蒙哥征宋
蒙古与南宋在1234年联合灭金后，双方开始处于正面冲突状态。窝阔台时期，蒙古主力主要放在西征方面。对南宋，虽也曾出兵攻打过襄阳和川北，但都被宋军击败。
蒙哥即大汗位后，除派六弟旭烈兀率军西征外，又令四弟忽必烈继续南進。蒙古军在進攻南宋的战争中，尽管南宋朝廷君主软弱、大臣无能，但却遇到了南宋军队的顽强抵抗，蒙古统治者认识到灭亡南宋不是件轻而易举的事。因为在人口众多的南方，河流山脉纵横交错，都市地区人口密集，唯一可能進行的战争是围攻战。在围攻战中，来自草原的牧民们有些不知所措。如果要在中国南方取得胜利，必须有大批步兵团和一整套“火炮”设备。
为此，蒙哥令忽必烈采取迂回包抄的战略。1252年10月，忽必烈与大将军速不台之子兀良哈台一起离开了陕西，经四川而進入云南。云南当时尚不属于中国，它自八世纪起就形成了一个独立王国，即南诏，或名大理，由罗罗人或名傣人居住的非中国人的国家。由于处在地势复杂的山区，南诏总是能够保持完整的独立。忽必烈攻占其都城大理和善阐(云南府，也许是平定乡)，被中国人称为段兴智的大理王在善阐避难(1253年)。忽必烈允许大理王作为“摩诃罗嵯”继续保留王位，但在他身旁安置了一位投降蒙古的中国人刘时中为蒙古行政官。尽管旧王朝保留了下来，但是整个云南被分割为若干蒙古军事管辖区。接着，兀良哈台攻打吐蕃，迫使他们--至少是与云南邻近的吐蕃人--承认了蒙古宗主权。大理国传国二十二世，共316年。
1257年年底，兀良哈台攻打安南国(都城河内)。兀良哈台从云南南下到东京平原，掠夺河内城，1258年3月，安南王陈太宗承认自己是蒙古人的属臣。
1258年9月，蒙哥决定亲自南下征宋。10月，他率蒙古主力从陕西進入四川，夺取了保宁。此后，在围攻战略要地合州时，蒙哥染上痢疾，于1259年8月11日在该城附近病故。
蒙哥死时，忽必烈正率领另一支蒙军从河北南下，围攻长江中游湖北省汉口对岸的鄂州(今武昌)。同时，兀良哈台(他已于1257年底从东京平原回到云南)离开云南，前往广西，他在广西攻打桂林，接着又到湖南攻打长沙。这样，当蒙哥去世时，宋朝已是北、西、南三面同时被围。但是，蒙哥的去世使宋朝获得了短暂的喘息。为了争得汗位，忽必烈暂时停止了对南宋的進攻，与宋臣贾似道和谈，签订了停战协议，即以长江作为两个帝国的共同边界线。此后，忽必烈率军返回河北。
蒙哥的统治
蒙哥即位时四十三岁，他是继成吉思汗之后最杰出的蒙古大汗。蒙哥沉默寡言、不好侈靡和狂饮暴食，唯一的乐趣是打猎。他使札撒和祖辈的戒律恢复其原来的严厉性。他还是一位能干的领袖和严厉而公正的管理者(他支付了他的前辈们签字而未付款的大量票据)。当然，他更是一位头脑冷静、理智的政治家。因此，他完全恢复了成吉思汗建立起来的强有力的国家。他加强了行政管理机构，把蒙古帝国建设成为了一个正规的大国。
尽管在蒙哥统治初期，他出于对拔都的感恩(因为是拔都使他当上了皇帝)，而默许了拔都在巴尔喀什湖以西地区内实行独立统治。不过，1255年拔都去世后，蒙哥禁止了成吉思汗诸封地上的大汗的分裂蒙古帝国的行为，比如不允许他们享有免税权，或者与中央政权的代理人一起分享国家的税收等。
蒙哥是由信仰聂思托里安教的母亲、克烈部公主唆鲁禾帖尼抚养大的，所以他信仰聂思托里安教。他挑选了克烈部人、聂思托里安教徒孛鲁合为丞相。但是，他也倾向于佛教和道教。
在蒙哥统治时期，蒙古帝国恢复了成吉思汗时期的强大，其对外的扩张为元朝的强大以及欧亚间交往的扩大進一步奠定了基础。
忽必烈建立元朝
当忽必烈听到蒙哥的死讯时，为了争夺汗位，与南宋暂时议和，撤兵北归。
忽必烈先回到自己的大本营开平(多伦西北)作了一番部署，然后一反传统的选汗形式，于1260年三月在开平宣布自己即大汗位(元世祖)。同年四月，蒙哥幼弟阿里不哥也在和林即大汗位。最终，忽必烈凭借着汉族贵族和一部分蒙古贵族的支持，于1264年击败了阿里不哥，成为蒙古第五代大汗。随即，忽必烈改年号为至元，建都燕京，并仿照汉人预立皇太子的办法，确定了帝位继承人。
元朝开国后，一切政治制度和国家机关组织大半都沿袭辽、金的旧章。1272年又在燕京旧城的东北筑新城，建设宫殿衙署。命名首都为大都。此后，元朝的政治重心就完全移到中原来了。
此外，他又依照中原的传统，采用《易经》“大哉乾元”的说法，于1271年改国号为大元，忽必烈为元世祖。
忽必烈的身世和文治武功
忽必烈是成吉思汗的孙子，拖雷的儿子。拖雷共有十一子，其中长子蒙哥、忽必烈及阿里不哥为同母兄弟。
据说忽必烈容貌亦非同常人。关于忽必烈的容貌，我们可从马可?波罗的游记中略知一二。马可?波罗的记述如下：“大汗风度翩翩，看起来让人心生好感”，“不长不短，中等身材，筋肉四肢配置适宜，面上朱白分明，眼黑鼻正”。
从才智上说，忽必烈也有其过人之处。他知人善任，信用儒术，立经陈纪，规模宏远。年轻时常和汉人接触，因而对中国历史文化颇有心得。尤其唐太宗更成为他崇拜的对象，并且延揽大批中原汉人去加以仿效。
公元1251年，蒙哥即可汗位后，因为忽必烈对汉地情形最为熟悉，便把南方汉地交给忽必烈管理。忽必烈在金莲川设置幕府，积极网罗人材，来规划和执行重建汉地的工作，并实行宽大政治，改善了汉地纷乱不治的情况，足见其才智非同一般。
1275年，忽必烈派兵再次南下征宋。1279年，南宋王朝灭亡。至此，忽必烈不仅是大蒙古帝国可汗，而且是中国的大皇帝，更以后者为“实”，前者为“名”。
忽必烈的文治武功主要表现在：
一、对外的武力扩张。蒙古是个好战的民族，军事的扩张几乎永无止境。他们自认为代表上帝的旨意，征服和惩罚那些不服从他们的罪人，具有统治世界的野心。忽必烈少时即征战各地，建立大元帝国后更继续扩大军事规模： 降服高丽，两次东征日本，四次南征安南，五次南征缅甸与八百媳妇，对东海与南洋群岛用兵等。
其中远征日本的出师不利，也产生了著名的日本“神风”传说。日本两次将忽必烈的来使斩首，又两次使其远征失败，本想藉第三次远征维持其声望，但最终却因大臣的劝阻及征伐安南而将所有的准备放弃。此外，征战安南历时34年，结果却是损兵折将，除获一个藩属外，可说是得不偿失;对八百媳妇一隅之地也始终不曾征服。忽必烈对外的武力发展，在并非一帆风顺的情况下，逐步走向一个饱和点。
二、开国建制。蒙古大帝国的完成以及元朝一切开国规模与各项政治制度，都是在元世祖的时候，所以元世祖属于元朝开国建制时期。由于受大臣姚枢的影响，元世祖相当仰慕汉人的文物教化，其延揽了大批包括窦默、许衡、刘秉忠、王文统、张文谦的汉儒，而订定出一套中国型的政治制度。包括：
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