崇祯皇帝所接手的，是一个风雨飘零的王朝，除了内部的官吏腐败、朋党林立之外，外部还有“三座大山”：北有努尔哈赤崛起，中有李自成、张献忠暴动，南有郑芝龙等侵扰，更有荷兰人等守在国门边上虎视眈眈。显然，以当时的国力，绝难数面迎敌。
崇祯皇帝决心招安郑芝龙。郑芝龙之前曾主动求抚，却险些被官方暗算。此次，朝廷是下了决心的，崇祯下令兵部和福建巡抚熊文灿办理此事。熊文灿随即释放了狱中的金门游击卢毓英，卢毓英是因在作战中被郑芝龙俘获而又放还为其求抚，被俞咨皋下狱。朝廷如今变了思路，俞咨皋自己因兵败问责而入狱，卢毓英就成了与郑芝龙接头的最佳人选。
郑芝龙此时，也苦于两线作战。一方面，他在台湾与荷兰人已经形成了对峙状态，为了争夺海上控制权，都在积极备战，另一方面，尚有多股海上武装势力并不听从其调遣，还需牵扯大量资源进行海上统一战争，建立其霸主地位，因此，他也希望能将对抗政府军的兵力抽调出来，转而面向海上扩张。赶巧的是，这年福建南部遭遇大旱，饥民遍野，占据着厦门的郑芝龙承担起了政府的职责，开仓赈灾之外，还大量移民入台湾，人数高达数万。这是台湾有史以来最大的一次移民高潮，对郑芝龙的战略布局十分关键。为了吸引饥民渡海入台，他提供“三金一牛”的优惠条件，即每人给银3两，3人给牛1头。毫无疑问，如此大规模移民，郑芝龙需要政府方面的配合，至少不能再度开战。而饥民移居台湾，也能大大减轻福建及东南沿海的压力，这对政府也是有利的。
各有所需的双方，一拍即合。1628年，郑芝龙接受招安，“授游击、寻迁副将”（《厦门志》），官职其实并不高，但郑芝龙需要的并不是这个。变身为官军的郑芝龙，立即腾出手来，大举攻击昔日的海上同行们，先后歼灭了李魁奇、杨禄杨策兄弟、诸采老、钟斌等团伙, 部队扩展到了３万余人、战船千余艘，海上只有刘香集团与荷兰人联手，才能勉强与郑芝龙抗衡。
郑芝龙以厦门为据点，在拓展地盘的同时，开始规范内部管理，以仁、义、礼、智、信命名，建立了5大流通体系，管辖遍布内陆各地的流通渠道，另以金、木、水、火、土命名，建立5支船队，航行到东西各洋。他同时开始颁布“令旗”，实际上就是海上的“保险单”，缴纳了保护费的船上可以挂上他的“令旗”，如果出事，他全额赔偿。这项“保险”收入，以后达到了每年400万两黄金的惊人规模。
对于郑芝龙日渐上升的势力，荷兰人如鲠在喉。此时，郑芝龙早已是荷兰人的最大贸易伙伴，但明政府并未取消海禁，相反却在1630年重申了海禁，闽台贸易的执照仅发放了6张，福建商船到台湾依然很少，难以满足荷兰人的需求，另一方面，郑芝龙垄断了对台湾的贸易，控制了定价权，也令荷兰人十分不满。
荷兰驻台湾总督普特曼斯认为，占领台湾的目的，就是以此作为对华贸易的中转站，并控制中国与西方贸易的海上咽喉，因此，必须先消灭郑芝龙的势力，然后再攻击葡萄牙和西班牙在东方的势力，才能获得这种战略地位。
在多方考虑后， 1633年4月30日，荷兰东印度公司总部决心对郑芝龙、对中国以武力进行胁迫，而方式就是海盗式的武装劫掠，“对中国福建沿海进行掠劫活动逼使中国政府答应其贸易需求，并在掠劫途中尽量降低中国人民伤亡”（《热兰遮城日志》De Dagregisters van het Kasteel Zeelandia）。荷兰人对于这一战，十分重视，派出了足足11艘大型战舰，另加一艘旗舰及一艘戎克船，统一由普特曼斯指挥。
刚与海盗刘香作战完毕、正在厦门养精蓄锐的郑芝龙，刚同意将协助荷兰人获得闽台的自由贸易权，因此并不防备荷兰人此时的突然攻击，他的主力舰队都还在船坞中整修。
郑芝龙遭遇了猝不及防的“七七事变”。1633年7月7日，荷兰舰队主力占领了南澳岛，揭开了战争的序幕。
金门炮战
大航海和大殖民时代，东西方的第一次大规模海洋战争爆发。在郑芝龙的优势舰队面前，荷兰人被打得落荒而逃，“不敢窥内地者数年”。
占领南澳岛后，荷兰人立即兵分三路前往“好望角”（福建汕头湾南边的半岛）、钟湾、冬山劫掠。7月11日，前往钟湾的Wieringer号，与26艘明军战舰接触，双方第一次交火。
7月12日，荷兰人偷袭厦门港，击沉郑芝龙大型战船约30艘，小型战船约20艘。
显然被打懵了的郑芝龙，在两天后（7月14日）派出使者，要求荷兰人解释不宣而战的原因，并释放被扣押的中国商人。荷兰人置之不理，同时开始在附近岛屿强行收取“买路钱”：必须每周提供25只猪、100只鸡、25头牛。
7月18日，荷兰舰队封锁金门沿海、漳州河和金门烈屿方面的航道。
郑芝龙这次似乎并没有奋起一战，7月24日，他又派遣使者，希望停战，并表示愿意立即与台湾进行贸易。他的求和再度被荷兰人回绝。
荷兰人在7月27日找到郑芝龙的对头刘香、李国助（李旦儿子）等，以台湾、巴达维亚及其他要塞的自由贸易为代价，换取了海盗们的合作。
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