对于这种局面，崇祯不从根本上解决问题，又开始用了他最擅长的手段——以“滥杀”来弥补自己的挫败感。他逮捕了三边总督杨鹤，再次动了杀机。从此，和缓政策不敢有人再提了。逮捕杨鹤，这是崇祯在继和皇太极的“无间道”（协助皇太极杀袁崇焕）后，与流民（不仅仅是李自成）势力又开始玩这个游戏的信号。
既然官匪难以合作，矛盾只能再次升级。不过，崇祯本人无能，手底下却从来不乏高人。杨鹤下台后，继任三边总督的是陕西布政使司洪承畴，这位洪承畴是明廷自袁崇焕后又一干才。他在接任总督之前，在陕西已经几次与流民作战取得胜利，他手下还有一个极得力的猛将——曹文诏，后来独当一面，成为流民军队的克星。这位曹文诏，先后跟随过熊廷弼、孙承宗、袁崇焕、马世龙等名将，深得用兵之道，他以一人之力，竟然平定了流民起事最凶的陕甘两省，将闯王高迎祥、八大王张献忠等强劲对手都赶走了，后来又转战山西，一连打了六个月，肃清山西流寇。
可惜的是，这位勇将的命不太好，可能是脾气太刚勇的缘故，得罪了朝中的文官御史刘令誉，暗中参了他一本，崇祯不分青红皂白，在一片形势大好之时，把他调去大同当总兵，他的职责原来是“节制山西诸将”，这下有功反而给降了一级，成为地方总兵官。曹文诏在大同遇上了皇太极，这人的水平就不是高迎祥、罗汝才、张献忠他们能比的了，居然给他乘虚而入，绕道进入长城，丢了胜堡、灵邱等地。崇祯不念他征战几省有功，当即免职，充军。后来山西流民乘曹文诏走了又起事，势力愈来愈大，崇祯听从山西巡抚建议，命曹文诏前往山西，戴罪立功，走到一半，文官又来了暗箭，兵部尚书张凤翼素来不喜曹文诏为人，又命他改道河南，在兵力、粮食均都不足的情况下，命他限期剿灭河南流民义军。曹文诏一走，山西义军拍手称快，而这位戴罪立功的勇将也终于再难有所作为，后来在与高迎祥、张献忠的战斗中，因为兵少无援，战败自杀。
崇祯七年，在没有了曹文诏的压力下，高迎祥李自成势力渐大，突破黄河防线，到达河南以西。这时，崇祯手下大学士出身的陈奇瑜总督河南、山西、陕西、四川、湖广等地，与李自成军队正面作战。这位陈大学士是万历四十四年进士，标准文官，当时位在洪承畴之下，但也真是个干才，他与另一位干才卢象升配合，不出数月，竟然屡战屡胜，一连斩杀一百七十七名流民首领，更以车厢峡一战大败义军，险些将高迎祥、李自成、张献忠等一干农民军队困死。这场困战持续了两个多月，义军死了近一半人，迫于无奈，李自成等人投降。这位陈大学士被胜利冲昏了头脑，忘记了杨鹤的命运，竟然接受李自成等人投降。受降的义军这时只剩下了三万六千人，这里面还有后来名声大震的李自成和张献忠。陈奇瑜好事做到底，还派了五十几位安抚官将义军遣送回籍，结果，刚出来车厢峡栈道，三万多人一起动手，杀了几十名安抚官，又反了。李自成与张献忠这时侥幸逃脱，为以后东山再起积蓄了力量。
为逃避责任，陈奇瑜牺牲了几位下属的生命，将责任推到了他们的身上。但他在朝中的政敌获悉此事，又岂能放过他？给事中顾国宝、御史傅永淳参本，历数陈奇瑜罪行。崇祯除了自己，哪能容许手下人犯一次错误？于是，陈奇瑜比曹文诏还惨，一夜之间从功臣变成了罪人，下狱、大刑伺候了！
农民军在崇祯“相助下”，去了劲敌，势力愈大。崇祯九年，比陈奇瑜更有才华的洪承畴进入正面战场，连败义军。义军不得不在荥阳开会，十三家首领商议结成联盟，共对明军，在这次大会上，李自成脱颖而出，提出化整为零的战术，要十三家头领分头行事，“打下来的城池村庄，劫来的男女财产，一概十三家均分。”这个提议被大家认可，李自成虽然此时还是依附高迎祥，但在义军之中，已经是非常有名气有地位的人物了。
大计商定，但大家不久就发现洪承畴更非等闲之辈，只要碰上他，义军就极难有胜算。被洪承畴打得四分五散后，高迎祥与张献忠东下，侵入凤阳，烧了朱元璋祖陵。在这里，李自成与张献忠第一次翻脸，他们翻脸的原因很简单，是因为张献忠劫获了几个守陵的小太监，因为他们会吹打，张献忠留在军中做娱乐之用。李自成根据“男女财物十三家均分”的原则索要，张献忠不给，两人竟然就此翻脸了，李自成率先破坏盟约，鼓动高迎祥散伙，转战陕西，与罗汝才会合去。为了这么点小事，两大农民军领袖就此结了仇，而且终其一生无法化解，今人看来，简直有如儿戏。
农民军并不团结，荥阳大会后，基本上无人遵守“财物均分”的原则，反而多有争斗。也由此说明，义军直到时，仍然是流民习性，没有纲领，没有道德约束，也没有一个统一的战略思想，仍然处在一盘散沙的状态下。在这个形势下，明军各大员纷纷出手，捷报频传。与洪承畴齐名的新任陕西巡抚孙传庭在陕西汉中将高迎祥困死，最后竟然将其捉拿砍头，取得了具有决定性的胜利。高迎祥死后，义军势力大大受挫，由此分为两支，一支由张献忠率领，转战湖北、安徽、河南，一支由新闯王李自成带领，辗转于陕西、甘肃、宁夏。
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