这部作品所有的笔记都在六十六号笔记本中，一共涵盖三十页，包括一些有趣的图表。笔记相当接近小说的进程，只有几处小小的偏差，下面将会提到。奇怪的是，至关重要的乘客物品名单，尽管包含了小说的主要线索，并首先引起了波洛对凶手的注意，却没有不在笔记当中。
笔记的第一页简要地叙述了情节：
飞机命案——一把带有利刃的刀。
男子起身——走进厕所（穿蓝色套衫）穿白色外套回来——像乘务员一样前冲——弯下身子，讨论菜单，刺死男子——同时轻声打喷嚏——回去——穿蓝色套衫回来重新坐下
笔记一开始，凶手就是名男子，或许令人吃惊的是，甚至连蓝色套衫这样穿着上的细节也都得到了保留。不过，轻声打喷嚏的构思（效仿了《寓所谜案》）被弃用，被害人也变成了一名女子。
情节在以后几页中进一步扩充：
第二章
乘务员——发现尸体——寻找医生。布[莱恩特]前来
赫·波就在他身旁——手法——杜邦父子提示——莱德先生同意——脖子上的印记——波棘手——克兰西先生——吹管——箭毒
到达克罗伊顿——大家留在头等机舱中——探长——穿便衣——另一名探长——杰普——啊，是赫尔克里·波洛先生啊——或者问乘务员他是谁~他们说他们一眼就认出他来了，诸如此类
几页之前，克里斯蒂考虑了吹管或飞箭做杀人凶器的构思。不过，在她特有的创意之下，这两样都是用来刺杀人的：
飞箭刺杀
吹管发射的（毒）飞镖刺杀
这行文字出现在一个情节构思列表的C项中。该列表的构思H是“飞机命案”。克里斯蒂决定规划《云中命案》时吸收了吹管飞镖的构思，而飞箭的构思则在多年以后用在了“格林肖的蠢物”里。在《清洁女工之死》中，奥利佛太太痛苦地抱怨说，喜欢卖弄学问的读者写信给她，指出她书中的错误。她以小说《死者是猫》中使用的吹管为例，“这本书里头我写了一个一英尺长的吹火筒，其实竟然有六英尺”（第十二章）。这听起来简直就像是后悔不迭的阿加莎·克里斯蒂！
大部分人物也从一开始就确定下来了，不过和其他很多作品一样，人名还有所变化。有些被完全弃用，而由新的名字替代。我在下面指出了大致的变化：
飞机上的人
萨尔维先生和莱德先生——生意上的熟人[唐姆斯·莱德以及丹尼尔·克兰西]
莱德·隆先生——牙医[诺曼·盖尔]
卡恩佛斯太太——赌徒——丈夫不为她偿还债务[霍尔伯里伯爵夫人]
简·霍尔特——经历平凡的姑娘，在赛马中赢得一笔奖金[简·格雷]
杜瓦尔先生——父子——考古学家[杜邦父子]
维尼夏·卡尔（要嫁给卡恩佛斯）[维尼夏·克尔]
詹姆斯·莱斯利·卡恩佛斯的弟弟[可能被布莱恩特大夫完全取代]
马德琳·阿诺——卡恩佛斯的女仆[“马德琳”]
随后的调查中加入了情节的发展，不过并非最终的顺序：
然后卡恩佛斯女士——杰普和波——波留下来，向她暗示——告诉她真相并恐吓她[第19章]
维尼夏·卡尔——波和杰？——波对她不喜欢卡太太加以利用[除了在第12章简短出场外，维尼夏·克尔再未出场]
莱德先生——一直相当坦率——生意困难[第18章]
杜邦父子——杜邦先生要去古董学会做讲座，但对方可能在巴黎见他们[第22章]
布莱恩特——杰普讯问他——波以病人身份前去——可能是毒品供应商——或者做过非法手术——或者因非职业行为而犯罪[第20/23章]
克兰西——亲切接待了小个子——很健谈[第15章]
证人审讯中有个古怪的地方，维尼夏·克尔既没有受到波洛的讯问，也没有受到别的调查者的讯问。并请注意她的住址——小围场，十五年后的《谋杀启事》就是在这里发生了戏剧性的命案。霍尔伯里伯爵夫人掩饰可卡因时使用了“硼粉”的说辞，与二十年后“国际学舍谋杀案”中的罪犯一样。
克里斯蒂凭借她一贯丰富的情节构思，提出了盖尔同伙的几种可能性：
【动机】
女儿安妮继承的遗产
A.安妮是简·霍尔特——简·霍尔特与安吉尔[诺曼·盖尔]策划谋杀
B.安妮是简·霍尔特——她没意识到这点——但安吉尔决定娶她
C.安吉拉·莫里索特是安妮——她与安吉尔是同伙——在命案发生时进来与女主人说话，制造混乱
D.安吉拉·莫里索特是安妮——但是无罪——她与安吉尔订婚但没在班机上见到他。 他用假名与她订婚——詹姆斯·克莱尔——侦探小说家——在伦敦有间套房
E.真假安吉拉·莫里索特用完整的身份证明出现，以重新获取财产（真的是简）
简·格雷是罪犯同伙的构思最引人注目，这会产生非常诱人的意外效果。不过该构思还是被摈弃了，女仆被选为同伙，小说中使用了构思C。
笔记停在了第十六章，不过笔记中的章节并不完全与小说中的相符。而且很怪，诺曼·盖尔在笔记中并没有被明确指定为凶手。
《云中命案》笔记的特色是用图表画出了飞机上乘客座位的排列。通过笔记和小说中的图表都可以看出，一九三〇年代的机舱内部与现代的飞机很不一样。机舱内只有十八个座位，仅仅十一名乘客，九个靠过道的座位上只坐了两人。三张草图中有个共同点，那就是简和安吉尔（诺曼·盖尔在构思时的名字）的座位排列。他们在图上一直坐在面对面的窗座上，远离过道，这是情节所要求的。实施犯罪的过程中，盖尔在飞机上来回走动的大胆行为被人发现的机会微乎其微；正如他所猜测的那样，简很可能在这段时间里照镜子。没有人提过，比较大的风险其实来自其他的乘务员。他们很可能会发现一名“多余的”乘务员。
“海上疑案”
1936年2月
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克莱波顿太太被人发现死在了假日游轮的船舱中，破获这个案子，波洛需要依靠一名最不同寻常的证人。
这部小说的第一段笔记出现在六十六号笔记本中，标记的日期是一九三五年一月，出版前的一年。之后，同一本笔记又详尽地叙述了完稿小说的许多细节：
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