把王直看做妖匪的皇帝暂时把这事交给胡决断，王被诱相信仍然会安排好某种形式的赦免。他在狱中日渐衰弱，直到1559年12月，胡才终于执行皇帝的命令将他处决。
王直入狱以后，他的养子和他的部下退回他们在舟山岛的据点，确信他们受了陷害。他们不想再从事贸易。1558年4月，另一支入侵的日本大部队和他们结合起来，这支合并成的部队开始进攻浙江和福建北部的城市。7月晚期皇帝免去了胡宗宪的主要将领戚继光（1528—1588年）和俞大猷（1503—1579年）的统帅地位，命令他们在一个月内扑灭浙江的海盗活动。如果他们不能做到，他们和他们的上司胡宗宪将被逮捕并被带往北京。
胡针对朝廷上对他的策略日益增多的批评，早些时候曾上奏说，可以在一个月之内把浙江的局势置于控制之下。他的敌人认为他对此负有责任。但是，舟山岛不能攻下，帝国军队在他们几次攻击主要港口时又遭受了重大损失。与他的作战报告一起，胡呈献了在岛上捉到的一头白鹿。皇帝因这一吉祥的兆头而感到高兴，宁愿宽容他的失败，抨击了批评他的人，命令胡照旧任职。
他的将领们没有这样走运。1559年4月，俞大猷根据胡宗宪的命令而被捕，因为他没有追击1558年12月放弃舟山岛的海盗船队。尽管帝国军队未能夺回这个岛子，但海盗被包围，受到多次袭击，为时将近一年。当弄清楚他们打算撤走时，俞和其他的将领想追击他们，反而就是胡宗宪让他们扬帆而去。1559年早期，一个福建籍的御史指控胡放海盗到福建去，为的是他不必再和他们打交道。胡怀疑俞（他也是福建人）向这个御史透露了这种情况，所以他反过来以同样的罪状告发俞，设法使他被免职。
戚继光也在1559年夏被免职，但他奉命训练一支军队，并在战斗中赎罪。戚从杭州以南的农村（这是一个以农民难以管束而闻名的地区）招募了3000人，用设计来与日本武士作战的专门战术训练他们，戚认为他们是优秀的战士。这支军队后来以戚家军而闻名，证明是很有成就的，在1567年以前被用来镇压海盗和盗匪活动。
1560年以后的海盗活动
在残余的王直船队于1558年放弃舟山岛之后，只有一些小股海盗留在长江三角洲地区，大部分是在沿长江北岸的扬州府。这些帮伙在1559年夏逐渐被消灭。在60年代期间，南京以南地区的多数动乱由遣散的部队引起，这些部队是50年代中期招募来镇压海盗活动的。
1559年，一场可怕的旱灾毁坏了长江三角洲地区的夏季作物。在多年的盗匪活动之后，当地农民被迫艰难地活过另一个季节。饿死的事很普遍，又不能得到救济。盗匪活动的报告很快开始送达朝廷。1559年12月，南直隶巡抚在一伙几百当地恶棍攻击他以后，被迫逃离苏州。这伙人在海盗入侵的高峰时期被招募来保卫这座城市，后来不肯解散。在这一事件之后，他们逃离这座城市，逃到太湖的船上，在那里继续成为问题。1560年1月，类似的被遣散的士兵团伙攻击了长江以北的一些城市。这些团伙没有给地方当局引起真正的困难。他们没有海外帮手，能够被孤立起来逐个消灭。1560年以后，从南京往南到杭州湾这个地区继续保持平静。大规模的入侵和盗匪活动这时限于福建、广东和江西南部。
在1560年至1563年之间，剩下的海盗帮伙聚集在福建海岸以外的岛屿上。残余的王直部队于1559年拿下金门岛，和广东的海盗船队联合，主要开始袭击福建南部和广东北部。1562年12月，一支入侵的大部队在围攻一月之久以后，占领了兴化府城；周围多数行政城市也被占领。朝廷的监察官们报告说，局势失去了控制。
1563年早期，戚继光和他的部队奉命到福建。他与当地部队合作夺回兴化，到5月已摧毁了海盗在福建海滨的最后的主要基地。1564和1566年之间在江西南部和广东进行的一连串战役中，那些设法逃走并扬帆驶往更南地区的海盗逐渐战死或被俘。在这些战役中，以前掌握在盗匪手中的许多地方和许多人回到了帝国的控制之下。在这样一次对广东北部一伙盗匪的战役期间，夺还的人有80000多。从16世纪初年起即为盗匪渊薮的广东、福建和江西南部之间的多山地区又被置于帝国的控制之下。
到了1567年，海盗活动已不再是东南海滨的严重问题。对海外贸易的政策仍然是一个争端，主要因为皇帝拒绝改变他的主张。但是，在他于1567年1月去世之后不久，福建巡抚就请求撤消海上贸易的禁令，建立海运关税机构。由于严嵩的继任者大学士徐阶（1503—1583年）的建议，这一请求被批准。40年以前开始的朝廷对海外贸易政策的争论终于结束。
在1565年占领菲律宾的西班牙人最初了解这个其他方面差一些的殖民地可以作为与中国进行大量贸易的基地的同时，东南滨海地区意外地开放了海外贸易。最先到这个群岛的舰队指挥官于1569年写道：“我们将得以和中国贸易，从那里得到丝绸、瓷器、安息香、麝香，以及其他商品。”这种贸易实际上始于1573年，当时有两艘西班牙大帆船——马尼拉西班牙大帆船——装载着中国丝绸和瓷器回到阿卡普尔科。到了1567年，中国和美洲之间的贸易关系已经很好地建立起来，不间断地继续到了下一个世纪。①
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