军队自然是他今后立身的根本，林铄接手栋军后，即在崇明岛上开办了栋军随营军官学堂，这些军官生大部分是从台湾内渡的栋军和新楚军官兵子弟，也有一部分来自在江南招收的学员。
这个时代，各省都开始开办武备学堂，但真正能在今后民国政坛上呼风唤雨的军人集团，一是出自北洋武备学堂的军官生，另外就是留学日本的士官生。这个时期栋军还没有投入北洋系，林铄只能在江南各省上下打点，在各省武备学堂保送日本留学军事的名单中挤出一些名额。
从栋军随营军官学堂中选拔而出的第一批十二名优秀学员按计划应当在1904年前往日本，不过由于日俄战争爆发，只能一直滞留在国内，栋军北调滦州后，这批学员驻进上海商船学校补习日语。由于上海商船学校为留学日本的学生提供免费的食宿，这一时期，也有不少的国内留日学生聚集在校内。
第一章清末 十九、暗杀
蔡元培来找林铄，说他手下爱国学社的十多名学生被租界巡捕房捉了去，请林铄设法疏通关系予以搭救。
林铄是通过张元济与蔡元培认识的，由于1902年南洋公学发生**，学生们因不满学校当局的管理，纷纷退学。作为学校老师的蔡元培站到了学生一边，带着退学学生离开了南洋公学，从而自己组建爱国学社。
由于经费困难，蔡元培就通过熟人四处去拉赞助，林铄就是这个时候认识了这位后来著名的学者和教育家。出于对这位“北大之父”的尊敬，林铄给了爱国学社很大的资助。
爱国学社由于学风自由，加之从日本回来的吴稚晖等人鼓动，渐渐成了国内第一个“革Ｍ团体”，这些人以《苏报》为根据地，不断地鼓吹“排满革命”，章太炎在《驳康有为论革Ｍ书》中公然骂光绪皇帝为“戴湉小丑，不辩稻粟”，鼓吹“非得革Ｍ，不可不革Ｍ”,而邹容在《革Ｍ军》中更是鼓动“杀尽满人方罢手”，从南洋陆师学堂退学的章士钊则在报上说革Ｍ就是“杀人主义”。
结果《苏报》被查禁，由于事先租界当局通风报信，《苏报》案主犯纷纷藏匿或是跑到日本，最终只捉到了自投罗网的章太炎和邹容。清政府想把章太炎和邹容引渡受审，预判了两人“斩立决”，可是租界当局不准。
最终《苏报》案成了晚清史上颇为奇特又很有代表性的一个案件，这是以一国政府为原告，以本国国民为被告，由设在租界的中外联合审判机构“会审公廨”共同审理的特殊官司。
最终章太炎和邹容两人以诽谤罪被判处三年和两年监禁，经过长达十个月漫长的审判过程，国人从案件的审理中见识到了什么是言论自由和思想自由。
《苏报》案的审理还彻底的把满清朝廷的虚弱本质暴露无遗，章太炎和邹容两人一举成为人们心目中的“英雄”，自此，不管懂不懂得“革Ｍ”的人都以谈论“革Ｍ”荣，反正也不会杀头，套用鲁迅先生写的一句话就是“连阿Ｑ都要和假洋鬼子争一争革Ｍ的资格”。
这起案件剥去了满清朝廷最后一块遮羞布。
蔡元培在《苏报》案后躲到了青岛，爱国学社被迫关闭，爱国学社的学生分成了四拨，一批进了林铄创办的上海商船学校，一批去了日本留学，一部分人进了马相伯开办的震旦学院。其后由于天主教会想把震旦学院变成教会学校，学生们选择了退学，跟着马相伯重组复旦公学。对于这个后世著名的高校，林铄决不会放弃这个绝佳的沽名钓誉时机，由他提供场地和部分资金，复旦公学在杨树浦原来陈益如试种烟苗的农场开学，林铄和张謇成了复旦公学的主要出资人。
爱国学校剩下的最后一批人搬到了公共租界的余庆里，继续革Ｍ。
从日本回来的“横滨暗杀团”成员杨笃生、苏鹏、何海樵等人也移师上海，与他们会合，他们要组建规模更大的“上海暗杀团”。
蔡元培在青岛躲了几个月后又回到了上海，这位清朝的瀚林现在成了个彻头彻尾的“革Ｍ者”，在他的鼓动下，原来爱国学社的张继、王小徐、孙毓筠、刘师培、章士钊、钟观光俞子夷等人都加入到暗杀团中，蔡元培还给暗杀团起了一个比较好听一点的名字――爱国协社，蔡元培成了暗杀团的领袖。
暗杀团成立，杨笃生、张继、何海樵、周来苏等人前往北京，准备干一件惊天动地的大事――刺杀慈禧。
可惜，这帮人在北京呆了半年，却连慈禧的影都没见着，西太后本就深居简出，即使出行，也是一大帮仪仗护卫，哪容得上闲杂人等凑到近前。眼见川资告罄，一行人只得打道回府，返回上海。
随后暗杀团又在江宁谋刺新任的军机大臣，正在江南巡视为北洋新军捞钱的铁良，也是无功而返。
这回，他们把目标对准了在上海租界当寓公的原广西巡抚王之春。
王之春在当时被称为头号卖国贼，他为了镇压广西民变，不惜引法军入桂，而且将广西的铁路路权和采矿权全都卖给了法国。王之春因国人的抗议而被朝廷免去了广西巡抚一职，但还不甘心。
《苏报》案的始作佣者也是这个王之春。
1904年11月19日晚，位于上海闹市的金谷香蕃菜馆，象往常一样热闹、嘈杂，忽然一个衣着讲究的胖子在穿着青衫的仆从护拥下，从二楼匆忙跑下，抱头鼠窜。
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