咸丰帝即位以后，在调整统治班子的同时，也加强了对社会腐败现象的治理。科举是封建文人登上统治地位的重要途径，也是统治者选拔人才的重要方法。可是，随着社会风气的腐败，考试中的弊端日益严重，漏洞百出，行贿受贿事件经常发生。咸丰初年，科场上向考官递条子的风气十分盛行，在大庭广众之前也不忌讳，达到了公开化的程度。一些善于投机钻营的人，虽然不学无术，也往往金榜题名，而那些正直朴实的人，虽有满腹经纶，也往往名落孙山。面对这种污浊腐败的科举情况，咸丰帝十分愤恨和忧虑，他担心这样下去会危及自己的统治，所以时有加以整顿的想法。咸丰八年（公元1858年），顺天府乡试，军机大臣、内阁大学士柏葰为主考官，副考官为户部尚书朱凤标、左都御史程庭桂。发榜以后，人们发现，在中试前10名中，有位不学无术的旗下大爷平龄，因为他平时喜欢唱戏，曾经登台演出，于是京师舆论哗然，人们窃窃私议：“优伶也能高中了。”人们的议论，引起了御史的注意，有人上疏弹劾。咸丰帝立即下谕，严肃查办。首先将凡有牵连的考官先都解职听候审查，不久查明确有舞弊行为。柏葰、朱凤标、程庭桂等人都被革职下狱。咸丰帝感到柏葰为中枢重臣，不愿对他施以重刑。肃顺等人则说：“取士大典，关系至重，必须严厉执法，以惩积习。”咸丰也想借此好好整顿一下科举之弊，因此也就不再为他开脱，于是柏葰和同考官浦安，中试举人平龄、罗鸿泽，主事李鹤龄，程庭桂的长子程炳采共7人被下令斩立决。程庭桂发往军台效力，朱凤标革职，其余受株连而被褫、革、降、调的有数十人。
不久肃顺主持查出铸币局贪污案，咸丰下令追查，结果主管财政的大学士翁心存，协办大学士周祖培等均受到不同处分，户部官员十几人被杀，家产籍没。
另外还有商人、胥吏数十人，也一同被抄查家产，此案总计诛连者达数百人。
咸丰帝重用肃顺等人，并用严刑整顿朝纲，打击贪官污吏，力图挽救腐败的世风，虽然也取得了一些成效，然而肃顺等人利用这机会，打击异己、结党营私，结果弄得怨声载道，更加剧了清朝内部的分裂和斗争。
三、竭力平叛力御外辱
咸丰帝即位前夕，清王朝的西南边陲到处都是零零星星的农民起义，尤其地处广西紫荆山的洪秀全等人也在酝酿大规模的反清活动。对此，年少气盛的咸丰帝并没有放在心上，认为只不过是几个土匪，派兵剿灭也就完了。然而事情并不像他想象的那样简单。咸丰帝即位刚刚10个月，即道光三十年（公元1850年）十二月初十日，洪秀全等人在金田起义，建号太平天国，称天王。对此，咸丰帝大为震惊和气恼，立即派兵命将，抓紧进剿，企图把太平军扼杀在摇篮里。然而，令咸丰帝失望的是，清军虽然人多势众，穷追不舍，但却未能实现咸丰帝的就地围歼计划，相反，太平军在天王洪秀全、东王杨秀清的率领下，施展巧妙灵活的战术，摆脱清军围追堵截，出广西、入湖南，进湖北，于咸丰二年（公元1852年）十一月中旬，连克湖北的汉阳、汉口，武昌。不久，太平军顺江而下，于咸丰三年二月十日占领了南京。太平军占领南京以后，改南京为天京，建立政权，颁布社会政策及纲领。这样咸丰帝的统治就面临着一个新政权的直接威胁和挑战。
在接连失败的情况下，咸丰帝认识到，只靠原先的绿营兵和八旗兵已无济于事，必须进一步增强清军的战斗力，提高清军的素质。咸丰帝接受其他大臣的建议，重新使用古老的形式——办团练。咸丰帝的这种政策确实收到了成效，团练在镇压太平天国的过程中起到了关键的作用。其中最为著名的首推曾国藩的湘军。
曾国藩，字伯涵，号涤生，湖南湘乡人，出身于地主家庭。道光十八年（公元1838年）中进士，后官至礼部侍郎。咸丰二年秋，他因丧母回籍守制。十一月，咸丰帝命令他为帮办团练大臣，到长沙帮助湖南巡抚办理团练。曾国藩以湖南原有的一部分湘勇为基础，另定营制及各种章程，经过一段时间编练，组成一支新型军队即湘军。湘军的组织十分特别和严密，实行由统领挑选哨官，营官挑选哨长，哨长挑选什长，什长挑选勇丁。所募兵勇，大多是纯朴老实的农民，而且需取结具保，入军以后，又灌输以封建伦理纲常，加强思想控制。因此，湘军组织严密，内部稳定，兵为将有，全军统辖于曾国藩，有较强的战斗力，成为太平天国的死敌。
由于满州贵族害怕汉族地主掌握军权，因此对于曾国藩的湘军，咸丰帝心中十分矛盾，要利用却不敢放手重用。这种矛盾心理使他采取了两手防范措施。首先，咸丰帝把自己的希望寄托在由八旗兵绿营兵组成的江北、江南大营，尤其是江北大营身上，所以不论是火器或粮饷都优先供给。其次，咸丰帝在表彰曾国藩的同时，任命满族贵族官文为湖广总督、钦差大臣，总揽长江中游的一切军政大权，任命满族将领如塔齐布、都兴阿、多隆阿等为战将直接插手湘军，或率领八旗、绿营兵与湘军配合作战，监督控制曾国藩集团的势力。而对曾国藩个人，咸丰帝只给予口头上的称赞，让他为自己卖命和出力，就是不给他实际权力。虽然曾国藩为清王朝出了大力，但甚至到了1858年，曾国藩官职仍是原来的礼部侍郎。咸丰七年，曾国藩因父丧回籍，湖北巡抚胡林翼请求咸丰帝起用曾国藩领军，给事中李鹤年也请咸丰帝重用曾国藩，但都被咸丰帝拒绝。
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