案件上报之后，乾隆十分重视。整个心思都沉浸在伪稿案中的皇帝第一个反应是怀疑马朝柱就是制造伪稿之人，因此严命地方官迅速进剿。马朝柱只身逃往四川，只拿获了马的母亲、妻子和侄子。审讯之下，发现马朝柱与伪稿案无关，不过此人的威胁并不在伪稿之下。
马朝柱，安徽霍山人，自幼胸怀大志。自乾隆十二年（1747年）起，他就与霍山白云庵的正修和尚商量“起大事”、当皇帝。他效仿历代起义首领，对众人宣称自己十六岁时，曾梦到神仙降临，指点他到某处拜了名师，学得了一身法术，可以撒豆成兵，剪纸为马。他还宣传说，“西洋出有幼主，名朱洪锦，系明后裔，有大学士张锡玉，大将吴乘云，系吴三桂子孙，李荣爵即李开化等，统兵三万七千为辅”，说自己已经被任命为军师，如果大家跟随自己造反，将来都有高官可做。
这些说法让许多人半信半疑。为了吸引徒众，马朝柱想出了许多计策。乾隆十四年（1749年）十月，他制造了一柄造型奇特的铜剑，悄悄把它藏到楼子石的一个山洞里，然后对众宣称自己梦到神仙赐了自己神剑，并且带众人在山洞里找到了这把剑。乾隆十五年（1750年），他又对大家宣称，从上天处获得了一把神奇的撑天扇，用此扇“能行云雾中，三时可抵西洋。并称西洋不日起事，兴复明朝”。这些装神弄鬼的把戏十分成功，众人纷纷相信，交给他银钱，记名入伙。
当然，戏法也有玩露的时候。为了奖励手下的骨干，马朝柱派人到外地制造了许多“蟒袍”和“冠带”，分赐自己手下的“官员”，说是西洋之主从空中降下来的。这些“官员”兴冲冲领了“蟒袍”回去仔细一看，发现分明是戏班里唱戏用的，有的上面还写着裁缝和戏班的名字。这一失误让马朝柱的努力几乎破产。为了挽回影响，马朝柱又宣称西洋主从云雾中传来诏书，下降到武汉黄鹤楼。他派人去武汉，果然从黄鹤楼里取出了百余道诏书，大讲起义后的光辉前景，再次封了大批“官员”，稳住了人心。
经过苦心经营，马朝柱在各地发展了大量信徒。他又在各地“散札招军、囤粮制械”，操练刀枪。并且已经派员联络安徽霍山、太湖、桐城、亳州（今亳州市），河南商城、开封、南阳，四川峨眉山等地的信徒，互为呼应，并设立四将军职位，分统各部，约期举义。地方官率兵入山搜捕时，查抄出军械三百余件，硝磺（制造火药的原料）数百斤；捕获起义骨干共二百余人。
马朝柱案使乾隆十分震惊。从乾隆十七年四月至十二月的九个月间，他神经一直紧绷，批阅了马案奏章五十一份，传下谕旨五十八道，洋洋洒洒数万言。如果不是因为伪稿案牵出这起反清大案，很可能一场规模巨大席卷数省的反清起义一两年后就要掀起。思想至此，乾隆不禁出了一身冷汗。
两起大案接连发生后，乾隆蓦然发现，他治下的江山，原来远不是自己看到的那么四海升平，阳光灿烂。在自己看不到的角落，居然伏莽处处，随时存在农民起义大规模爆发的可能。
对于伪稿案和马朝柱案，乾隆百思不得其解。他回想自己即位以来，对黎民百姓一直全力施恩，并无失德之处。他说：
临御以来，爱民之心常如一日，遇有灾浸，不下数百万帑金多方赈恤。至于蠲贷展缓者，更难数计。正供而外，并无私粟加征，又非若前朝纵容贪残之吏剥民脂膏也。即间或有不肖官员，略有派累百姓之事，无不立以重典，此实从来未有。
人民当感戴国家休养生息之恩，共安乐利，实不解此等乱民，因何丧胆昧良，甘蹈法网？（《清高宗实录》）
现实政治使乾隆头脑中以儒治国的理想主义破灭了。原来“愚民们”只记得住鞭子带来的痛苦，而记不住主上的仁慈。他们多是愚昧而轻信的，没有头脑，没有判断，只热衷于享受传播小道消息的快感，极易受不实之词的蒙骗，寄希望他们给统治者一个公正的评价几乎是不可能的。
乾隆以为，只要全力关注民生，不使黎民流离失所，就不存在农民造反的威胁。马朝柱案推翻了他这个假定。乾隆十二年到乾隆十七年，正是大清帝国蒸蒸日上，接近盛世巅峰的“幸福时光”，已经基本解决了全国人民的温饱问题，传统社会的治理水平已经达到极致，而湖北省马朝柱盘踞之处大部分人也都是安居乐业。在这种情况下，仍然发生了马朝柱起义案，这让乾隆认为，心存不轨的“刁民”是任何时候都会存在的，不论吃不吃得饱，总有人痴迷于皇帝梦而无法自拔。
乾隆越来越痴迷于阅读《韩非子》。他发现，原来他极为反感的这个政治理论家的话，今天读起来却字字珠玑。韩非子明确指出，人世间一切关系都是虎狼型的利欲关系，“人之急利，甚也”。人们心中充满的是“自为心”“自利之心”，不论是君臣、父子还是朋友，其实都是“用计算之心以相待”。老百姓心中只有利益，没有感恩：“彼民之所以为我用者，非以吾爱之为我用者也，以吾势之为我用者也。”而大臣们之所以在仕途上你争我夺，并不是急于效忠皇帝：“人臣之情未必能爱其君也，为重利之故也。”
韩非子因此说，君主要控制臣民，不能全凭道德教化，更无须“养恩爱之心”，而是应该手握“法”“术”“势”三种缰绳和鞭子，通过严刑峻法来强化权力的威慑力量，使臣民不敢乱说乱动。“刑胜而民静，赏繁而奸生。故治民者，刑胜治之首也；赏繁乱之本也。”（《韩非子·心度》）
如果承认人性本恶，那么儒家那套建立在人性善基础上的理想主义治国方案当然就是一厢情愿，只有韩非子的建议才是切实可行的。
就在马朝柱案侦破后不久，乾隆十七年（1752年）十月，江西又查获了何亚四谋反案，紧接着十八年（1753年）正月，福建又爆发了蔡荣祖谋反案。江西上饶人何亚四，本以“耕种烧炭为生”。有一天，他挖地得藏银三百七十两，算命先生李德先因此说他命中要大贵，唆使他出资铸印信，制旗帜，造刀杖，说有天兵暗助，飞刀杀人，于是他也借托马朝柱案中的“李开化”之名，聚集当地乡民，欲图造反。福建漳州的秀才蔡荣祖与道士冯珩一起做皇帝梦，共谋起兵，立“大宁国”，因事机不密而被破获。这两起案件虽然都被及时侦破，但习惯于危机思维的皇帝却再也不能安枕。如何防范农民起义，成了他政治思维的新重心。
确实如乾隆自己所说，他是中国历史上最重视民生的皇帝。但是乾隆中期的社会问题却已经不是几条民生措施所能解决的。人口压力导致社会动荡逐渐加剧，底层社会风声鹤唳，除了抗租抗税斗争之外，民间宗教和结社活动也大兴起来。据《清代八卦教》一书统计，乾隆二十年（1755年）以前史料仅记载了16个秘密宗教与结社的活动，而乾隆二十一年（1756年）以后则多达199种。乾隆二十年以后，民间宗教和结社组织活动频繁，新教派组织不断涌现，秘密宗教和会党，可谓五花八门，名目之多超过以往任何一个朝代。什么闻香教、无为教、弘封教、大乘教、善友会、弘阳教、清净门、白阳教、白羊教、归一教、金幢教、黄天教……林林总总，数不胜数。各省关于教案的汇报不断传来，让皇帝头痛不已。
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