往还非常极端。
一个国家的文化塑型主要还是取决于官场风气。明朝作为科举制度全面成熟的时代，再加上合理的官制，社会思想也进步到了一个高峰，提升了整个官场风气。大量出身平民的寒士通过自身努力考取进士，官员晋升有明确的考试成绩为据，而不靠当权者随意评价，所以投机钻营、溜须拍马在主流官场上就很难有市场，形成了一种正直敢言的共同审美观。汉有张释之，唐有魏征，宋有寇准、包拯，而明朝更有海瑞、夏言、范景文、杨涟、左光斗等数不清的诤臣。而且前代的诤臣往往本身也要有一定地位才有底气向大佬叫板，而到明朝，七八品的小官乃至平民百姓公开叫骂皇帝、宰相却司空见惯。
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