对各垂直部门来说，当他们作为地方政府职能部门时，尚会受到当地党委、政府、人大、纪委等部门的制约;垂直管理后，地方政府平级单位往往对垂直部门的经常性权力监督失效，全靠上级部门和上级监管机关的监督发现存在的问题。而上级的监管致命的弱点就是非经常性。“山高皇帝远”的宽松氛围，使各级一把手成为说一不二的家长，一旦一人腐败，往往多年不会暴露，形成从上到下的“一窝烂”。
第三，存在架空地方管理，弱化地方政府职能的问题。县市政府组织体系的健全、部门配置完整，是其履行一方公共管理责任的制度前提。如果过多的职能部门被“垂直”、划归上级管辖，必然带来地方政府组织功能的残缺，影响其行政效能的发挥。
同时，一些对地方发展非常重要的行政部门纷纷“垂直”，容易造成中央职能部门与地方的对口部门联成一线。各垂直部门注重对主管部门负责，有可能忽略当地发展实际，加剧“政出多头、部门打架”等现象，降低行政效率，损害政府权威。
第四，是容易形成不公平效应。相对地方部门而言，垂直部门经费比较充足。在许多地方，垂直部门干部的工薪收入要比地方部门干部高出不少。这种不合理的收入差距，易在同一地区的公务员队伍中形成危险的攀比效应和不公平感，助长权力寻租和“三乱”现象。
长久之计在于合理划分央地职权
针对垂直管理存在的利弊，有专家分析认为，解决部门管理与地方管理之间日益尖锐的矛盾，也就是“条块”之间的矛盾，理顺中央和地方的关系，长久之计在于通过立法的形式合理划分中央和地方之间的职责权限。
难点在于，其一，中央和地方兼顾这个度很难把握，新中国建国以来中央和地方权限的反复，就是表明这个“度”还在探索之中。尤其是有些中央和地方共享的权限，这个度就更难把握。
其二，新中国建国以来中央和地方关系的两次大调整，都是通过政策来实现的。在建设法治国家的背景下，这样的调整需要从政策向法律转变。
有关专家认为，有关法律可以采取列举法原则，明确哪些是中央政府专属职责，哪些是地方政府专属职责，哪些是中央政府和地方政府共享职责，属于中央职权范围内事项由中央垂直管理，属于地方职权范围内事项由地方全权管理，同时废除双重管理的做法，避免出现责任不明的现象。然后按照人权、事权和财权相统一原则，为各级地方政府履行职责提供必要的人权、事权和财权，避免出现“中央点菜、地方买单”和基层政府“财政空转”和“负债运行”等权力与责任相脱节的现象。
中央与地方关系只有在制度化、法治化的基础上，才能走向现代化的道路，才能使中央与地方的职能关系保持一种均衡和稳定的状态。
现行《宪法》对于中央与地方政府的职权都作了相应的规定，尚缺乏配套法规，操作性不够强，同时又缺乏有效的监督机制。而《地方组织法》关于地方职权的规定，绝大部分内容是中央政府职权的翻版，并且对于列举的剩留权归属也未作规定，也没有确定省级政府的专有权力以及与中央政府共享的权力。这样，在职权划分归属问题上，地方与中央就容易产生矛盾。
因此，应尽快制定《地方制度法》，对地方与中央的关系，地方的权限，地方各级人民代表大会的性质、组成、任期、职责权限和工作程序等，地方各级人民政府的性质、地位、组成、任期、职责权限和工作程序等以及民族区域自治地方制度的有关事项等，作出专门规定。
垂直管理：当初的历史选择
垂直管理，近期中国社会的一个热门词汇。
与以往某些自弹自唱的行政体制改革的不同，垂直管理不仅仅受到中央的青睐，部门的热切回应，也受到民众的欢迎追捧。
前段时间，中国青年报社会调查中心等机构进行的民调显示，在4531名志愿受访者中，认为中央政府应该加强垂直管理的人高达85.9%，其中一半以上的人认为
审计、环保、统计等部门应该实行垂直管理。
就我国行政管理体制而言，长期以来，大多数领域都实行地方政府和上级部门的“双重领导”，条块结合的管理模式：主管部门负责业务，而地方政府管“人、财、物”。 在这种体制下，地方政府凭借手中的人权、财权、物权，在管理中居于主导支配地位。
现在一些系统的垂直管理，就是通过人事权、财务权的上收，使其下级部门摆脱地方政府的干预。形象地说，就是将职能部门的乌纱帽和钱袋子从地方政府手里转到上级主管部门手里。
近10年来，相对于“块块”管理，“条条”管理有加强的趋势。“迄今垂直管理的‘条’大概有13个。”北京大学政府管理学院副教授杨凤春说。而几乎所有重要的监管和执法部门，都在酝酿和热议要脱离地方政府序列。
垂直之风越刮越强劲，这究竟是因哪一片青萍而起?
缘于宏观调控的体制变革
改革开放20多年的进程，基本上是中央不断下放权力，激发地方政府发展活力，调动地方发展主动性的过程，这也是
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