1955年8月20日蒋下令成立孙案调查委员会。最后的治罪理由，则为于“军中成立小组织”。结果交国防部“管教”，实行终身软禁。直到蒋经国死后，1988年3月20日才获开释。孙这时已90余岁了。
光阴似箭，日月如梭，不觉又将进行总统换届选择。总统六年一选。这使蒋介石不得不考虑对策。现在蒋虽已70余岁了，仍精力甚佳，自不干寂寞，陈诚未死，也必得为儿子再开道扫路。
为了连选连任，必得制造宪法根据，于是蒋又策划“国民大会”大法官对宪法进行补充，加上“非常时期，总统可以连选连任”字样。至1960年3月，蒋又当选为总统，这是他第三次连任。
但是雷震发行的《自由中国》，却书生气十足，竟对蒋介石连选连任违宪一事，大加反对，并邀集学者讨论和发表文章。如曹德宣写了《拥护蒋总统继续领导而不赞同连任》；傅正写了《护宪乎？毁宪乎？》；杨金虎写了《岂容御用大法官滥用解释权》；雷震本人写了《敬向国大代表同仁说几句话》；左舜生写了《我们对毁宪策动者的警告》。一时间，好像台湾上空刮起了民主政风，可以言论自由了。其实蒋介石是看在眼中、恨在心底，岂容民主之风刺激他的独裁之心。只是碍于政声，一时不便发作。
1959年2月2日，台北法院终于向雷发了传票。要他到地方法院应讯。当然，法院不能以言论自由为理由传讯他，就说有人（陈怀琪）指控他身犯三罪：一为“伪造文书”；一为“诽谤名誉”；一为“触犯惩治叛乱条例第七条”。雷回来后，胡适特别在中央研究院为他举酒压惊。3月25日，法院又第二次传讯雷震。
陈怀琪是一个下级军人。住在外地，他于1959年《自由中国》第二十卷第二期发表了两篇文章：一篇是《军人也赞成反对党》，一篇是《革命军人为何要以狗自居？》。雷的编辑部不加考虑，就给发表。结果陈怀琪本人否认他写了这样的文章，并写长函辩驳，要求全函照刊。《自由中国》只给予更正说明，未发全函。陈即到地方法院控告，说雷犯了以下三罪。
第二次传讯后，台湾开明派的成舍我、胡秋原等，均不以当局如此作法为然。胡适更撰写《容忍与自由》一文，对蒋氏父子进行了劝说。蒋见此，暂时鸣金收兵，以为对雷的警告已起作用。但雷仍不“觉悟”，于蒋当选后，仍然发表文章责问蒋介石“如何向历史交代？”
蒋介石终于又下了决心，于1960年9月4日上午9时，将雷震、主编傅正、会计刘子英逮捕入狱。罪状又变了内容，先让同狱犯洪国式诬陷雷为“匪谍”，但洪不肯干，并同情雷，还提醒雷说话要当心。继而威胁利诱刘子英，叫刘自认为“匪谍”。刘六易其自白书，始完成任务。当局于10月8日便以《戡乱时期检肃匪谍条例》第九条，明知为“匪谍”而不告密检举“罪”和“煽动叛乱罪”判雷徒刑十年，剥夺公权七年；刘叛十二年，剥夺公权八年；傅正“以攻讦政府”教育三年。
关于“煽动叛乱罪”是在以上“包庇匪谍”基础上，再罗列《自由中国》的有关文章构成。主要有：
（一）“马上要反攻大陆……颇为渺茫。一个国家的一切做法都是建立在这样一个渺茫的假想之上，这是太不稳健了。……”
（二）“假若美国今后改换一个方式，把这种经济援助重心，不专放在各国的政府上面，而放在各国的人民，或严格规定凡接受美援者，必须遵守国内言论自由，保障人权，一切案件公开审判，经济政策符合平民大众利益，及司法独立等为前提条件，那我们相信东南亚各国没有一国的人民反对这种干涉”。
（三）“军人生活困难，内心苦闷，实已相当严重”。
（四）“我们兹举几项最需要办的事如下：取消一党专政；取消党化军队；取消浪费青年生命和制造个人势力的青年反共救国团；取消党化教育。”
（五）“司法成了政治乃至政党的工具”；司法者、警察、税吏是台湾的“三害”，“可是在若干台湾人的心目中，统治台湾的是大陆人”。“在中央各院部会中竟没有一个台湾人，这是台能够使台湾人相信我们自己已经恢复了国家主人翁的地位呢？”
（六）“自古及今，统治者太专横，太霸道，太自私，以至叫人忍无可忍的时候，大家就要冒着生命危险来反抗的。”“国民党如果执迷不悟，自私自利，那么只有等待再革命吧！再流血吧！”
引用这些文字，是想证明雷震一再煽动人民，掀起流血革命，企图颠覆政府。
蒋介石曾于1956年七十大寿时，便有意地号召“国人”各抒己见，以“集纳众议”，并婉谢祝寿。他说：“婉谢祝寿，以六事咨询于国人，均盼海内外同胞，直率抒陈所见，俾政府洞察舆情，集纳众议”。
《自由中国》响应了这个号召，在歌颂蒋氏的开明之后，不免说出几句真言。胡适撰写的《述艾森豪威尔总统两个故事给蒋总统祝寿》，奉劝蒋氏做一个无为而能乘众势的元首。其中有无智而能“御众智”，无能无为而能“乘众势”的语句，使蒋介石大为恼怒。对此，由其长子经国出面，下达了盖着极机密印记的特种指示，对《自由中国》列出九条罪状和对策：
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