此外，同样处于猜疑心，为了强化皇权和监视臣民，朱元璋在监察机关都察院之外，还设立了锦衣卫、检校，推行特务制度。他又施行“廷杖”，也就是在朝廷上责打大臣。当时因廷杖被打死的人相当多，对于士大夫的尊严打击殆尽。终明一代，廷杖作为慑服公卿、维护皇权的残酷手段，经常被滥用，使“天下莫不骇然”。这种制度也为后世专制政权维护其统治开启了一个不好的范例，并在后来历史发展的某一个时期达到了登峰造极的程度。
朱元璋还推行严刑峻法，即以“重典驭臣下”。明朝律法比宋律严格。1373年(洪武六年)，刑部尚书刘惟谦奉旨编定《大明律》，明太祖亲加裁酌，后又经三次修订，于1397年(洪武三十年)正式颁行。全书计30卷460条。《大明律》规定严禁功臣勋戚恃势接受投献，用虚钱实契典买和侵占他人田宅，不许奸豪诱取良人及略卖良人为奴婢;凡诬告者加等治罪。这些规定对保护小生产者的财产和人身，稳定社会秩序，也起了一定的作用。
1385年(洪武十八年)，明太祖颁布亲自编撰的《大诰》，接着又颁行《大诰续篇》、《三篇》。其中指定条目处以极刑，酷刑如凌迟、枭首、剥皮等就是在此时出现的。这使得明朝官员处在一种恐怖的气氛中。
同时，太祖还分封宗室子弟，目地是希望借诸王的力量来保卫王室。这些分封的诸王，虽然没有土地人民，却拥有兵权。这些诸王拥兵自重的结果，导致了后来发生骨肉相残的夺权事件，比如燕王逼宫做皇帝等。
朱元璋的上述措施和行为为后世明朝的统治打下了并不太好的基础，同时也为后世中国历史的某些恶行提供了范例。
大致来说，太祖在位期间褒贬不一，但因其勤政爱民，所以政治还算清明。而明初的经济也得到迅速恢复，达到了历史最好水平。
洪武时，各州县每年垦田少者以千亩计，多者达20万亩。1391年(洪武二十四年)，除军屯、牧马草场和永不起科地，全国纳税土田总数达387.4万余顷。后来更增加到416万余顷。
随着耕地面积的扩大，粮食和经济作物总产量也提高了。这从田赋收入的增加上反映出来。1381年，全国征收麦、米、豆、谷261005251石，到1393 年，增至32789800石，12年间，增加了600多万石。棉花的种植比宋元时更加普遍。不仅闽、粤、赣、江南、湖广，就连山东、河南、河北等地也开始大量种棉。
经济的发展，使百姓开始安居乐业。明朝开始走向兴盛的道路。
关于燕王称帝的预言
明太祖朱元璋死后，其孙建文帝即位，并着手削藩以巩固自己的势力。在铲除了几个势力较小的藩王后，将矛头指向手握重兵的燕王朱棣。朱棣虽负抵御蒙古之重任，是举足轻重的藩王，但是这一次，即使装疯都不能幸免被削藩之运。最后燕王朱棣起兵打败建文帝，攻占南京，作了皇帝。
据《明史?五行志》记载，当时建文帝削藩期间，曾有一疯道士在街头唱曰，“莫逐燕，逐燕日高飞，高飞上帝畿!”事后人们终于知道“莫逐燕”，是指不要逼迫燕王，否则燕王必将高飞，最后作皇帝。这也就是“逐燕日高飞，高飞上帝畿!”的意思。
《推背图》第二十八象对这一时期发生的事情做了如下的预言。图中画的是建文帝焚毁皇宫。谶文是“草头火脚，宫阙灰飞。家中有鸟，郊外有尼。”“草头火脚”意思是燕王朱棣将有逼宫之举;“宫阙灰飞”指建文帝在朱棣進攻下，将皇宫焚毁;后两句的意思隐喻朱棣做了皇帝，而建文帝流落郊外做了和尚。颂文是“羽满高飞日，争妍有李花。真龙游四海，方外是吾家。”前两句指朱棣成为皇帝之时，连建文帝的大将李景隆也向他献媚。后两句是说建文帝做了和尚，以四海为家。
而宋朝的《梅花诗》第四节中的第三句“飞来燕子寻常事”也预言了这一史实。
“飞来燕子寻常事”是指雄踞燕京的朱元璋四子燕王朱棣夺取帝位的历史。燕王得天下，仔细想来也确为“寻常事”，在情理之中，与唐太宗李世民的“玄武门之变”颇有雷同。
在明朝刘伯温的预言《烧饼歌》中自然也有着对该事件的预测。“虽然太子是嫡裔，文星高拱日防西。此城御驾尽亲征，一院河山永乐平。”意思是说建文帝即位后，虽有文官的拥戴，但需防备西方(指燕王)的威胁。永乐是朱棣夺取皇位后所取的年号，暗指永乐时期社会较为安定。
明成祖朱棣的“永乐之治”
朱棣是朱元璋的第四个儿子，《明史》上说他“智勇有大略”，“智虑绝人，酷类先帝”。而朱元璋也非常器重他。在建文帝实施削藩后，他被迫起兵推翻建文帝，并于1403年正式称帝，成为明朝第三代，也是卓有建树的皇帝，年号为永乐，是为明成祖。
作为最高的统治者，朱棣继承了朱元璋勤奋、节俭、体恤百姓的长处，但却没有其父猜忌、偏信、武断的短处。他主张“用法当以宽”，“待人当以诚”，注意守成，励精图治，使明朝在永乐年间進入了繁荣辉煌时期。
朱棣称帝之后，采取了一系列措施。其一，继续实行削弱藩王实力的政策，强化中央集权体制。他把齐王榑废为庶人，剥夺周王、辽王植、岷王楩的三护卫，将宁王权徙封南昌，谷王橞徙封长沙。这样，军政大权進一步集中到了皇帝手里。
其二，加强边境防御。为了防范元代蒙古残余势力，成祖逐渐把政治、军事中心由南方转向北方。1421年(永乐十九年)，成祖迁都北京，从而大大加强了对北方和东北地区的控制。现今北京的故宫就是在明朝永乐年间开始动工兴建的。
成祖在位期间，还5次御驾亲征，越过大漠追击蒙古各部，暂时消除了边境的威胁。
其三，积极开展与周边其它国家的外交。比如他从1403年开始就派使臣到安南、暹罗(泰国)、高丽、爪哇等国访问，建立友好关系。
而这一时期的郑和下西洋更是扩大了明朝在海外各国的影响，用《明史》的话来说就是“示中国富强”，用明成祖的话来说就是“宣教化于海外诸番国”。
郑和原姓马，小字三保，回族人，祖居云南昆阳州(云南晋宁)。明太祖统一云南后，郑和被阉入宫，靖难之役中，从燕王起兵有功，朱棣赐他姓郑，提拔为内官监太监。
从1405 年(永乐三年)到1433年(宣德八年)郑和先后七次下西洋，成为闻名世界的一件盛事。他率领规模浩大的船队，经过中国南海诸岛，跨越亚、非两洲，对占城(越南南部),真腊(柬埔寨)，暹罗(泰国)，满剌加(马六甲)，彭亨(马来西亚)，苏门答腊、旧港、爪哇(在印度尼西亚)，榜葛剌(孟加拉)，古里(印度西南海岸卡利库特)，柯枝、琐里、加异勒(印度半岛)，锡兰山(斯里兰卡)，溜山(马尔代夫)，忽鲁谟斯(波斯湾口)，祖法儿、阿丹(阿拉伯半岛)，木骨都束、卜剌哇、竹步(索马里)，麻林(肯尼亚的马林迪)等几十个国家和地区進行了友好访问。
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