由于该临时约法划分了总统和议会的各自权限，因此不久就出现了关于由谁来控制内阁及其行政权限的争执。袁世凯希望自己亲自掌控内阁，而不希望内阁由议会负责。当唐绍仪意识到这点后，便于1912年6月与其他4位同盟会成员递交了辞呈。此后的内阁就只由总统一人负责了。
在袁世凯统治初期，北洋集团与南方的同盟会领导下的各省并没有真正实现政治的整合，只是维持着表面上的合作。袁世凯为了避免与革命党人的关系破裂，便邀请孙中山和另一个同盟会的领袖黄兴来北京任职，但都是一些无关紧要的职位。在北京国民政府中真正掌管权力的仍然是袁世凯代表的北洋派系，加之国会的软弱，孙中山未能与南方各省加强联盟，南方没有形成足可以与袁世凯抗衡的力量。而且，南方各省比以前愈加分化，对袁的态度也是各式各样。
当时南方之各省，大致可分为两湖、苏皖、两广、云贵川(西南)四大块(江西、浙江、福建位于前三大块之间)，其中的重点省是鄂、苏、粤、滇。前二省横江面北，当南北之冲，尤为紧要。宁汉合则可北上逐鹿;宁汉虽分而同与北方为敌，则可成以北洋鼎足之势;宁汉中有一方左袒北洋，则另一方危矣，南方则处于困境中。而宁汉两方在革命时嫌隙已深，袁世凯采取拉黎制黎的手段，使宁方陷于半孤立状。
此时，在汲取了西方党派政治的组成结构后，中国大地上首次出现了一些在野党，包括1912年8月由同盟会改组而来的国民党和1913年5月梁启超建立的民主党。
1913 年2月，中国首次根据临时约法的规定，进行国会选举。在一场以各省为基础、对选民限制极严的间接选举导致的全国大选中，国民党在参众两院取得了压倒性多数。在这种形势下，宋教仁在华中举行了大规模的竞选活动，要求政府允许国民党组阁。国民党亦准备由宋教仁出任内阁总理。但是3月20日，袁世凯派人刺杀了宋教仁，并在事后散布谣言指是黄兴是暗杀的主谋。
此时，反袁情绪日趋激烈，因为就在刺杀宋教仁事件发生不久，袁世凯在未经国会表决的情况下，就与五大国银行集团签订了2500万英镑的借款合同，以换取列强对其政府的承认和支持。根据该借款合同，中国实际上只能得到84%的款项，即2100 万英镑，但是在最后期限前要偿付全部本金和5%的年息，共计6789多万英镑。同时，袁世凯还将华中和华南诸省支持国民党的军事长官革职。针对袁的所作所为，孙中山于7月发动了二次革命，武力讨伐袁世凯，但是因为南方各省的分化，革命被袁轻易击败。孙中山等人不得不再次流亡日本，而袁世凯将其势力扩张到了几乎全部省份。
用暗杀和战争打败国民党后，袁又转回来收拾国会和各省议会。10月6日，国会在军警压力下选举袁世凯为第一任正式大总统。11月，袁世凯下令解散国民党，并收缴国民党议员证书，驱逐国民党党籍议员438人。国会因人数不足而无法开会。为了瓦解南方各省长官的权力，早在1913年1 月，袁世凯不经参议院就颁布了新省级官制，以“民政长”为一省行政长官，由大总统任命，强行军民分治和省长简任(虽然不得已规定未设民政长之省由都督兼任)。同月，袁又公布了都督府组织令，使都督直属大总统，军令受参谋本部指挥，军政受陆军部处理，都督的设撤兼任，要由国务会议决定。虽然江西等省的抵制，延缓了袁的集权进程，但打败“二次革命”后，袁加快了步伐。1913年12月，增设“护军使”一职，其作用之一就是分割省级军政长官的权力。
1914 年1月，袁世凯下令解散国会。2月，解散各省省议会;同月，内阁辞职。此后袁认为“人民滥用民主自由、人民政治认识尚在幼稚时代”，废止中华民国临时约法，于5月推出新的中华民国约法，改内阁制为总统制。6月，裁撤各省都督，设“将军督理军务”，由(中央)将军府分遣。之后再修改总统选举法，使总统可无限期连任，而新任总统亦由在任总统指派。新的中华民国约法赋予了袁世凯作为独裁者所需要的一切权力。54岁的袁世凯成为了真正的独裁者。
袁世凯在就任中华民国临时大总统和大总统期间，在与列强的关系方面不断让步。首先在西藏和外蒙古问题上，默认了俄国对外蒙古的支配地位，允许英国在西藏享有永久性利益，而袁世凯得到的是俄国和英国对其政府的承认。其次，在对日本占领德国在中国山东的殖民地和铁路问题上，袁世凯又继续妥协。1914年，第一次大战爆发。1915年，日本乘欧美各国无暇东顾，秘密向袁世凯提出二十一条，要求中国承认日本取代德国的特权，进一步扩大日本在满蒙的权益，并聘用日人为顾问。日本的要求接近等同将中国纳入成为其保护国。5月9日，在日本的最后通牒之下，袁世凯被迫接受了二十一条的大部分条款。袁世凯的这一行为引发了全国人民的抗议。但是袁世凯不顾民情，继续实行他的皇帝梦。1915年8月，他授意杨度等人发起“筹安会”，鼓动恢复帝制。在一番推辞后，12月，袁世凯下诏将中华民国改称中华帝国，自1915年12月12日加冕登基为中华帝国皇帝，并改中华民国五年(1916年)为中华帝国洪宪元年，是为洪宪皇帝或洪宪皇朝。总统府改为新华宫。这同时标志着中国最初实行的宪政以失败告终。
袁氏的登基称帝之举，遭到绝大部份中国人的反对，蔡锷等人组织护国军于云南起兵讨伐，随之，贵州，两广，浙江，四川和湖南等地也先后起兵响应。南北冲突趋向表面化。而袁世凯的部分心腹将领，如段祺瑞亦借故离开。在后来倒袁运动中发挥了重大作用的袁的旧将冯国璋也公开指责袁。袁派兵攻击护国军，因人心所向，攻击失败。而日本则发动了所有与中国签约的列强反对袁世凯称帝。随着复辟帝制遭到广泛反对，得不到任何支持的袁世凯在1916年3月22日宣布取消帝制帝号，恢复中华民国，并商请南方停战。短暂的中华帝国不复存在。而南方提出要求袁世凯退位，由副总统黎元洪出任大总统。双方处于僵持状态。不久，称帝83天后的袁世凯于6月6日忧惧死去。黎元洪代行职权，并恢复了国会和临时约法，问题暂时得以解决。不过，袁世凯死后不久，为了争夺权力，南北方彻底分裂，中国开始陷入了军阀的混战中。
关于军阀混战的预言
隋朝步虚大师的预言诗第三节中预言道：“吉士怀柔，三十年变，岂凡人哉?昙花一现，南北东西，龙争虎战，七八数定，山川粗奠。”
吉士怀柔，暗指一个“袁”字。三十年变，三十为卅，三十年为一世代，这里暗指一个“世”字。岂凡二字，左右相拼，约为一个“凯”字。这是指袁世凯，心怀叵测，不想作凡人，企图复辟帝制。结果，只作了100多天的皇帝，终于在全国一片的讨伐护法运动中，含恨而死，正所谓“昙花一现”。
“南北东西，龙争虎战，七八数定，山川粗奠。”指民国建立后，马上進入了东西南北四方割据和的龙争虎斗的军阀混战局面。后来，国民军组织北伐，并最后取得胜利，这才奠定了江山的基础，“山川粗奠”。这时，已经是十五(七加八)年后，约公元一九二六年了。
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