十一月一日，思宗下诏，公布了魏忠贤的罪行，宣布本应将魏忠贤寸斫以谢天下，念先帝还未出殡，姑且安置于凤阳。客魏二犯家产籍没，冒封的爵位革除，子孙人等俱到烟瘴之地充军。
魏忠贤离京，带了许多人和车辆。思宗以此为理由，令兵部差人将魏忠贤押往凤阳。十一月六日，魏忠贤走到阜城县，闻知了思宗的命令，知道末日到了，当晚上吊自杀于旅舍。崔呈秀在蓟州家里听到魏忠贤的死信也自缢身亡。十一月七日，客氏被押往浣衣局打死。随后，客魏两家子孙人等皆被斩首。
思宗在翦除客魏集团的斗争中大获全胜，为大明帝国清除了最大的隐患，显示了他不可低估的行政才能。
魏忠贤除掉了，但把持朝政的魏党羽翼其势力仍然庞大。当时，内阁、六部，各院寺首脑都是魏的死党，身居要职者都与魏忠贤有瓜葛。杨所修、杨维垣、安伸、贾继春等人以弹劾魏忠贤的功臣自居，上窜下跳，他们的目的就是保护同党，使思宗不再追究他们，从而达到维护现状、继续压抑东林党人的目的。
思宗深知，魏忠贤如果没有朝廷中这些寡廉鲜耻之徒的帮助是不会造成这么严重的危害的。思宗当然不会放过这些奸侫之徒，让他们继续把持朝政。十一月份，他下令逮捕了魏忠贤的主要爪牙“五虎”和“五彪”，交法司议罪。从十二月到崇祯元年五月，朱由检亲自主持选拔了4批共132个给事中、御史。这些新进言官除个别人依附魏忠贤，此外，皆是与魏党无关联之人。他们以清除魏党为己任，言路渐趋清明，思宗因此了解到更多的真实情况。对被魏忠贤害死、削夺的官员，该平反的平反，该起用的起用。
但思宗这时也犯了一个大错。原来，袁崇焕出关后，整顿兵马，修缮城池，使山海关一线的防务稳定下来，金帝皇太极一看在山海关无机可趁，决定从别处入关，一者骚扰内地，再者找机会设计除掉袁崇焕，去掉这一危险对手。
崇祯二年十月，秋高马肥之时。后金10数万精兵分道由龙井关、大安口入犯，连下遵化等名城。山海关总兵赵率教回师救援，全军覆没。正在宁远的袁崇焕闻警兼程回救，屯于通州。但金兵绕开袁崇焕，直扑北京。
面对气势汹汹的金兵，京师守卫益显薄弱，思宗心中忐忑不安。待闻袁崇焕率师赶来才放下了颗悬着的心。他任命大将满桂为武经略，总理各镇援兵、保卫京师。满桂与袁崇焕分屯于安定门和广渠门，打败了敌人的数次进攻。思宗为此召见了袁崇焕，他向袁崇焕表示慰劳，并解下自己的貂裘赐给他，袁部下将领皆得到赏赐。袁崇焕向思宗表示一定要尽快赶走敌人。十一月底，东便门之战，袁崇焕大破金兵，自己的兵力也损失过半，又因补给不及时，袁兵疲劳已极，要求入城稍做休整。就在这时，情况突变，思宗中了皇太极的反间计。
皇太极曾在北京城下俘获两个太监，他让营中广泛宣传与袁督师有约在先，袁督师让路让我们来打北京。故意让两个太监听到，然后放了他们。太监回到宫内便把这个消息报告了思宗。本来思宗对袁已心中有气，倡言5年复辽击贩金兵，现在辽东未复却把金兵引到了家门口，听太监一说，心中不免起疑，袁是不是与金真有勾结？思宗越想越觉得有可能，就在十二月一日召对时逮捕了袁崇焕，袁部在城外遂大溃，后为孙承宗收抚。孙承宗接替袁崇焕的职务。十二月中旬满桂战死，孙承宗督率各镇援兵力战克敌，解了京师之围。后金兵在畿内大肆抢掠，到次年四五月间，金兵才退出关外。
后金兵退走后，思宗愈感袁崇焕有负他的厚望，怒气难消，于是下令将袁崇焕凌迟处死，从而自毁了长城。
二、镇压起义损兵折将
明末农民起义军自天启中期大规模爆发后，规模越来越大。在袁崇焕出关抗御清兵，边防形势好转后，崇祯任命洪承畴任三边总督，加紧了对农民军的镇压，陕西义军王嘉胤、张献忠、李自成、罗汝才等部在明军的压力下先后离开了陕西，东渡黄河、进入山西。山西饥民群起响应，全省震动。洪承畴迅速派悍将曹文诏、马科、曹变蛟等人统兵追入山西。起义军闻讯东越太行进入畿辅平原地带，所向披靡，直接威胁到京师的安全。为解畿南之危，明廷调集大军3万余人，在崇祯六年（公元1633年）冬天，将义军包围在豫北。为了摆脱困境，起义军诈降明廷，使明军停止了进攻。待十月底，黄河结冰，义军遂出其不意溃围而出，南渡黄河进入中原，分道直扑安徽、湖广、四川。农民起义从局部问题变成了明廷的心腹之患。
怎么对付这种形势，思宗一筹莫展。大臣们提出，农民军之所以没有被消灭于畿南就是因为事权不一，明军各自为战、步调不一致，各怀观望，不肯用命。建议朝廷设立总督，统一指挥。思宗同意这个意见。可是，这个总督让谁当呢？洪承畴这时已调防辽东肩负边防重任，“未可轻易”。过了数月，有人推荐了延绥巡抚陈奇瑜总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务，总办剿灭义军军事。
崇祯七年（公元1634年），陈奇瑜集中各路明军在湖北打了几个胜仗，将义军赶回陕西。义军在向陕西退却的路上误入汉中栈道险区，被明军包围在车厢峡，进入死地。义军又采用伪降手段，派人以重金贿赂陈奇瑜手下将领，陈奇瑜认为可以不费吹灰之力收服义军，主张招抚，得到思宗批准。义军走出死地后，立刻又砍杀官军重举义旗。思宗羞恼成怒，下令将陈奇瑜下狱治罪，调洪承畴接任五省总督。崇祯七年底义军返回河南，次年正月打下朱元璋的老家凤阳，掘了朱家的祖坟。
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