两天后（7月29日），尚未正式得到中国海盗支持的荷兰人，就直接将宣战书送交明政府，提出只有满足他们的下列要求，才能停战：在漳州河、安海、大员、巴达维亚之间自由贸易；在鼓浪屿建立贸易据点；至中国沿海城市收购商品；在福建沿海自由停泊；不准任何中国船只前往马尼拉；荷兰人在中国享有与中国人同等法律权利。
大航海和大殖民时代，东西方的第一次大规模战争即将爆发，双方都开始动员更多的力量。荷兰人不断从台湾抽调战舰前往厦门沿海，而郑芝龙则发出了“江湖追杀令”，在政府的标准军饷之外，自费给每位士兵2两银子的军饷，如果战事延长，另再发5两；而放火船如能烧毁敌船，奖励200两，每艘放火船上有16人，人均12两；另悬赏荷兰人的首级，一个红毛人头奖励50两。
8月和9月，双方爆发了多次中小规模的战斗，互有胜负。但荷兰人此前的攻势受到了郑芝龙的阻滞，台湾总督普特曼斯告诉刘香：“一官（郑芝龙）屡屡用放火船及兵船企图于漳州河压倒我们，我们不时受到损害及耻辱而不得不逃走 ”8月底，刘香、李国助正式与荷兰方面联手。
9月16日，福建巡抚邹维琏亲自挂帅，五虎游击郑芝龙担任前锋，开始筹划反击。在战舰标准配置之外，郑芝龙自费购买了英国产的新式大炮，安装在每一艘主力战船上。同日，荷兰舰队并刘香的海盗舰队，开始在金门料罗湾集结。
1个月后，明军主力也集结完毕，150多艘战舰组成了有史以来中国最为庞大的作战舰队，随即在10月22日爆发料罗湾大海战，荷兰人与海盗的联军大败而逃。
此战，根据福建巡抚邹维琏《奉剿红夷报捷疏》，郑芝龙击沉了荷兰人的5艘战舰，俘获1艘。而根据荷方的各种记载，荷兰舰队“在台风和战斗中丧失了4条军舰，还有3艘不知去向”，实际上是郑芝龙各烧毁和俘获了1艘荷兰军舰（Brounersheaven号和Slooterdijck号），其余荷兰军舰均冲出重围，其他的损失都是日后因台风等自然灾害造成，并非战斗损失。正因荷兰人保持了相当的实力，郑芝龙才选择了与他们再度谈判，也为日后郑成功收复台湾埋下了伏笔，否则，荷兰人如果在料罗湾海战中彻底失败的话，他们将难以坚守台湾据点。
金门料罗湾海战，郑芝龙给信奉弱肉强食的荷兰人上了一课，“崇祯中，(荷夷)为郑芝龙所破，不敢窥内地者数年”（《明史》）。郑芝龙被官方称为“海疆长城”，并提拔为南澳镇副总兵。这是明代200年来政府第一次真心地与“海盗”合作并且相濡以沫。
而荷兰人在次年的总结中说：“我们去年发动的战争结果足以证明，自由无限制的中国贸易凭武力和强暴是无法获得的，大员（台湾）长官和评议会已深深意识到这点，为促进事务的进展，长官先生已将21名囚犯释放，并派重要商人Hambuan送往中国，无疑会受到巡抚和其他中国大官的召见。”（《荷兰人在福尔摩莎》）普特曼斯因战败而辞职。
郑芝龙与荷兰人达成了协议，荷兰人赔偿战争损失，并保证不再骚扰大陆沿海，并放弃对刘香集团的支持，郑芝龙也代表官方同意取消海禁，让更多的福建商人前往台湾贸易。这一协议，双方是互惠的，但相比而言，郑芝龙所得更多：荷兰人放弃了敌对态度后，中国前往马尼拉的贸易航线开通，想获得更好收益的闽粤两地海商，不需要经过荷兰人的中转或阻挠，而直抵马尼拉，当然，贸易量放大后，也有更多的货物流入了台湾，让荷兰人有了可炊之米。
失去了荷兰人支持的刘香集团，迅速被郑芝龙的优势兵力扑灭，至此，郑芝龙彻底扫清了东西两洋的航道，通商范围遍及东南亚。至1635年日本实行锁国，郑芝龙已经是海上霸主，日本市场的关闭对他毫无影响。此时的西太平洋上，“海氛颇息，通贩洋货，内客外商，皆用郑氏旗号，无儆无虞，商贾有二十倍之利”。 “海船不得郑氏令旗，不能往来。每一船，例入三千金。岁入年千万计。芝龙以此富敌国，自筑城于安平海梢，直通卧内，可泊船，径达海。其守城兵，自给饷，不取于官，旗帜鲜明，戈甲坚利。凡贼遁入海者，檄付芝龙，取之如寄。”（《明季北略》）“各国皆飞黄(郑芝龙)旗号，沧海大洋如内地矣”，中国官方第一次对大洋深处实施了有效的管理。
郑芝龙麾下的军队也超过20万人，不仅有汉人，而且还有日本、朝鲜人甚至非洲黑人在他军中扛枪吃粮，他的船队规模超过3000艘，成为西太平洋地区最大的海上力量，台湾海峡完全成为郑芝龙的内海。
更为重要的是，郑芝龙在1630年、也就是他接受招安后不久，就从日本接回了6周岁的儿子郑成功，年幼的郑成功开始在名师的督导下，认真学习中国文化。父亲缔造的这一海洋帝国，即将在他的手上继续发扬光大。
郑芝龙称雄大洋，是中国人继郑和之后，第一次重新夺回了海洋的发言权。不同的是，郑和下西洋，是在完全有能力的情况下，去收缩乃至阉割海上的扩张，而郑芝龙则是积极地向海洋拓展。
这也是中国第一次政府与海盗的真心合作，崇祯皇帝获得了一个安宁、富庶的东南海疆，不仅不需要再牵扯国家的财力和人力，而且为中央提供了比较稳定的财政支持，得以全力对抗努尔哈赤和李自成。
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