忽必烈全面建立了一套比宋朝更稳定的刑法体系，它也要比宋律更温和、更人道。在实际执行过程中，他规定可以用罚金来代替体罚，他制定各种程序，准予特赦那些悔过自新的犯人。同样地，蒙古当局也试图根除酷刑，或者说至少是严格限制其运用。蒙古法律详细地指出，当一个人犯了重罪，需要用酷刑来迫使其招供时，官员必须在这之前已经掌握了足够的证据，而不能仅凭怀疑。1291年的蒙古法典特别强调，官员必须“首先要理智地分析和推断案情，而不应该滥施酷刑”。与此相比，就在蒙古人尽力限制使用酷刑的同时，欧洲的教会和国家通过法律，将酷刑的使用范围扩大到更多的罪行，而且是在证据不充分的情况下。其他国家存在着种种血腥的肉刑，如在刑架上将肢体扯裂、用大轮子碾碎身体、钉尖桩或各类火刑，蒙古人则不然，他们仅限于用藤条抽打。
蒙古法律的温和性和草原文化的习俗以一些奇特的方式表现出来。传统中国官府经常将罪行刺在罪犯的前额，以致于使犯人永远地带着罪行的标记。由于蒙古人认为前额是灵魂之所在，所以他们坚持认为，即使是罪犯的头也不能这样被随意伤害。蒙古当局允许在已经实行的地区继续刺字，必须说明的是，犯第一、二等罪的刺在上臂，犯第三等罪的刺在脖子上，但绝不刺在前额。蒙古人不允许将这种刑罚扩展到新的地区或那些还没有实行过的少数民族身上。蒙古当局不是把将罪行写在罪犯身上，而是喜欢写在罪犯家前面的墙上，以致于所有居民都能对罪犯保持小心警惕。他们也实行假释制度，被假释的囚犯必须一月两次向当地官府报告，以便官府督察他在此期间的行为。与蒙古的群体将功补过的原则相一致，从某种意义上说，囚犯要获得自由，就应该自觉充当执法机关的助手，用自己的知识协助官府逮捕其他犯人。犯人，有时还有他的所有家人，必须将罪行供词写下来，把对审判的异议或不满也写出来。为了保存这些文字记录，他们还必须按上手印。在任何时候的司法实践中，蒙古官府总是希望让最低层组织去解决尽可能多的案件，而官员则不加干涉。一个家庭中的罪行可以由家庭解决；一群有共同信仰的僧侣中的纠纷，可以由那个宗教中的僧侣解决；一个行业中的罪行可以由该行业的公务会解决。
与解决纠纷有关的是，蒙古当局鼓励印刷犯罪学方面的书籍，以便让公民个人和小型行会受益于正确的法律指导。在刑法条文中，他们也规定了对官员的最低要求：去犯罪现场搜集、分析和汇报证据。条文中还规定了为搜集尽可能多的有用信息而搬动和检验尸体时的注意事项，规定书面报告必须一式三份，包括描述伤口位置的图案。蒙古式的程序不仅提高了执法的效率，而且也符合蒙古的基本方针政策：所有人民——不仅是受教育的精英阶层，都将知法，而且能以法律来行事。对蒙古人来说，法律更是一种化解矛盾、加强统一和保持安定的手段，而不只是判定罪行或实施惩罚的工具。
蒙古人没有用古典诗歌和书法艺术来教育官员，他们注重通过各种方式来提高官员的实际行政能力。对于从媒人、商人到医生、律师的各行各业，他们都设置了最低的学问标准。蒙古人在每个地区的政策似乎都是一样的。它们确保有广泛的个体人员能从事这些行业，并在服务中得到好处，同时，这些政策也力图规范和提升行业的水平。
以这么少的蒙古人要统治中国境内这么多的人，忽必烈汗好像不得不接受通过传统官僚选拔制度——它需要一个学习和考试的漫长过程——而组成的政府，但是实际上他拒绝了。他没有让古老的制度永久保存下去，而是废除了考试，为了能有助于行政管理，他把目光转向大量的外国人，特别是当时他可以随时调遣的穆斯林，当然还有欧洲人，如马可·波罗。忽必烈的祖父发现，受教育的穆斯林行政官员非常精通“法律和城市税收”，像祖父一样，忽必烈从弟弟治下的波斯引进了大量的穆斯林。他一再要求教皇和欧洲的国王们派一些学者和有知识的人过来，但却没有得到回应。
然而，忽必烈也注意到防止对个别民族或种族集团的过分依赖，于是他倾向于使不同人们之间互相制约，他经常将汉人和外族人混合起来组成一套行政班子，其中包括西藏人、亚美尼亚人、契丹人、阿拉伯人、塔吉克人、畏兀儿人、唐兀惕人（西夏党项人）、突厥人、波斯人和欧洲人。蒙古人在每个部门中规定了种族的名额，主要是三部分人：中国北方人、中国南方人和外国人，这样，每位官员的周围都有不同文化或信仰的同事。就像成吉思汗基于才能和功绩、而不是出身，能从社会的最低层到最高领导层中去选拔人才那样，忽必烈的政府部门也经常从最低级的职业如厨师、看门人、抄写员和译员之中搜罗人才。低层人员得到提升，进入新的部门，这增强了他们对蒙古最高统治者的依赖和忠诚，削弱了他们与被统治人民的联系。
管理地方的官吏没有固定的官阶级别，忽必烈汗强化了成吉思汗的决策体制，即通过大型集会和政务会及经常性商议作出决定。不管其可能性如何，也不管其水平怎样，蒙古人用模仿草原小型忽里台会议的政务会取代了官僚机构。地方政务会天天召开，任何新措施必须至少有两名官员的同意盖印才能通过。政务会必须讨论焦点问题并达成多数一致；所有决议都要由集体决定，而不是一个官员说了算。按照传统中国的标准，只要由一位官员决策而人民遵照之就行了，相比之下，蒙古人的制度显得毫无效率和不切实际，它花费了过多的时间和精力。蒙古人还以各种方式提高了其他小型公务会的利用率。对医疗服务不满的病人，可以从由医疗界代表和非医疗界的官员代表组成的公务会上得到赔偿；包括从军人到音乐家的各个行业，纷纷成立类似的组织，用以解决各种争端。
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