这个时候，外边突然纷纷谣传胡宗宪是接受了贿赂的才这样卖力为汪直分辨，同时弹劾他在当地横征暴敛，额外征收而侵扰百姓，要求朝廷清查：“浙、直、福建近因军兴，经费不敷，额外提编，以济一时之急。比以奉行非人，因公倍敛，民不堪命。今事势稍宁，正宜培植休息，别求生财之道。而督抚胡宗宪、阮鹗乃于加征、存留外，仍前提编。节年所费，漫无稽考。前南京御史慎蒙奏止提编，并请以军门钱粮岁给，差给事中清查。”（《皇明驭倭录》）。
胡宗宪对这样的局面始料不及，顿时陷入了困境，在丢乌纱帽乃至杀头的压力下，他最后和以前那些为了本身利益默许汪直互市的官员一样，终于“易词以闻”，同时展开了对汪直所部毛海峰等人的进攻。
于是，“直论死，碧川、清溪戍边”，汪直最后在系狱近二年后被杀。
汪直在死前于狱中曾有一份上疏，也许我们可以从中看见一些正史不载的东西：
“带罪犯人汪直，即汪五峰，南直隶徽州府歙县民，奏为陈悃报国，以靖边疆，以弭群凶事：窃臣觅利商海，卖货浙福，与人同利，为国捍边，绝无勾引贼党侵扰情事，此天地神人所共知者。夫何屡立微功，蒙蔽不能上达，反遭藉没家产，举家监禁之厄，臣心实有不甘。连年倭贼犯边，为浙直等处患，皆贼众所掳奸民，反为响导，劫掠满载，致使来贼闻风仿效，纷至沓来，致成中国大患。旧年四月，贼船大小千余，盟誓复行深入，分途抢掠；幸我朝福德格天，海神默佑，反风阻滞，久泊食尽，遂劫本国五岛地方，纵烧庐舍，自相吞噬。但其间先得渡者，已至中国地方，余党乘风顺流海上，南侵琉球，北掠高丽，后归聚本国萨摩州尚众。此臣拊心刻骨，欲插翅上达愚衷，请为说客游说诸国，自相禁治。日本虽统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。其国尚有六十六国，互相雄长。其犯中国之贼，大致出于沿海九州，其他十有二岛，臣已遍历，劝自约束，今年夷船殆少至矣。臣料九州诸夷，经臣抚谕，必不敢仍请攻犯。臣当自五岛征兵剿灭，以夷攻夷，此臣之素志，事犹反掌也。如皇上慈仁恩宥，赦臣之罪，得效犬马之微劳驰驱，浙江定海外港，仍如粤中事例，通关纳税，又使不失贡期；宣谕诸岛，其主各为禁制，倭奴不得复为跋扈，所谓不战而屈人兵者也。敢不捐躯报效，赎万死之罪。”
其中“日本虽统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。……其他十有二岛，臣已遍历，劝自约束，今年夷船殆少至矣”，和陈可愿等人出使日本回来的汇报是相符合的，“幸我朝福德格天，海神默佑，反风阻滞，久泊食尽，遂劫本国五岛地方，纵烧庐舍，自相吞噬”、“臣当自五岛征兵剿灭，以夷攻夷”云云，也可证实他在五岛并不受倭人管制，乃是自为其政，并无附倭之事，而他协助浙江海道官员屡次剿灭海盗和倭寇，以及和胡宗宪合作，提前通报徐海和倭寇的入侵动向等事，都是消灭徐海等人以及倭寇的重要环节。
而最关键的是他最后在上疏中，很明显地还念念不忘希望明政府能够开放海禁，通商互市：“浙江定海外港，仍如粤中事例，通关纳税，又使不失贡期”，可见其一贯志向确实是在于此。
汪直的养子毛海峰在闻其下狱后，一方面觉得因为自己轻信胡宗宪导致汪直被捕而大惭，一方面又为遭受欺骗而大怒，于是与谢和两人将人质夏正杀害分尸，并在舟山岑港和明军开战，但因力量悬殊而最后败退出海。
由于失去了汪直这个领头人而受到了惨重打击，汪直所部自此慢慢衰落，最后彻底退出了历史舞台。
嘉靖三十八年（公元1559年）十二月二十五日，“诏斩王直于杭城官巷口”。在临刑前，汪直要求与儿子见面，并把束发金簪交与其子，而后相拥而泣，既而伸颈受死。在他死后，他的妻、子被“没入成国公家，至今子孙尚在不绝。”
他在临刑前唯一的公开遗言，则是长叹道：“吾何罪，吾何罪，死吾一人，恐苦两浙百姓！”
果然，他这临刑前的预言，在他死后很快得到了应验。
六，倭寇的消灭和开放海禁
倭寇的活动并没有如明政府一些官吏们所想象的那样，因为汪直这个“倭寇”头目的被杀被消弭下去，而是在汪直死后慢慢地达到了高峰，渐渐地频繁出现数万人的大规模入寇。 并且活动范围大大增加，从江苏、浙江蔓延到福建、广东，大约在嘉靖四十年前后最为猖獗规模也最大，一直到隆庆年间才渐渐被荡平。
《明史》：“逾年，新倭大至，屡寇浙东三郡。……十一月，贼扬帆南去，泊泉州之浯屿，掠同安、惠安、南安诸县，攻福宁州，破福安、宁德。明年四月遂围福州，经月不解。福清、永福诸城皆被攻毁，蔓延于兴化，奔突于漳州。其患尽移于福建，而潮、广间亦纷纷以警闻矣。至四十年，浙东、江北诸寇以次平。宗宪寻坐罪被逮。明年十一月陷兴化府，大杀掠，移据平海卫不去。初，倭之犯浙江也，破州县卫所城以百数，然未有破府城者。至是，远近震动。”
其实，汪直本人自始至终就一直在谋求开禁互市，他之所以在如此危险的情况下还单身入见，也是为了达到这个目的。他之前给其子的书信中说：“汝父在，厚汝。父来，阖门死矣”，这充分说明他是知道入内地晋见之凶险的，但最后他还是单身晋见的原因，一是他信任胡宗宪，二也可算有一种江湖豪气吧，他很清楚自己并非是沿海倭害的根源，也不是倭寇。而且如果招安了他，那和倭寇在海上是完全可以拼一番的，也可以和日本政府在某种程度上达成协议以共同遏制倭寇。而如果他死，以明朝大小官吏的心态，是不可能和日本政府达成双方可以接受的协议的，且明军的海上力量，此刻也还不足以对倭寇进行致命打击。
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