虽然朱慈焕不敢出头去接受康熙皇帝的这个好意，但是皇帝对故明的态度如此“亲善”，他认为自己这辈子可以善终了。
不料，在康熙四十七年（1708年），大祸发生。这一年四月，他正和东家在书房下棋，突然闯入一队官兵，将他锁拿。
回忆起来，事发的根由是自己几年前的一次口风不严。按理说，环境如此险恶，朱慈焕应该守口如瓶才对。但是，人总是有倾诉的欲望，特别是一个前朝皇子，如今却沦落为打秋风讨饭吃的可怜教书先生，自己的身份如此巨大的落差，让他心里难免产生巨大的不平衡感。到了晚年，朱慈焕觉得自己可以松一口气了，所以有一次酒后向一位交往很久的老友透露了一点自己的“秘密”。世上没有不透风的墙。这个有爆炸力的消息很快传了出去。浙江东部有一位志在反清复明的念一和尚，听说这个消息，就在康熙四十五年（1706年）打起了朱慈焕的旗号，在大岚山起事。朱慈焕闻讯大惊，立刻带着一个儿子由浙江逃到山东，没想到两年之后还是被抓了。在抓他之前，官员曾到余姚，到他的家中搜查。他家中还有一妻二子三女一媳，闻听官兵来捕，气势汹汹，知道大事不好，除了一个儿子外，其他六个人“皆投缳，六命俱尽”。
审讯结果证明他是清白的。虽然念一和尚打着他的旗号，但其实从来没有直接联系上他。官员们当庭让念一和尚来与朱慈焕对质，“及提先生对质，又云不相识”，证明两个人根本不认识。
朱慈焕为自己的辩护也是极为有力的。他说：“吾数十年来改易姓名，冀避祸耳……吾今年七十五岁，血气已衰，须发皆白，乃不反于三晋变乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招军买马，打造盔甲，吾曾有一于此乎？”
审问官员也觉得朱慈焕所供有理，将审问结果上报给康熙。几年前，皇帝还说过要访查一位明朝后代来当官，这个朱慈焕看起来是最佳人选，所以官员对他很礼貌，给他好吃好喝，就等着皇帝下处理决定。
不料，事实证明，康熙皇帝所说的“查访明朝后裔”，其实是叶公好龙。如今，真的“朱三太子”落网，他大喜过望。虽然康熙一生都以“宽大仁慈”闻名，对手又是一个七十五岁的手无寸铁的可怜老人，他却绝不放过。皇帝发下谕旨：“朱三即王士元，着凌迟处死。伊子……俱着立斩。”
逃亡一生，须发皆白的朱慈焕，被押上了刑场，眼看着两个儿子被斩首后，自己又被一刀刀凌迟。至此，崇祯的子孙被彻底消灭，真正是白茫茫一片，真干净。
最后一个延恩侯
很少有人知道，朱元璋的一个后代在清代被封为“延恩侯”，并且一直世袭到清朝灭亡。
清朝入关之初，在如何对待明朝皇室这一敏感问题上表现得十分聪明。李自成军曾将崇祯帝暴尸三日，引起北京士民的极大反感。而清军一入北京，多尔衮立刻为崇祯帝隆重发丧，谕令“官民人等为崇祯帝服丧三日，以展舆情”。这一举动令百姓大为感动，纷纷称颂多尔衮“仁慈”，这对争取北方人心起到了很大作用。
为亡国之主举行盛大葬礼，已属旷世之盛典，康熙皇帝又前后六次趋谒明太祖陵，并且行三跪九叩大礼，把在场的南京数万父老感动得流泪不止。江南的民心也因此得到安抚。
面子工程做得如此漂亮，但是内里，清王朝对朱元璋的子孙却毫不放过。为了防止人们拥戴朱氏后人造反，从清朝入关到康熙晚年，清政权把各地明朝数百名宗室藩王的后代诛戮殆尽，宁可错杀千人，也绝不放过一个。
到了雍正年间，天下已经彻底太平，朱元璋子孙的存在已经不构成什么威胁。雍正皇帝又想起“受命之君”应该“礼遇”前朝子孙，这样才能显示“兴灭继绝”之盛意。所以他命人在天下访一个“合格”的朱氏后代，封以高官，来显示清王朝的宽宏大量。经过几年寻找，礼部发现了一个合格人选——直隶正定知府朱之琏。朱之琏的祖父被清军俘虏，编入汉军，至他已经做了三代旗人，因为一直对大清恭顺忠诚，没有二心，所以前些年没有被杀掉。雍正大喜，遂封朱之琏为“一等延恩侯”，世袭罔替，负责祭祀明朝皇陵。天下臣民皆认为此举超越前朝，有“上古遗风”，纷纷称赞圣朝之殊仁盛德。
从朱之琏开始，直到最后一个延恩侯，总共传了十二代。这个侯爵与其他贵族不同，专靠朝廷赐给的几十顷祭田过活。他们没有根基，没有势力，为了防止人们借他的名头对清朝统治构成任何威胁，政府对他们的生活严格控制，除了春秋两季去祭扫十三陵外，不许进行任何其他社会活动。所以他们实际上是大清王朝的一个摆设，纯粹是社会生活圈子之外的人物，过了几代之后，整个大清社会几乎都忘了他们的存在。虽然是朱元璋的后代，但是他们对保护祖陵并没有什么热情。因为所有的生活来源都是剩下的祭祀经费，所以历代延恩侯们总是本着少花钱、多办事的原则，祭扫活动进行得潦草不堪。1907年，著名教育家张相文游十三陵，发现陵园十分残破，无人管理。樵夫告诉他，说有一个延恩侯负责祭扫，但这个人很不负责任，“草草将事，若儿戏然，疑非朱氏血胤也”。
清朝灭亡之后，最后一个延恩侯朱煜勋仍然靠从溥仪小朝廷领取微薄的津贴过活。张相文有一次在查阅北京市户口资料时意外地发现了延恩侯的住址，于1919年时曾和两位好友一起专门慕名去拜访他。他在《南园丛稿》的《记朱侯》中曾回忆这次拜访的经过。
他们来到东直门北小街羊管胡同延恩侯的“宅邸”，发现其实就是普通民居，没有任何侯府气派，“邸无门额，类寻常百姓”。可见清政府对这个“侯爷”的重视程度。进了他家门，发现一家上下是旗人装束。书房桌子上摆着的几本书，“皆市井所传《玉匣记》《七侠五义》等也”，显示着这位侯爷的文化水平和精神追求。
这位侯爷“年可三十余，状貌粗肥，面带酒肉气”，长得和朱元璋一点儿也不像。见礼寒暄之后，侯爷以为他们是民国政府派来的官员，立刻和他们探讨能不能把十三陵土地出租，让政府开辟成公园，他好用这个钱养家致富。三人一听，觉得这个人粗俗不堪，没什么共同语言，遂告辞而出。从这则记载来看，延恩侯的生活远谈不上养尊处优，仅能保持在小康市民的水平。
延恩侯最后一次出现在历史上，是在1924年。原来溥仪的英国老师庄士敦偶然在故纸堆中发现清代还有过一个这样的侯爵，遂起了好奇心，建议溥仪召见一次，看看这个朱元璋的子孙长得什么样。1924年9月7日，大明王朝的最后子孙与大清王朝的最后继承人在紫禁城见面了。这一年延恩侯已经四十多岁了，庄士敦记载他圆脸膛，身材魁梧，看上去憨厚老实，但显然文化程度不高。侯爷告诉庄士敦，他有两个小儿子，一个九岁，一个四岁。因为溥仪小朝廷津贴发放不及时，延恩侯已经彻底失掉“侯爷”的架子，现在生活已经十分困窘，甚至连官服也早就卖了。他说：“我外面穿戴的这套官服，是为这次谒见特地借来的。”他掀起长袍，让庄士敦看他里面的破烂衣服，说：“我这套衣服今晚就得还给人家。”几日后，庄士敦派仆人给延恩侯送了些礼物，仆人回来汇报，说延恩侯家确实已经非常穷困，几间房子已经东倒西歪了。
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