通行于世界许多国家的“垂直管理”模式有利有弊，只有将其置于中国发展的大背景下，才能将其得失判断准确。
试图以垂直管理破除地方保护
近10年来，相对于“块块”管理，“条条”管理即“垂直管理”有加强的趋势。除了早就垂直管理的海关，近年来先后“垂直”的还有国税、地税、工商、质监、土地等多个行政部门。一直被呼吁“垂直”的对象，至少还包括审计、环保等部门。
已经实行垂直管理或者正在积极寻求垂直管理的行政部门，其主要目的都在于强调通过保持人事、财务的独立，使其下级部门摆脱地方政府的干预，加强部门执法监管的权威性、统一性。
长期以来，我国大部分政府职能部门是实行地方政府和上级部门“双重领导”，也就是主管部门负责工作业务的“事权”，而地方政府管“人、财、物”。
“双重领导”体制下，地方政府存在以“人、财、物”权影响职能部门“事权”的操作空间，容易损害国家政策的权威性、统一性。
多个部门实行垂直管理，其实质也包含中央向地方收权。清华大学公共管理学院教授、中国法学会行政法学研究会常务理事于安认为，垂直管理的好处在于：
其一，有效避免了地方政府的干扰，保证“上传下达、政令畅通”。目前，各级地方政府对于中央政令的执行情况并不统一。有的是由于行政能力不足、资源不够等原因达不到要求;有的是从本地区利益出发，有意在执行中央政令时偷工减料。以质量监督系统未垂直管理前为例，一些地区降低本地区的标准，以此吸引资金向本地区流动，加强本地区的竞争力。
在这种现状下，要求中央的监督达到市、县，甚至乡、镇一级政府是不现实的。因此，通过加强省一级的职权，弱化县市一级的职权，有利于保证政令畅通。
其二，有利于资源配置。人员的调动、资金的配备、设施的增加等，都可以在省这个大的范围内统筹安排。
央地博弈中创造发展活力
多个部门希望以垂直管理摆脱地方干扰的努力，反映了部门管理与地方管理之间日益尖锐的矛盾，这种“条块”矛盾的实质，是中央和地方之间的矛盾。
改革开放20余年的进程，基本上是中央不断下放权力，激发地方政府发展活力，调动地方发展主动性的过程，这也是中国经济高速增长的秘诀。相较于改革开放初期，目前地方政府在经济发展中的权限已经不可同日而语。
随着地方经济主动权的增加，“块块”力量坐大。新“地方保护主义”的表现形式，是以放宽中央政策底线谋求地方利益，因而贯彻执行中央的方针政策不力，甚至上有政策、下有对策，有令不行、有禁不止等现象屡见不鲜。
地方保护主义和重复建设，是自改革开放以来一直困扰我国经济健康发展的两大顽疾。
针对此，中央维护政令统一的努力也一直在加强，尤其在近10年来表现突出。除行政管理体制的“垂直管理”趋势外，地方立法权已经开始受到限制，《行政处罚法》把处罚的设置权收到中央，地方只可以补充，不可以立新的罚则;2000年《立法法》出台，地方立法权也越来越小。
针对行政上的“垂直管理”，于安说，这并不是行政改革最终的固定模式，只是推进改革进程，破解现有难题的一种有益的探索和尝试，因为并不是所有的行政部门都适合垂直管理。中央民族大学法学院教授、国家行政学院行政法研究中心研究员熊文钊也认为，只有一个行政部门的职权具有全国性或跨区域性的特点，才有进行垂直管理的合理性和操作基础。
有学者同时分析指出，垂直管理只是一个不得已的办法。为了免受地方政府的干扰，就转而实行垂直管理体制，是在现实国情下的妥协，是一种“下有对策”情势下的“上有政策”，这从另一个侧面宣告了某些行业在面对地方政府干扰时的无能为力和束手无策。这种妥协决定了垂直管理体制必然存在先天不足。
首先，垂直管理不能完全摆脱地方干扰。尽管垂直管理后部门的人、财、物不受制于地方了，但部门还是在当地，在土地、水电等方面也少不了求助当地政府。因此即使实行了垂直管理，也不敢过于得罪地方。如此前出现的阜阳劣质奶粉事件，当地工商、质监部门严重的执法缺位是重要原因。
而利益越大的部门，“垂直管理”的力量也越容易被削弱。如理论上讲，土地管理的垂直体制可以让各级土地行政管理部门轻装上阵，理直气壮地行使自己的职权了，但时至今日，人地矛盾日益突出、土地违法占用现象依然相当严重。有的地方政府一如既然往地公开、直接违法，并默许、纵容大量的土地违法行为。而土地执法部门在有了上级土地管理部门的“撑腰壮胆”后，始终没有“硬起来”。
其次，垂直管理使监督部门减少，容易滋生腐败行为。专家分析，科学健全的行政管理都有不可或缺的两个方面：行政效率和行政监督，如果以弱化监督为代价提高行政效率，就有可能增加权力滥用的风险。
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