淝水之战前，苻坚派氐人吕光征西域。吕光攻下龟兹，“王侯降者三十余国”。淝水战后，他自领凉州刺史。苻坚死，他建立后凉(385年～403年)，定都姑臧(甘肃武威)。他用汉人段业、卢水胡人沮渠罗仇等五人为尚书。后因故杀罗仇，罗仇侄蒙逊和段业相继叛后凉。
吕光侄子吕隆时，内部矛盾尖锐，外有北凉和南凉的進攻，吕隆被迫投降后秦。沮渠蒙逊反叛后，推段业为主，称凉王，定都张掖，史称“北凉”(397年～439年)。以后，蒙逊杀段业自立，后来被北魏所灭。
南凉(397年～414年)，定都廉川堡(青海乐都)，是河西鲜卑秃发乌孤所建，后为西秦所灭。
西凉(400年～421年)是汉人李暠建立的政权，先后建都敦煌、酒泉。李暠注意发展生产，“年谷频登，百姓乐业”。又在玉门、阳关一带屯田，势力遍及西域，后为北凉所灭。
十六国时期的政权，多是以“胡”人贵族为主的“胡”、汉上层集团的联合统治。由于其内部矛盾复杂，所以这些政权存在的时间都不长。
佛教在东晋南北方的广泛传播
佛教在东晋时代形成南北区域，北方少数民族建立的二赵、三秦、四燕、五凉及夏、成汉等十六国的统治者，大多信仰佛教并加以提倡。在后赵、前后汉、北凉均盛行佛教，特别在前秦、后秦时期，很多人信仰佛教，并出了一些高僧，代表人物为道安和鸠摩罗什。此外，以神异著称的佛图澄，因为赢得了后赵石勒、石虎的崇奉而使华北佛教得以保全和发展。
南方的东晋王朝，其文化是西晋文化的延续。随着一些著名僧人不断南移，形成了庐山与建康两地的佛教兴盛，代表人物则有慧远和佛陀跋陀罗。
东晋朝廷中信佛的也有很多，元帝和明帝都礼敬沙门，元帝又“造瓦官，龙官二寺，度丹阳，建业千僧。”明帝也“造皇兴，道场二寺，集文学，名称百僧”，不少帝室、朝贵、名僧及一般士人，如许询、王羲之等也醉心于佛寺建筑上，历史上著名的东林、瓦官、长干道场等寺均修筑于这一时期。
北方佛寺的建筑，在这段时期中也极为强盛。佛图澄在北方兴建的佛寺有893所，后秦的姚兴“起造浮图于永贵里，立般若台，居中作须弥山，四面有崇岩峻壁，珍禽异兽，林草精奇，仙人佛像俱有。”这些都是宏伟的佛教建筑。
东晋末年的天灾和东晋统一北方之战
东晋末年安帝时期，战乱加剧，疫病也多次发生。公元405年十月，发生流行斑疹伤寒，疫情较重。408年，刘敬宣伐蜀，部队大疫。411年春，又出现大疫。 疫病的持续流行，造成了大量人口死亡和严重的饥荒。这似乎预示着东晋王朝正在走向衰亡的命运。
东晋末年，不堪忍受悲惨命运的老百姓在琅玡大族孙泰、孙恩的领导下，在江东爆发了大规模的起义，并占领了江东八郡。后遭到晋军镇压，而退守海岛。404年，义军由水路占领广州。
而此时东晋王朝内部也出现了动荡。402年，司马道子的世子元显乘荆州发生饥荒，举兵讨伐桓玄。桓玄杀入京城建康，杀死了元显、道子和北府兵将领刘牢之等，掌握东晋大权。次年，桓玄废了安帝自立，国号楚。
404年，大将刘裕讨伐并消灭了桓玄，东晋政权落到了刘裕手中。
刘裕是个颇有才略之人。他掌握东晋大权后，進行了一系列改革，
主要有：
一、整顿吏治。他罢掉或处死的官吏有许多是士族或皇族出身。他的亲信、功臣中有“骄纵贪侈，不恤政事”的，他也严厉惩罚，甚至处死。
二、重用有才能的寒人。东晋时期选拔官吏，主要依据门第，所谓“下品无高门，上品无贱族”。选出的官吏多是无才无识之辈。刘裕掌权后，下令改变这种状况，要求按照九品中正制初置时的精神选拔人才。他重用出身“寒微”的人，如刘穆之、檀道济、王镇恶、赵伦之等。
三、继续实行“土断”，抑制兼并。禁止豪强封锢山泽、乱收租税，人民可以任意樵采捕捞。
四、整顿赋役制度。刘裕下令严禁地方官吏滥征租税、徭役，规定租税、徭役，都以现存户口为准。凡是州、郡、县的官吏利用官府之名，占据屯田、园地的，一律废除。凡宫府需要的物资，“与民和市”，照价给钱，不得征调。他还减轻杂税、徭役等。
刘裕对政治、经济的整顿，改善了政治和社会状况，对劳动人民的痛苦亦有所减轻。
此外，为了实现全国的统一，刘裕还率军北進。
409年，刘裕亲率大军北伐，水陆并進，连破南燕军队。410年，攻击南燕并将其灭掉。此时后方空虚。义军乘机从广州出发，分两路北伐，起义军直逼建康。刘裕回师镇压。416年，后秦发生争权斗争，刘裕乘机出兵两路，于次年八月攻破长安，灭掉后秦。
东晋的灭亡
刘裕由于功高权大，在安帝416年时任相国，封宋公。次年，進爵为王。418年，安帝死，恭帝立，刘裕辅政，掌握东晋军政大权。420年，恭帝禅位，刘裕正式称帝，是为武帝，国号宋，史称“刘宋”，年号“永初”。
南朝之大举兴佛
在南方的刘裕取代东晋政权建立宋之后，北方的北魏于公元439年也统一了北方，南北朝时代拉开了序幕。南北朝时期的佛教处于兴盛时期，许多皇帝信佛，佛寺也广为修建。佛教逐渐成为当时人们的信仰。
南朝各代对于佛教的态度，大都与前代相同，皇室贵族与一般文人学士也大都崇信佛教。宋诸帝中，以文帝最重视佛教;孝武帝也崇信佛教，曾建药王、新安两寺。
到梁武帝时更达到全盛，武帝初崇道教，即位后第三年四月八日，率僧侣二万人，在重云殿重阁，亲制文发愿，舍道悟佛，建有爱敬、光宅、开善、同秦等大寺。
陈朝诸帝仍效法梁武帝，建康旧有七百余寺，因侯景之乱，受到严重破坏;到陈时多数修复。武帝曾设四部无遮大会，到大庄严寺舍身。
南朝各代寺院，僧尼之类极多。据载，宋有寺院1913所，僧尼36000人;齐有寺院2015所，僧尼32500人;梁有寺院2846所，僧尼82700人;陈有寺院1232所，僧尼32000人。不少王臣达官及文人学士，乃至民间也笃信佛法，于是佛寺遍布江东，而以梁武帝所造为最多，也最奢丽。特别是同秦寺“阁殿台，房廊绮饰，凌云九级，俪魏永宁”。
南朝之刘宋的兴亡
(420年—478年)
* 刘裕仁德治国
武帝刘裕在东晋掌权时，曾采取了一系列经济的措施改革弊政，比如在承认士族特权的同时，中央机要任用寒人，州郡重镇任宗室。经济上，则下令禁止豪强隐藏户口和霸占山林。(见上一讲)
刘裕对待百姓十分仁德，他登基后不久，就派遣官吏巡视四方，表彰贤能和善良之人，询问百姓的疾苦。对于冤狱，一定要秉公处理。他又先后下诏赦免“亡叛”，释放部分吏族、士兵和刑徒。为减轻百姓负担，他又下令减少国家办事机构人员数量。
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