当时正是魏忠贤把持朝政，熊廷弼在入狱后，因为魏忠贤索贿未果，就加紧了对他的迫害。此时，正赶上与熊交好的东林党六君子也都入狱，于是，在阉党徐大化、崔呈秀的授意下，两案株连到一起，阉党诬蔑六君子之首杨涟收受熊之贿赂，“追赃”的审讯开始，熊家倾尽荡产，家破人亡，熊的大儿子也在“追赃”的压力下，自杀身亡。
熊廷弼入狱掀起了对东林党的清算活动，也掀起了天启一朝党争之乱的高潮，这是他根本就没有意料到的，事实上，如果把他也划入“阁党”中，他还是东林党的对头楚党的派系。但是，因为东林党的杨涟等人突破门户之见，为他说了好话，结果反而被魏阉利用，成了党争的工具。熊廷弼最后死在了王化贞的前面。他的死与东林六君子的死前后相差不到一年。斩首后首级还传首九边，他的头被传来传去，让所有活着的人无不胆破心寒。而真正的罪人王化贞因为与阉党就有勾结，反而没有被处死，直到五年后才执行了死刑。追赃活动持续了很多年，熊家的人在这次持续时间极长的勒索活动中很少有人善终，直到崇祯上台，勒索活动才告停止。
熊廷弼是明朝继于谦后，用极端手段冤杀的又一个军事天才，也是明末党争之祸的牺牲品。此后，辽东的大片土地被占领，无人可守。而这时临危受命的则是名动天下的孙承宗。
孙承宗是万历三十二年中进士，授给编修，此后，充当日讲官，为天启皇帝朱由校当过讲师，深为天启所重，呼之为“吾师”。他在朝野上下，名望极高。同样的，他的军事战略眼光之高似乎尤在熊廷弼之上，这一点，从他一接掌兵部就能看到。他一到任，马上精简京师的军队，抽调兵力，修筑蓟镇长城，巩固山海关老龙头边防，处罚办事不力的大臣、将领，推荐兵部左侍郎王在晋接任熊廷弼为辽东经略，雷厉风行而有条不紊。而这其中他做的最重要的一件事，是推荐当时名不见经传的作战参谋袁崇焕为山东按察使佥事，这个伯乐之举，为明王朝最后一个军事天才袁崇焕的脱颖而出创造了绝好的机会。
上任不久，孙承宗发现他举荐的辽东新任经略王在晋是个平庸之辈，毅然将他换下，以兵部尚书亲自督军山海关，这一点，在当时一个绝对了不起的行为。为表彰他，朝廷下职，命他对总督山海关及蓟镇、辽东、天津、登、莱诸处军务，并享受特权，可以便宜行事，不受朝廷节制，批给八十万军费供其使用。其风头之劲，一时无人能及，即使当年的戚继光，也未免要甘拜下风。
辽东军备，这时焕然一新。但就此时，在军事上无所不能、深受将领与边关军民爱戴的孙承宗，却没想到，因为在无意间得罪了一个人，竟然在转眼间令自己如日中天的功名事业一下子跌进了谷底。
孙承宗得罪的这个人，就是天启皇帝身边的红人，大太监魏忠贤。
由于孙承宗曾经是帝师现在又是帝国军队最高首长的身份，魏忠贤对他最初采取的是拉拢的姿态。但是孙承宗从不买账，甚至连与他普通的交往都不屑于敷衍，令魏阉怀恨在心。后来孙承宗坐镇辽东时，魏忠贤又派太监刘应坤借犒劳之际表示了拉拢之意。孙仍不理睬，魏忠贤更是大为嫉恨。
天启二年，因为边关失守之事，魏忠贤借机将熊廷弼的过失与东林六君子拉到一起，实施栽赃陷害，并大杀东林党人。因为与上述这几位都交好的缘故，孙承宗非常不齿于魏忠贤的行为。但他也知道，用上奏折的方式根本无法起到什么作用，于是，借给明熹宗上寿之际，他想面陈天启皇帝，希望可以让他诛除魏忠贤。孙承宗刚一上路，此举就为魏阉党羽魏广微所知，报知魏忠贤，于是魏忠贤哭求天启帝，终于令天启帝下了圣谕，以边关重将不得离开驻防之地的要求阻止孙承宗入京，已经到达通州的孙承宗，只得留在原地，而这一次不能觐见天启，对他来讲，所起的负面作用是巨大的。
孙承宗的这一行为，等于是在公开向魏阉宣战。由此开始，魏党诋毁弹劾他的奏折越来越多。终于，孙承宗手上大将马世龙因为一次冒进行动战败，折杀许多将士，这次失败成了阉党攻击孙承宗无能的借口，奏折屡上，而自己当年的学生，现今的皇帝又不能朝见，孙承宗知道，自己下台的时间不会太长了。
天启五年，一直将孙先生称之为“吾师”而不直呼其名的天启皇帝终于下谕了，免去孙承宗的职务，由高弟——魏忠贤的党羽接任。帝王的老师，帝国的栋梁孙承宗倒了。在这期间，天启暴毙，崇祯继位。奇怪的是，被孙承宗贬斥的王在晋居然又东山再起，成为兵部尚书。作为孙承宗的宿敌，他当然力阻孙承宗的复出。这位王在晋打仗不行，但玩起党争的一套却颇有手段，不知他用了什么方式，令得崇祯也不买孙承宗的账。尽管百官多次上奏，但与孙承宗无师生之情的崇祯，不予理睬。于是孙承宗始终不得重用。直至后来袁崇焕身死后，他才再度临危受命。
孙承宗在山海关四年间，堪称是辽东的再造之功臣。他起用了袁崇焕、祖大寿、赵率教、满桂等一批卓越将领，修建关城，抚恤难民，整顿军纪，以一筑城、二驻防、三屯田的计略，使关外防务大为起色，并建立起宁远至锦州一条钢铁般的防线。史称：“自承宗出镇、关门息警、中朝宴然，不复以边事为虑也。”（《明史·孙承宗传》）孙承宗后又率袁崇焕、满桂等大将，进据锦州松山等地带，收复了大批被后金军占据的土地。至天启五年，由山海关、宁远自锦州的宁锦防线正式形成，明朝可以倚靠这条防线继续与满清对抗。在宁远，利用引进的红衣大炮，由袁崇焕、祖大寿指挥的“宁锦大捷”，重创努尔哈赤、皇太极，迎来了明军的第一次大胜利。终清太宗皇太极之死，满清也未能突破这道防线而入关。明廷也正是凭借孙承宗造就的这些成果得以与清军继续周旋达十七年之久！
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