更为恶劣的是，朱棣恢复了锦衣卫狱。
锦衣卫狱，又称诏狱，是朱元璋实行残暴统治的重要工具。它超越法律之上，以皇帝的喜怒为是非。其时，“上(太祖朱元璋)时有所诛杀，或下镇抚司杂治，取诏行，得毋经法曹” 。锦衣卫狱备有各种刑具，在皇帝的庇护下为非作歹，幽絷惨酷，害无甚於此者 后来，连朱元璋也不得不对锦衣卫狱加以限制。洪武二十年(1387年)，朱元璋下令“悉火榜掠具。又六年，诏内外狱毋得上锦衣卫，诸大小咸经法曹。终高皇帝(太祖朱元璋)世，锦衣卫不复典狱。” 朱棣即位后，虽然进行了大规模屠杀，但仍觉得宝座不稳，在表面的太平之中，潜伏着巨大的不安。朱允炆的死活下落还没有弄清。如果他还活着，随时可能东山再起。政治反对派不与朱棣合作，甚至图谋刺杀他，弄得他心神不定，疑虑重重，甚至做梦也不得安生 。诚如王世贞所说：“天子(朱棣)既由藩国起，以师胁僭大位，内不能毋自疑人人异心，有所寄耳目。”他任用了“率先报效”、“颇目法家言”的纪纲，“治锦衣兵，复典诏狱”。纪纲摸透了朱棣的心思，“益布其私距，日夜操切阴计。闻上，上(朱棣)以为大忠，■之■咳之间。即淇成诸公号元勋，见则自匿引，不敢以衣比数。”纪纲为人狠鸷，更恃此“穷意为非”。他手下的一批爪牙则“曲侍奉纲，相缘借奸利数百千端”。 锦衣卫狱的刑罚花样翻新，朱棣早已将《祖训》不得滥施肉刑的戒谕抛到九霄云外了。他下令收缴天下兵器 ，派胡■刺探民隐 ，奖励告密 ，任用纪纲、陈瑛等“刻深之吏”为爪牙，镇压人民。如此等等，不一而足。朱棣的暴政给后世留下了极为恶劣的先例，成了那些施暴政者的榜样。比如，弘治十七年(1504年)，刑部主事朱鎏言：“部囚送大理第当驳正，不当用刑。”大理杨守随言：“刑具永乐间设，不可废。”帝是其言 。永乐暴刑成了后世不可逾越的新的祖制了。
明代的宦官之祸，在历史上也是颇为突出的。太祖朱元璋戒于历代宦官干政之失，对宦官的防范甚严。虽然，洪武中即已以宦官传令阅兵、监视大臣、察访官吏、核定课税、奉使外国 ，但宦官毕竟不敢放肆。有一次，一服侍朱元璋多年的宦官，竟然因偶言及时事被遣还。 建文中。也注意约束宦官，曾两次下诏禁约奉差中官，因此“内官怨甚”。相反，朱棣则正借些宦官为耳目，安插于建文帝身边。史称，“靖难兵起，三年所得惟北平、永平、保定三府。至是，有中官约为内应者，谓须直捣京师，天下可定。文皇朱棣深然之。”朱棣避开劲敌，直捣南京，轻易取胜。南京金川门开，建文宫中同时起火，说不定这火就是这些中官放的，不然何为内应？《明太宗实录》讳此不谈罢了。朱棣入宫，“杀宫人、内官略尽，而得罪建文帝者则被留用”，“既正位，次第擢为边藩镇守云” 。由于非法篡位，朱棣心存疑虑，“不能不有所私寄”。其私寄者除纪纲等人外，最受倚重者便是宦官了。他用宦官设立了东厂，用以监视天下臣民。东厂与锦衣卫结成了一个严密的监控网，施行恐怖统治，连皇太子也在宦官的监视之中 。宦官的地位大大提高，监军、分镇、专征、采木、督役、奉使外国，成了官僚队伍中的重要成员。他们傲视公卿，在皇帝左右必蟒服，这种服饰是连文武一品官员也不易得到的 。后世宦官之祸，隐然肇始。
建文新政施行开明政治，一度打断了朱元璋推动的极端专制主义日渐强化的进程。朱棣则一反其道，完全抹杀建文新政。他所向往的，是做一个极端专制的皇帝。朱棣认为“帝王为生民之主” 这与方孝孺强调的“天立之君所以为民，非使其民奉乎君”的主旨大相径庭。
但是，朱棣的淫威并不能完全压服民间的不满。正如明人王世贞所说：“以一时万乘之尊，挟不世之怒，而有不能尽快其意於意之外者。”他举了后世对方孝孺的态度加以说明：“建文之役，天下之名能殉义者无如天台方先生。其得祸之烈，则亦无如方先生。先生殁三十余年，天下乃敢举其名，又五十年，而天下乃敢诵其言，又百年，而天下乃有求其已绝之裔而为之记者。” 当然，王世贞是从君主宗法制的礼法的立场评论此事的。不过，可以看出，人心是难于征服的，哪怕是面对残酷的杀戳！
具有讽刺意味的是，朱棣却希望人们把他看做是一心兴礼乐、施仁政的圣明君主。他甚至把自己打扮成连小虫子都不愿伤害。有一次朱棣去灵谷寺，“跬跸中庭，有虫著上衣，以手拂置地。徐命中官取置树间，曰：“此虽微物，皆有生理，毋轻伤之。” 如此矫柔造作而又虚伪可笑。
朱棣的残暴，并非完全是由于政治上的被迫不得已，更多的，则是由于他的残刻暴戾和极端自私之本性。盖所欲极强，为遂其欲便不顾一切，对有碍于遂其欲者便必毫不留情。晚年永乐宫中发生的一桩牵连致死三千多人的惨案(详见余篇)，便是最好的证明。
六、艰难民生
一个国家，必须有安定的秩序，否则，这个国家便无法维持。但安定的秩序并不只是凭借武力高压就可以得到的，也不是只凭权术便可以造成的。从根本上说，社会的安定首先是民众生活的安定。没有一个政府或统治者不解决民生问题便可以得到长治久安的。民生问题解决得好，一定是个明君；民生问题解决得不好或受到忽视，必是个庸主。朱棣对这个道理十分清楚，他是以圣君贤主自期的。永乐七年八月戊午，朱棣遣官祭祀历代帝王，祭毕，朱棣对群臣说过这样一段话：
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